Điều 29. Trình tự, thủ tục công nhận, gia hạn, tạm đình chỉ, đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên
1. Thẩm quyền quyết định công nhận, gia hạn, tạm đình chỉ, đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên như sau:
a) Đối với doanh nghiệp quy định tại điểm a khoản 1 Điều 28 Nghị định này là Người đứng đầu Hải quan khu vực quản lý khu thương mại tự do, khu logistics tích hợp;
b) Đối với nhà đầu tư chiến lược quy định tại điểm b và điểm c khoản 1 Điều 28 Nghị định này là Người đứng đầu Hải quan khu vực quản lý địa bàn Thành phố;
c) Đối với nhà đầu tư chiến lược quy định tại điểm d khoản 1 Điều 28 Nghị định này là Người đứng đầu Hải quan khu vực quản lý địa bàn khu kinh tế đặc biệt.
2. Hồ sơ đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên gồm:
a) Văn bản đề nghị theo Mẫu số 05 Phụ lục IX ban hành kèm theo Nghị định này: 01 bản chính;
b) Báo cáo chấp hành pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế, pháp luật về kế toán trong phạm vi đánh giá (tối đa 02 năm gần nhất): 01 bản chính;
c) Báo cáo tài chính đã được kiểm toán trong phạm vi đánh giá (tối đa 02 năm gần nhất) (nếu có): 01 bản sao;
d) Báo cáo kiểm toán trong 02 năm gần nhất (nếu có): 01 bản sao;
đ) Bản kết luận thanh tra, kiểm tra trong 02 năm gần nhất (nếu có): 01 bản sao;
e) Bản mô tả hệ thống kiểm soát nội bộ của doanh nghiệp kèm tài liệu thuyết minh: 01 bản sao, trong đó bao gồm:
e.1) Bản mô tả quy trình, biện pháp hoặc phần mềm hoặc hệ thống về: Lưu trữ hồ sơ, chứng từ, tài liệu, dữ liệu liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; giám sát nội bộ doanh nghiệp; quản lý, phòng ngừa các bất thường xảy ra liên quan đến an ninh hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; khắc phục các sai sót, vi phạm của doanh nghiệp sau khi được các cơ quan nhà nước khuyến nghị hoặc kết luận; kiểm soát khả năng tài chính để có thể hoàn thành các nghĩa vụ về thuế đối với các cơ quan quản lý nhà nước trong trường hợp được ưu tiên về thời hạn nộp thuế;
e.2) Bản mô tả quy trình, biện pháp hoặc phần mềm hoặc hệ thống đảm bảo về: An ninh hàng hóa; an ninh vận tải; an ninh tại khu vực làm việc của doanh nghiệp; kiểm soát an ninh hệ thống công nghệ thông tin; an ninh nhân sự; an ninh đối tác thương mại.
g) Văn bản của cơ quan có thẩm quyền xác định doanh nghiệp có cơ sở sản xuất, kinh doanh trong khu thương mại tự do, khu logistics tích hợp hoặc xác định nhà đầu tư chiến lược theo quy định của Luật Phát triển đô thị: 01 bản sao. Văn bản này là một trong các chứng từ sau: văn bản xác nhận của cơ quan quản lý nhà nước về khu thương mại tự do, khu logistics tích hợp về việc doanh nghiệp có cơ sở sản xuất, kinh doanh trong khu thương mại tự do, khu logistics tích hợp; quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư đồng thời chấp thuận nhà đầu tư hoặc văn bản phê duyệt kết quả lựa chọn nhà đầu tư chiến lược; văn bản xác nhận của Ủy ban nhân dân cấp có thẩm quyền về việc nhà đầu tư thực hiện dự án đầu tư xây dựng khu đô thị lấn biển hoặc dự án tại khu kinh tế đặc biệt.
3. Trường hợp hồ sơ của doanh nghiệp chưa đáp ứng yêu cầu hoặc chưa đầy đủ theo quy định, trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ, Người đứng đầu Hải quan khu vực thông báo cho doanh nghiệp để hoàn thiện hồ sơ và nộp hồ sơ lại trong vòng 30 ngày kể từ ngày nhận được thông báo. Quá thời hạn này, doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược không hoàn thiện và nộp đầy đủ hồ sơ thì cơ quan hải quan xác định hồ sơ không đạt yêu cầu và phản hồi cho doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược.
4. Cơ quan tiếp nhận hồ sơ đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên là Hải quan khu vực quy định tại các điểm a, b và c khoản 1 Điều này.
5. Công nhận doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược được áp dụng chế độ ưu tiên:
a) Cơ quan hải quan thực hiện thẩm định để đánh giá việc đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định của pháp luật hải quan (trừ điều kiện về kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 42 Luật Hải quan được sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 3 Luật số 90/2025/QH15) và không áp dụng phạm vi đánh giá 02 năm khi doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược chưa đủ thời gian hoạt động 02 năm.
Trường hợp doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược chưa đủ thời gian hoạt động 02 năm (24 tháng) thì đánh giá trong phạm vi kể từ ngày cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, giấy chứng nhận đầu tư lần đầu đến ngày doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược có văn bản đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên.
b) Cơ quan hải quan thực hiện thẩm định hồ sơ, thẩm định thực tế kể từ ngày nhận đủ hồ sơ theo quy định tại khoản 2 Điều này.
b.1) Thẩm định hồ sơ: căn cứ hồ sơ của doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược, cơ quan hải quan đánh giá, đối chiếu thông tin doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược cung cấp, thông tin thu thập về doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược với điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định của pháp luật. Thời gian thẩm định hồ sơ không quá 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ.
Trường hợp doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược không đáp ứng điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định, trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày kết thúc việc thẩm định hồ sơ, Người đứng đầu Hải quan khu vực ban hành văn bản trả lời doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược nêu rõ lý do không đáp ứng điều kiện.
Trường hợp doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược đáp ứng điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên theo kết quả thẩm định hồ sơ, Người đứng đầu Hải quan khu vực tổ chức thẩm định thực tế;
b.2) Thẩm định thực tế: cơ quan hải quan thực hiện thẩm định thực tế tại trụ sở doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược để đánh giá việc đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên. Thời gian thẩm định thực tế không quá 10 ngày kể từ ngày làm việc đầu tiên tại trụ sở doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược. Trường hợp phức tạp, cần lấy ý kiến cơ quan chuyên môn thì thời hạn này có thể kéo dài nhưng không quá 30 ngày.
Kết quả thẩm định được ghi nhận bằng biên bản làm việc có xác nhận của cơ quan hải quan và đại diện doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược.
c) Xử lý kết quả thẩm định:
Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc thẩm định thực tế:
Trường hợp đáp ứng các điều kiện, Người đứng đầu Hải quan khu vực ban hành quyết định công nhận áp dụng chế độ ưu tiên theo Mẫu số 06 Phụ lục IX ban hành kèm theo Nghị định này. Quyết định có hiệu lực 03 năm kể từ ngày ban hành.
Trường hợp không đáp ứng điều kiện, Người đứng đầu Hải quan khu vực ban hành văn bản trả lời doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược, nêu rõ lý do không đáp ứng điều kiện.
6. Gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên:
a) Doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược được gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên khi duy trì đáp ứng các điều kiện theo quy định pháp luật.
Kể từ ngày được cơ quan hải quan công nhận áp dụng chế độ ưu tiên, doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược phải duy trì việc được cơ quan có thẩm quyền công bố là doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược thuộc khoản 1 Điều 28 Nghị định này và duy trì đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định của pháp luật về hải quan (trừ điều kiện về kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 42 Luật Hải quan được sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 3 Luật số 90/2025/QH15).
Trong thời gian 03 tháng tính đến thời hạn gia hạn, Người đứng đầu Hải quan khu vực quy định tại khoản 1 Điều này căn cứ thông tin thu thập và kết quả quản lý để tổ chức đánh giá gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên đối với doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược.
b) Đánh giá để gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên:
b.1) Người đứng đầu Hải quan khu vực tự đánh giá việc duy trì đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên của doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược theo quy định;
b.2) Trường hợp không đủ thông tin để tự đánh giá việc duy trì đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên của doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược thì Người đứng đầu Hải quan khu vực tiến hành thẩm định thực tế hoặc kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người khai hải quan theo khoản 3 Điều 78 Luật Hải quan. Người đứng đầu Hải quan khu vực quy định tại khoản 1 Điều này có thẩm quyền quyết định kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người khai hải quan.
Trường hợp thẩm định thực tế tại trụ sở người khai hải quan không thực hiện được vì lý do bất khả kháng theo quy định của pháp luật thì cơ quan hải quan thực hiện đánh giá việc duy trì, đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên bằng hình thức trực tuyến trên cơ sở thông tin, dữ liệu, tài liệu mà doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược cung cấp, chia sẻ.
Thời gian thẩm định thực tế không quá 10 ngày kể từ ngày làm việc đầu tiên. Thời gian thực hiện kiểm tra sau thông quan theo quy định tại Điều 80 Luật Hải quan.
b.3) Người đứng đầu Hải quan khu vực ban hành quyết định gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên trong thời hạn 03 năm theo Mẫu số 07 Phụ lục IX ban hành kèm theo Nghị định này nếu doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược vẫn duy trì đáp ứng điều kiện.
7. Tạm đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên: trường hợp doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược chưa thực hiện trách nhiệm quy định tại Điều 45 Luật Hải quan khi đã được cơ quan hải quan thông báo thì Người đứng đầu Hải quan khu vực quy định tại khoản 1 Điều này ban hành quyết định tạm đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên theo Mẫu số 08 Phụ lục IX ban hành kèm theo Nghị định này trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày ban hành quyết định.
Trường hợp doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược đã thực hiện quy định tại Điều 45 Luật Hải quan trong thời hạn quy định thì thông báo tới Người đứng đầu Hải quan khu vực quy định tại khoản 1 Điều này để Người đứng đầu Hải quan khu vực xem xét ban hành quyết định hủy quyết định tạm đình chỉ theo Mẫu số 09 Phụ lục IX ban hành kèm theo Nghị định này.
8. Đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên: Người đứng đầu Hải quan khu vực quy định tại khoản 1 Điều này ban hành quyết định đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên theo Mẫu số 10 Phụ lục IX ban hành kèm theo Nghị định này trong các trường hợp sau đây:
a) Doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược không duy trì việc đáp ứng một trong các điều kiện để áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định pháp luật;
b) Hết thời hạn tạm đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên mà doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược không thực hiện quy định tại Điều 45 Luật Hải quan;
c) Doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược đề nghị đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên: Doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược gửi văn bản tới Người đứng đầu Hải quan khu vực quy định tại khoản 1 Điều này nêu lý do đề nghị đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên. Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày nhận được văn bản, Người đứng đầu Hải quan khu vực ban hành quyết định đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên đối với doanh nghiệp, nhà đầu tư chiến lược.