Điều 45.
Mối quan hệ với Bộ Tài chính:
1. Chịu sự quản lý Nhà nước của Bộ Tài chính về việc:
a) Tuân thủ các chế độ tài chính, thuế, tổ chức bộ máy hạch toán kế toán;
b) Thực hiện các nhiệm vụ về uỷ thác vốn và các dịch vụ cho Ngân hàng Nhà nước.
2. Chịu sự quản lý của Bộ Tài chính với tư cách là cơ quan được Chính phủ giao thực hiện một số chức năng của chủ sở hữu trong các lĩnh vực:
a) Xác định vốn và các nguồn lực khác mà Nhà nước giao cho Ngân hàng Nông nghiệp quản lý, sử dụng;
b) Kiểm tra việc sử dụng có hiệu quả, bảo toàn, phát triển vốn và các nguồn lực khác được giao trong quá trình hoạt động, được thể hiện thông qua bản quyết toán hàng năm;
c) Thanh tra, kiểm tra nội dung báo cáo kết quả hoạt động tài chính và quyết toán hàng năm của Ngân hàng Nông nghiệp;
d) Thống nhất ý kiến để Hội đồng quản trị Ngân hàng Nông nghiệp ban hành Quy chế tài chính của Ngân hàng Nông nghiệp.
3. Chịu sự kiểm tra, thanh tra tài chính và các vấn đề khác thuộc thẩm quyền của Bộ Tài chính.
4. Được quyền đề xuất các giải pháp, cơ chế, chính sách tài chính, tín dụng và các nội dung khác có liên quan đến Ngân hàng Nông nghiệp; kiến nghị Bộ Tài chính phê duyệt để tổ chức thực hiện việc chuyển nhượng tài sản có giá trị lớn, việc thực hiện các nghĩa vụ tài chính, việc phân phối lợi nhuận sau thuế, việc thanh lý tài sản và thiết bị quan trọng theo quy định của Chính phủ, việc bổ sung vốn ngân sách cho Ngân hàng Nông nghiệp.