Điều 54. Thu hồi hoàn thuế
1. Trường hợp cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền qua thanh tra, kiểm tra phát hiện hoặc kiến nghị liên quan đến số tiền thuế đã được hoàn không đúng quy định thì người nộp thuế phải nộp số tiền đã được hoàn thừa và nộp tiền chậm nộp tương ứng theo quy định tại Điều 16 Luật Quản lý thuế, Điều 26 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP và Điều 39 Thông tư này vào ngân sách nhà nước theo Quyết định về việc thu hồi hoàn thuế theo mẫu số 03/QĐ-THH Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này của cơ quan thuế, Quyết định hoặc Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền và nộp tiền phạt vi phạm hành chính theo Quyết định xử phạt vi phạm hành chính của cơ quan thuế.
2. Người nộp thuế tự phát hiện đã được hoàn không đúng quy định thì phải thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo quy định tại Điều 12 Luật Quản lý thuế, Điều 12 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP và Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này; đồng thời nộp số tiền đã được hoàn thừa và nộp tiền chậm nộp tương ứng theo quy định tại Điều 16 Luật Quản lý thuế, Điều 26 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP và Điều 39 Thông tư này vào ngân sách nhà nước.
3. Trường hợp người nộp thuế đã được hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa xuất khẩu nhưng bị người mua trả lại hàng hóa đã xuất khẩu thì người nộp thuế phải thực hiện khai bổ sung theo quy định tại Điều 12 Luật Quản lý thuế, Điều 12 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP và Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này; đồng thời phải nộp số tiền đã được hoàn tương ứng với hàng xuất khẩu bị trả lại, không bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế và nộp tiền chậm nộp tương ứng theo quy định Điều 16 Luật Quản lý thuế, Điều 26 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP và Điều 39 Thông tư này vào ngân sách nhà nước.