Điều 100. Quy định chuyển tiếp
1. Đối với các hồ sơ khai thuế có kỳ tính thuế trước ngày 01 tháng 7 năm 2026, người nộp thuế thực hiện theo mẫu biểu áp dụng trước thời điểm Thông tư này có hiệu lực. Các quyết định, thông báo của cơ quan thuế đã ban hành trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành thì tiếp tục được thực hiện theo nội dung đã ban hành cho đến khi hết thời hạn thực hiện hoặc hết hiệu lực.
2. Quy định tại điểm c.4 khoản 1; các điểm b, c, d, đ và điểm e.1 khoản 3; khoản 4 Điều 19 Thông tư này thực hiện đến hết ngày 31 tháng 12 năm 2026.
3. Khoản tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa phát sinh trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành nhưng chưa được xử lý trước ngày Thông tư này có hiệu lực thì được áp dụng quy định tại Thông tư này.
4. Đối với hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư xây dựng đường cao tốc theo phương thức đối tác công tư theo hình thức hợp đồng xây dựng - kinh doanh - chuyển giao đã được cơ quan thuế tiếp nhận, giải quyết xong hoặc cơ quan thuế tiếp nhận nhưng chưa giải quyết xong trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành hoặc cơ quan thuế chưa tiếp nhận được áp dụng quy định về thành phần hồ sơ tại điểm b.4.1 khoản 1 Điều 46 Thông tư này.
5. Đối với các hồ sơ hoàn thuế, hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, xóa tiền thuế nợ đã phát sinh và được cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền tiếp nhận nhưng đến ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành chưa giải quyết xong, cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền tiếp tục thực hiện theo trình tự, thủ tục xử lý hồ sơ áp dụng trước thời điểm Thông tư này có hiệu lực, trừ quy định tại khoản 4, khoản 6 Điều này. Hồ sơ khai thuế mà người nộp thuế đã khai chỉ tiêu đề nghị hoàn trên tờ khai thuế của kỳ tính thuế trước ngày 01 tháng 7 năm 2026 nhưng chưa gửi hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế thì áp dụng mẫu biểu đề nghị hoàn thuế theo quy định trước thời điểm Thông tư này có hiệu lực cho đến thời điểm quy định tại khoản 2 Điều 99 Thông tư này. Trường hợp người nộp thuế gửi hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế sau thời điểm quy định tại khoản 2 Điều 99 Thông tư này thì thực hiện đề nghị hoàn thuế theo mẫu biểu quy định tại điểm a.2, điểm b.2 khoản 1 hoặc điểm b khoản 2 Điều 46 Thông tư này.
6. Đối với các hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế theo Điều ước quốc tế không phải là Hiệp định thuế đã được cơ quan thuế tiếp nhận trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành, nếu hồ sơ đáp ứng đầy đủ thành phần, thông tin và tài liệu theo quy định tại Thông tư này thì cơ quan thuế tiếp tục xử lý theo quy định tại Thông tư này.
7. Tổ chức đã tham gia kết nối với Hệ thống thông tin quản lý thuế trước thời điểm Thông tư này có hiệu lực thi hành tiếp tục kết nối nếu vẫn đáp ứng các tiêu chuẩn kỹ thuật kết nối theo quy định tại Thông tư này và Quy chế trao đổi, cung cấp thông tin phục vụ thu ngân sách nhà nước của Cục Thuế; trường hợp không đáp ứng các tiêu chuẩn kỹ thuật kết nối theo quy định thì tổ chức phải hoàn thiện để đảm bảo tiêu chuẩn kỹ thuật kết nối.
8. Đối với các thủ tục kết nối, chia sẻ thông tin giữa cơ quan thuế với cơ quan nhà nước có thẩm quyền, tổ chức, cá nhân trong tiếp nhận và giải quyết thủ tục hành chính thuế cho người nộp thuế bằng phương thức điện tử thực hiện theo mẫu biểu, thủ tục, phương thức giao dịch điện tử đang áp dụng trước thời điểm Thông tư này có hiệu lực, cho đến thời điểm cơ quan thuế thông báo chính thức áp dụng thống nhất trên Hệ thống thông tin quản lý thuế.