Điều 5. - Về tài chính, kế toán, thống kê, giá cả:
1. Hướng dẫn, chỉ đạo các đơn vị trực thuộc thực hiện đúng chính sách, chế độ tài chính, kế toán theo quy định của pháp luật.
2. Tổ chức và chỉ đạo công tác kế toán phù hợp với tính chất của từng doanh nghiệp và các đơn vị sự nghiệp của ngành; kiến nghị việc bổ sung, sửa đổi các chính sách, chế độ về công tác tài chính - kế toán của ngành.
3. Hướng dẫn các đơn vị trực thuộc lập kế hoạch thu chi tài chính, kế hoạch thu chi ngoại tệ và tổng hợp trình cấp có thẩm quyền phê duyệt.
4. Xây dựng chế độ thu chi các loại lệ phí, cước phí hàng hải trình cấp có thẩm quyền phê duyệt; thay mặt Nhà nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam đóng góp kinh phí hàng năm cho tổ chức Hàng hải quốc tế. Kiểm tra, đôn đốc các đơn vị trực thuộc thực hiện chế độ thu nộp tài chính cho ngân sách Nhà nước, trực tiếp thực hiện một số khoảng thu theo sự uỷ nhiệm của Bộ Tài chính.
5. Kiến nghị với cơ quan Nhà nước có thẩm quyền việc điều hoà vốn, điều tiết thu nhập đối với các đơn vị trực thuộc.
6. Được Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải uỷ quyền giao vốn cho các đơn vị trực thuộc Cục và hướng dẫn các đơn vị trực thuộc Cục bảo toàn và phát triển vốn được giao.
7. Duyệt và tổng hợp quyết toán tài chính các đơn vị trực thuộc trình các cơ quan cấp trên theo quy định.
8. Quản lý và sử dụng có hiệu quả vốn, tài sản, kinh phí được giao cho Cục. Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể việc lập kinh phí của Cục Hàng hải bảo đảm phù hợp quy định chung của Nhà nước.