Điều 17. - Cục trưởng và các Phó Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải và ý kiến thẩm tra của Bộ trưởng, Trưởng ban Ban Tổ chức - Cán bộ Chính phủ
Cục trưởng là người đứng đầu Cục, lãnh đạo Cục theo chế độ Thủ trưởng. Các Phó Cục trưởng giúp việc Cục trưởng theo sự phân công của Cục trưởng.