Điều 16. - Tổ chức của Cục Hàng hải Việt Nam bao gồm:
1. Bộ máy giúp việc Cục trưởng gồm văn phòng, các ban do Cục trưởng quyết định thành lập giải thể và bổ nhiệm, miễn nhiệm cán bộ.
2. Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Cục:
Viện khoa học hàng hải Việt Nam.
Các đơn vị bảo đảm hàng hải.
Trung tâm Y học hàng hải.
Các trường công nhân kỹ thuật nghiệp vụ về hàng hải
Tạp chí hàng hải.
3. Các cảng vụ.
4. Các chi Cục, đại diện Cục tại địa phương trong nước và ngoài nước.
5. Các doanh nghiệp do Cục quản lý Nhà nước trực tiếp.
Kinh phí của các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Cục hàng hải Việt Nam do ngân sách Nhà nước cấp thông qua Cục hàng hải Việt Nam và kinh phí tự bổ sung thông qua ký kết hợp đồng đào tạo, nghiên cứu.