Điều 3. - Cục Hàng hải Việt Nam hoạt động theo những nguyên tắc sau:
1. Cục hàng hải Việt Nam chịu sự lãnh đạo trực tiếp của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải và sự quản lý Nhà nước của các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ về những lĩnh vực có liên quan.
2. Mọi hoạt động của Cục Hàng hải Việt Nam phải tuân thủ Hiến pháp và pháp luật nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam, tôn trọng và chấp hành các điều ước quốc tế về hàng hải do Chính phủ Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam ký, tham gia hoặc cam kết thực hiện.
3. Cục Hàng hải Việt Nam bảo đảm sự bình đẳng trước pháp luật của mọi tổ chức, cá nhân thuộc mọi thành phần kinh tế, kể cả tổ chức, cá nhân nước ngoài hoạt động trong lĩnh vực hàng hải tại Việt Nam; quản lý Nhà nước các doanh nghiệp trực thuộc Cục theo pháp luật.
4. Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam thay mặt Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ và Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải thực hiện chức năng quản lý Nhà nước chuyên ngành Hàng hải trong cả nước.
Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam là người đứng đầu Cục Hàng hải Việt Nam, lãnh đạo Cục theo chế độ Thủ trưởng trên cơ sở bảo đảm nguyên tắc tập trung dân chủ.