Điều 11. Hồ sơ, trình tự, thủ tục hoàn thuế
1. Hồ sơ hoàn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu
a) Hàng hóa xuất khẩu đã nộp thuế xuất khẩu nhưng phải tái nhập được hoàn thuế xuất khẩu và không phải nộp thuế nhập khẩu
a.1) Công văn đề nghị hoàn thuế gửi qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo Mẫu số 6 tại Phụ lục II Thông tư này hoặc bản giấy theo Mẫu số 14 tại Phụ lục I Thông tư này;
a.2) Chứng từ thanh toán hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp đã thanh toán;
a.3) Hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu và hóa đơn theo hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp mua, bán hàng hóa; hợp đồng ủy thác xuất khẩu, nhập khẩu nếu là hình thức xuất khẩu, nhập khẩu ủy thác (nếu có);
a.4) Đối với hàng hóa phải nhập khẩu trở lại do khách hàng nước ngoài từ chối nhận hàng hoặc không có người nhận hàng theo thông báo của hãng vận tải, phải có thêm thông báo của khách hàng nước ngoài hoặc văn bản thỏa thuận với khách hàng nước ngoài về việc nhận lại hàng hóa hoặc văn bản thông báo của hãng vận tải về việc không có người nhận hàng có nêu rõ lý do, số lượng, chủng loại hàng hóa trả lại đối với trường hợp hàng hóa do khách hàng trả lại.
Trường hợp vì lý do bất khả kháng hoặc người nộp thuế tự phát hiện hàng hóa có sai, sót, nhập khẩu trở lại thì không phải có văn bản này nhưng phải nêu rõ lý do nhập khẩu hàng hóa trả lại trong công văn đề nghị hoàn thuế.
a.5) Đối với hàng hóa nêu tại điểm b khoản 1 Điều 33 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu phải nộp thêm văn bản thông báo của doanh nghiệp bưu chính, dịch vụ chuyển phát nhanh quốc tế về việc không giao được cho người nhận.
b) Hàng hóa nhập khẩu đã nộp thuế nhập khẩu nhưng phải tái xuất được hoàn thuế nhập khẩu và không phải nộp thuế xuất khẩu
b.1) Công văn đề nghị hoàn thuế gửi qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo Mẫu số 6 tại Phụ lục II Thông tư này hoặc bản giấy theo Mẫu số 14 tại Phụ lục I Thông tư này;
b.2) Hóa đơn giá trị gia tăng hoặc hóa đơn bán hàng theo quy định của pháp luật về hóa đơn hoặc hóa đơn thương mại;
b.3) Chứng từ thanh toán hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp đã thanh toán;
b.4) Hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu và hóa đơn theo hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp mua, bán hàng hóa; hợp đồng ủy thác xuất khẩu, nhập khẩu nếu là hình thức xuất khẩu, nhập khẩu ủy thác (nếu có);
b.5) Văn bản thỏa thuận trả lại hàng hóa cho phía nước ngoài trong trường hợp xuất trả chủ hàng nước ngoài ban đầu đối với hàng hóa nhập khẩu quy định tại điểm a khoản 1 Điều 34 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 18/2021/NĐ-CP;
b.6) Văn bản thông báo của doanh nghiệp bưu chính, dịch vụ chuyển phát nhanh quốc tế về việc không giao được cho người nhận đối với hàng hóa nhập khẩu quy định tại điểm b khoản 1 Điều 34 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP;
b.7) Văn bản xác nhận của doanh nghiệp cung ứng tàu biển về số lượng, trị giá hàng hóa mua của doanh nghiệp đầu mối nhập khẩu đã thực cung ứng cho tàu biển nước ngoài kèm bảng kê chứng từ thanh toán của các hãng tàu biển nước ngoài đối với hàng hóa nhập khẩu quy định tại điểm c khoản 1 Điều 34 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP.
c) Hoàn thuế đối với máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển của các tổ chức, cá nhân được phép tạm nhập, tái xuất
c.1) Công văn đề nghị hoàn thuế gửi qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo Mẫu số 6 tại Phụ lục II Thông tư này hoặc bản giấy theo Mẫu số 14 tại Phụ lục I Thông tư này;
c.2) Chứng từ thanh toán hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp đã thanh toán;
c.3) Hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu và hóa đơn theo hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp mua, bán hàng hóa; hợp đồng ủy thác xuất khẩu, nhập khẩu nếu là hình thức xuất khẩu, nhập khẩu ủy thác.
d) Hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã xuất khẩu sản phẩm
d.1) Công văn đề nghị hoàn thuế gửi qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo Mẫu số 6 tại Phụ lục II Thông tư này hoặc bản giấy theo Mẫu số 14 tại Phụ lục I Thông tư này;
d.2) Chứng từ thanh toán hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp đã thanh toán;
d.3) Hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu và hóa đơn theo hợp đồng xuất khẩu, nhập khẩu đối với trường hợp mua, bán hàng hóa;
d.4) Hợp đồng ủy thác xuất khẩu, nhập khẩu nếu là hình thức xuất khẩu, nhập khẩu ủy thác.
Người nộp thuế kê khai trên tờ khai hải quan hàng xuất khẩu các thông tin về số, ngày hợp đồng, tên đối tác mua hàng hóa.
d.5) Báo cáo tính thuế nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu theo Mẫu số 15 tại Phụ lục I Thông tư này.
Số tiền thuế nhập khẩu của nguyên liệu, vật tư, linh kiện được hoàn thuế phải tương ứng với lượng, chủng loại nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu thực tế được sử dụng để sản xuất sản phẩm thực tế đã xuất khẩu.
d.6) Hợp đồng gia công ký với khách hàng nước ngoài (đối với trường hợp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, linh kiện để sản xuất sản phẩm, sau đó sử dụng sản phẩm này để gia công hàng hóa xuất khẩu theo hợp đồng gia công với nước ngoài);
d.7) Tài liệu chứng minh có cơ sở sản xuất trên lãnh thổ Việt Nam; có quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng đối với máy móc, thiết bị tại cơ sở sản xuất phù hợp với nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất hàng hóa.
đ) Hoàn thuế đối với trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu nhưng không có hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu hoặc nhập khẩu, xuất khẩu ít hơn so với hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu đã nộp thuế
Công văn đề nghị hoàn thuế gửi qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo Mẫu số 6 tại Phụ lục II Thông tư này hoặc bản giấy theo Mẫu số 14 tại Phụ lục I Thông tư này.
2. Trách nhiệm của người nộp thuế
a) Người nộp thuế khai chỉ tiêu thông tin hồ sơ đề nghị hoàn thuế và chứng từ, tài liệu có liên quan tại Phụ lục II Thông tư này, gửi đến Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan;
b) Trường hợp chưa khai báo được các chỉ tiêu quy định tại điểm a khoản này, người nộp thuế nộp bản chụp được ký số các chứng từ, tài liệu liên quan đến chỉ tiêu chưa khai báo được cho cơ quan hải quan qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan;
c) Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan gặp sự cố, người nộp thuế nộp 01 bản chính công văn đề nghị hoàn thuế xuất khẩu hoặc thuế nhập khẩu theo Mẫu số 14 tại Phụ lục I Thông tư này; 01 bản chính Báo cáo tính thuế nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu theo Mẫu số 15 tại Phụ lục I Thông tư này đối với trường hợp hoàn thuế hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã xuất khẩu sản phẩm; bản giấy các chứng từ, tài liệu theo quy định khoản 1 Điều này đến cơ quan hải quan.
3. Trách nhiệm của cơ quan hải quan
a) Cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế được hoàn hoặc cơ quan hải quan nơi được giao chức năng xử lý hoàn thuế thực hiện tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc tiếp nhận hồ sơ giấy trong trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan gặp sự cố;
b) Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ của người nộp thuế, cơ quan hải quan phản hồi cho người nộp thuế về việc tiếp nhận, phân loại hồ sơ hoặc không tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế đối với trường hợp không thuộc các trường hợp hoàn thuế thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo Mẫu số 3 tại Phụ lục II Thông tư này. Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan gặp sự cố, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế theo Mẫu số 05 tại Phụ lục I Thông tư này.
4. Phân loại hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều 30 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP.
5. Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 31 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP.
6. Trình tự, thủ tục hoàn thuế
a) Thủ tục hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế trước
Cơ quan hải quan căn cứ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế, thực hiện kiểm tra, rà soát, đối chiếu thông tin khai báo trên hồ sơ đề nghị hoàn thuế với thông tin quản lý tại cơ sở dữ liệu của cơ quan hải quan để xác định điều kiện hoàn thuế, số tiền thuế phải hoàn.
a.1) Trường hợp thông tin khai trên hồ sơ hoàn thuế không thống nhất với thông tin quản lý của cơ quan hải quan hoặc cơ quan hải quan cần làm rõ thông tin, hồ sơ thì cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo Mẫu số 7 tại Phụ lục II Thông tư này. Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan gặp sự cố, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế theo Mẫu số 06 tại Phụ lục I Thông tư này để người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin.
Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày người nộp thuế nhận được thông báo của cơ quan hải quan mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế thì cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế về việc chưa đủ cơ sở xem xét, xử lý hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại điểm a.3 khoản này.
a.2) Trường hợp xác định hồ sơ đủ điều kiện hoàn thuế thì cơ quan hải quan ban hành Quyết định hoàn thuế theo quy định tại điểm c.2.1 khoản này;
a.3) Trường hợp hồ sơ chưa đủ điều kiện hoàn thuế, cơ quan hải quan thông báo qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo Mẫu số 4 tại Phụ lục II Thông tư này. Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan gặp sự cố, cơ quan hải quan thông báo và gửi người nộp thuế theo Mẫu số 02 tại Phụ lục I Thông tư này.
b) Thủ tục hoàn thuế đối với hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế
Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày thông báo cho người nộp thuế về việc chấp nhận hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, cơ quan hải quan ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
b.1) Thẩm quyền ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế
Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn hoặc Thủ trưởng cơ quan hải quan được giao chức năng xử lý hoàn thuế ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế.
b.2) Nội dung, phương pháp kiểm tra
Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra theo nội dung, phạm vi của quyết định kiểm tra, theo nguyên tắc kiểm tra thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 22 Luật số 108/2025/QH15.
b.2.1) Kiểm tra hồ sơ hải quan, hồ sơ hoàn thuế, chứng từ, sổ sách kế toán, chứng từ thanh toán, phiếu xuất kho, nhập kho hoặc chứng từ thể hiện việc xuất, nhập kho hàng hóa; đối chiếu số tiền thuế đề nghị hoàn với số tiền thuế đã nộp trên Hệ thống kế toán tập trung của cơ quan hải quan, thông tin trong hồ sơ hoàn thuế với các thông tin trên Hệ thống liên quan đến tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu có số tiền thuế người nộp thuế đề nghị hoàn;
b.2.2) Trường hợp hoàn thuế theo quy định tại Điều 35 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP thì cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra nội dung kê khai của người nộp thuế về tỷ lệ khấu hao, phương pháp tính khấu hao;
b.2.3) Trường hợp hoàn thuế theo quy định tại Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra sự phù hợp giữa định mức người nộp thuế phản ánh trong Báo cáo tính thuế nguyên liệu, vật tư, linh kiện đề nghị hoàn thuế nhập khẩu theo Mẫu số 15 tại Phụ lục I Thông tư này với định mức thực tế sản xuất, sổ sách, chứng từ kế toán, tài liệu kỹ thuật trong quá trình sản xuất có liên quan đến nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu đề nghị hoàn thuế.
Trường hợp chưa có thông tin hoặc dữ liệu cần xác minh về kiểm tra cơ sở sản xuất, cơ quan hải quan kiểm tra cơ sở sản xuất, quyền sử dụng đối với máy móc, thiết bị tại cơ sở sản xuất.
b.2.4) Kiểm tra các chứng từ, tài liệu, dữ liệu khác có liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định tại Điều 16a Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 6 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC, khoản 5 Điều 1 Thông tư số 121/2025/TT-BTC;
b.2.5) Kết thúc việc kiểm tra, cơ quan hải quan phải xác định số tiền thuế được hoàn theo từng loại thuế, số tiền thuế không đủ điều kiện hoàn, lý do không đủ điều kiện hoàn.
Trường hợp hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng hoàn thuế theo Điều 33, Điều 34, Điều 35, Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu theo tờ khai hải quan đồng thời đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu theo quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, cơ quan hải quan phải xác định số tiền thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu được hoàn theo tờ khai hải quan và số tiền thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu được hoàn theo quyết định ấn định thuế.
b.3) Trình tự, thủ tục kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế
Thực hiện theo quy định tại Điều 39 Thông tư này.
c) Xử lý kết quả kiểm tra
c.1) Trường hợp hồ sơ chưa đủ điều kiện hoàn thuế, cơ quan hải quan thông báo theo Mẫu số 4 tại Phụ lục II Thông tư này qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan gặp sự cố, cơ quan hải quan thông báo theo Mẫu số 02 tại Phụ lục I Thông tư này và gửi người nộp thuế;
c.2) Trường hợp kết luận kiểm tra xác định hồ sơ đủ điều kiện hoàn thuế, cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế
c.2.1) Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế được hoàn hoặc Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi được giao nhiệm vụ xử lý hoàn thuế ban hành quyết định hoàn thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan gặp sự cố, cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế theo Mẫu số 16 tại Phụ lục I Thông tư này và gửi người nộp thuế, các cơ quan có liên quan (nếu có);
c.2.2) Trường hợp hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng hoàn thuế theo Điều 33, Điều 34, Điều 35, Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu theo tờ khai hải quan đồng thời đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu theo quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan, số tiền thuế được hoàn bao gồm số tiền thuế đã nộp theo tờ khai hải quan và số tiền thuế đã nộp theo quyết định ấn định thuế, việc ban hành quyết định hoàn thuế được thực hiện như sau:
Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn hoặc Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi được giao nhiệm vụ xử lý hoàn thuế ban hành quyết định hoàn thuế đối với số tiền thuế người nộp thuế đã nộp theo tờ khai hải quan.
Thủ trưởng cơ quan hải quan đã ban hành quyết định ấn định thuế thực hiện ban hành quyết định hoàn thuế đối với số tiền thuế người nộp thuế đã nộp theo Quyết định ấn định thuế.
7. Trình tự xử lý số tiền thuế được hoàn, bù trừ thực hiện theo quy định tại Điều 8 Thông tư này.
8. Trình tự, thủ tục xử lý thu hồi hoàn thuế thực hiện theo quy định tại khoản 6 Điều 7 Thông tư này.
9. Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có chức năng xử lý, tiếp nhận, phản hồi, ký số ban thông báo hồ sơ chưa đủ điều kiện hoàn thuế hoặc quyết định hoàn thuế thì cơ quan hải quan thực hiện xử lý trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.