Điều 39. Kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế
1. Các trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế thực hiện theo quy định điểm a, điểm b khoản 3 Điều 22 Luật số 108/2025/QH15.
2. Lập kế hoạch, phê duyệt và điều chỉnh kế hoạch kiểm tra hàng năm
a) Lựa chọn đối tượng kiểm tra (hàng hóa, tờ khai hải quan, người nộp thuế, hồ sơ thuế) để lập kế hoạch kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế theo nguyên tắc quản lý rủi ro;
b) Trên cơ sở danh sách đối tượng kiểm tra đã được lựa chọn (sau khi loại trừ các đối tượng thuộc danh sách kế hoạch điều tra chống buôn lậu, kiểm tra sau thông quan, kiểm tra chuyên ngành của cơ quan hải quan; kế hoạch kiểm tra của cơ quan thuế hoặc Kiểm toán nhà nước; kế hoạch thanh tra của cơ quan thanh tra; công tác điều tra của cơ quan công an), bộ phận kiểm tra lập kế hoạch kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế phù hợp với yêu cầu thực tế quản lý thuế;
c) Danh sách đối tượng kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế phải được Thủ trưởng cơ quan hải quan phê duyệt trước khi thực hiện kiểm tra;
d) Khi cần thiết, Thủ trưởng cơ quan hải quan thực hiện điều chỉnh kế hoạch kiểm tra trong trường hợp sau:
d1) Theo yêu cầu của Bộ trưởng Bộ Tài chính hoặc Thủ trưởng cơ quan hải quan cấp trên;
d2) Theo đề xuất của bộ phận lập kế hoạch kiểm tra;
d3) Trùng lặp trong hoạt động kiểm tra.
3. Ban hành quyết định kiểm tra
a) Thủ trưởng cơ quan hải quan ban hành Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế theo Mẫu số 49 tại Phụ lục I Thông tư này đối với các trường hợp quy định tại điểm a, điểm b khoản 3 Điều 22 Luật số 108/2025/QH15. Quyết định kiểm tra thuế được gửi người nộp thuế chậm nhất trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày ký và trước thời điểm công bố quyết định kiểm tra 05 ngày làm việc trừ trường hợp kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm. Trường hợp cần thiết, trước khi công bố quyết định kiểm tra, cơ quan hải quan có văn bản thông báo cho người nộp thuế theo Mẫu số 50 tại Phụ lục I Thông tư này để thông báo các nội dung cần chuẩn bị, chứng từ, hồ sơ, tài liệu có liên quan và cử người đại diện có thẩm quyền làm việc với Đoàn kiểm tra;
b) Thành phần Đoàn kiểm tra gồm: Trưởng đoàn kiểm tra, Phó Trưởng đoàn kiểm tra (nếu có) và các thành viên Đoàn kiểm tra.
Nhiệm vụ, quyền hạn của trưởng đoàn kiểm tra, các thành viên đoàn kiểm tra thực hiện theo quy định tại điểm b, điểm c khoản 5 Điều 22 Luật số 108/2025/QH15.
c) Đoàn kiểm tra thu thập thông tin, tài liệu, xác minh thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung kiểm tra và lập kế hoạch tiến hành kiểm tra, báo cáo người ban hành quyết định kiểm tra phê duyệt trước khi tiến hành kiểm tra.
4. Quyết định kiểm tra được bãi bỏ, điều chỉnh trong các trường hợp
Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế được người ban hành quyết định kiểm tra bãi bỏ trong trường hợp người nộp thuế đã bỏ trốn, giải thể, phá sản, mất tích, ngừng hoạt động và các trường hợp khác dẫn đến cơ quan hải quan không thực hiện được quyết định kiểm tra. Quyết định bãi bỏ quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế phải nêu rõ lý do bãi bỏ. Trường hợp cần điều chỉnh quyết định kiểm tra, người có thẩm quyền ban hành quyết định điều chỉnh.
5. Thời hạn kiểm tra
a) Thời hạn kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế thực hiện theo quy định tại điểm d khoản 3 Điều 22 Luật số 108/2025/QH15, không quá 20 ngày kể từ ngày công bố Quyết định kiểm tra. Trường hợp cần thiết, người có thẩm quyền ban hành Quyết định kiểm tra được gia hạn thời hạn kiểm tra một lần; thời gian gia hạn không quá 20 ngày. Trong trường hợp gia hạn, trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người có thẩm quyền ban hành Quyết định gia hạn theo Mẫu số 51 tại Phụ lục I Thông tư này và thông báo cho người nộp thuế biết trước khi hết thời hạn kiểm tra;
b) Thời gian tạm dừng kiểm tra theo quy định tại khoản 6 Điều này không tính vào thời hạn kiểm tra.
6. Tạm dừng kiểm tra
a) Tạm dừng kiểm tra trước khi công bố Quyết định kiểm tra
Cơ quan hải quan có văn bản thông báo cho người nộp thuế về việc tạm dừng kiểm tra trước khi công bố Quyết định kiểm tra theo Mẫu số 52 tại Phụ lục I Thông tư này trong các trường hợp sau:
a.1) Người nộp thuế có lý do bất khả kháng không thể thực hiện kiểm tra hoặc đang chịu sự kiểm tra, thanh tra, điều tra của cơ quan hải quan, cơ quan thuế, cơ quan thanh tra, Kiểm toán nhà nước, cơ quan công an và có văn bản đề nghị tạm dừng kiểm tra gửi Đoàn kiểm tra;
a.2) Cơ quan hải quan có lý do bất khả kháng hoặc có căn cứ khách quan khác làm ảnh hưởng đến việc thực hiện kiểm tra.
b) Tạm dừng kiểm tra trong quá trình kiểm tra
b.1) Các trường hợp tạm dừng kiểm tra
b.1.1) Cần xác minh tại cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan;
b.1.2) Có sự kiện bất khả kháng làm ảnh hưởng đến thời gian tiến hành kiểm tra;
b.1.3) Cần chuyển hồ sơ vụ việc sang cơ quan thanh tra, cơ quan điều tra hoặc cơ quan có thẩm quyền khác theo quy định của pháp luật;
b.1.4) Người nộp thuế đề nghị tạm dừng kiểm tra do cần thời gian xử lý, khắc phục sự cố phát sinh bởi sự kiện bất khả kháng hoặc lý do khách quan khác làm ảnh hưởng đến việc thực hiện kiểm tra. Văn bản đề nghị tạm dừng kiểm tra nêu rõ lý do tạm dừng và thời gian tạm dừng.
b.2) Cơ quan hải quan thông báo tạm dừng kiểm tra cho người nộp thuế theo Mẫu số 52 tại Phụ lục I Thông tư này trong các trường hợp quy định từ điểm b.1.1 đến b.1.3 khoản này.
Đối với trường hợp tạm dừng kiểm tra theo đề nghị của người nộp thuế, cơ quan hải quan xem xét thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận đề nghị của người nộp thuế. Trường hợp không chấp nhận đề nghị thì nêu rõ lý do.
b.3) Đoàn kiểm tra tiếp tục kiểm tra khi lý do tạm dừng không còn hoặc hết thời hạn tạm dừng kiểm tra.
7. Trường hợp người nộp thuế không chấp hành Quyết định kiểm tra, Đoàn kiểm tra lập biên bản để làm căn cứ xử lý vi phạm hành chính theo quy định của pháp luật. Trường hợp người nộp thuế chấp hành Quyết định kiểm tra, Đoàn kiểm tra tiến hành kiểm tra theo quy định tại khoản 9 Điều này.
9. Tiến hành kiểm tra
a) Công bố quyết định kiểm tra
Việc công bố Quyết định kiểm tra phải được thực hiện chậm nhất trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành Quyết định kiểm tra, trừ trường hợp tạm dừng kiểm tra theo quy định tại khoản 6 Điều này.
Khi tiến hành kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra tổ chức công bố Quyết định kiểm tra và lập Biên bản công bố Quyết định kiểm tra theo Mẫu số 53 tại Phụ lục I Thông tư này với đại diện có thẩm quyền của người nộp thuế.
b) Thực hiện kiểm tra
Đoàn kiểm tra thực hiện kiểm tra theo nội dung, phạm vi của quyết định kiểm tra, nguyên tắc kiểm tra thuế theo quy định tại khoản 1 Điều 22 Luật số 108/2025/QH15.
Trưởng đoàn kiểm tra, thành viên Đoàn kiểm tra yêu cầu người nộp thuế cung cấp thông tin, hồ sơ, tài liệu phục vụ công tác kiểm tra.
Đoàn kiểm tra thực hiện kiểm tra hồ sơ hải quan, đối chiếu nội dung khai báo với sổ kế toán, chứng từ kế toán, các chứng từ khác, tài liệu, dữ liệu có liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, kiểm tra thực tế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong trường hợp cần thiết và còn điều kiện, đánh giá việc chấp hành chính sách, pháp luật liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của người nộp thuế.
Trong quá trình kiểm tra, Đoàn kiểm tra ghi nhận kết quả kiểm tra khi kết thúc kiểm tra đối với từng nội dung bằng biên bản kiểm tra theo Mẫu số 54 tại Phụ lục I Thông tư này. Biên bản kiểm tra phải ghi nhận đầy đủ nội dung đã kiểm tra, kết quả kiểm tra, giải trình của người nộp thuế nếu có, hồ sơ, chứng từ, tài liệu do người nộp thuế cung cấp, tài liệu xác minh và các căn cứ làm cơ sở xem xét, kết luận kiểm tra.
Kết thúc kiểm tra, Đoàn kiểm tra lập Biên bản kiểm tra theo Mẫu số 54 tại Phụ lục I Thông tư này ghi nhận toàn bộ kết quả kiểm tra và thời gian kết thúc quá trình kiểm tra.
Trường hợp người nộp thuế không ký Biên bản kiểm tra thì Trưởng đoàn kiểm tra đề nghị người làm chứng ký xác nhận tại biên bản kiểm tra về việc người nộp thuế không ký biên bản và báo cáo người ban hành Quyết định kiểm tra để xử lý theo quy định.
10. Ban hành kết luận kiểm tra
Chậm nhất trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày kết thúc thời hạn kiểm tra, người ban hành Quyết định kiểm tra ký ban hành kết luận kiểm tra theo Mẫu số 55 tại Phụ lục I Thông tư này, trừ trường hợp quy định tại điểm b, điểm c khoản này.
a) Trường hợp có đủ cơ sở kết luận, Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ban hành Quyết định kiểm tra ký ban hành kết luận kiểm tra và các quyết định hành chính (nếu có) trên cơ sở hồ sơ, tài liệu, dữ liệu của Đoàn kiểm tra;
b) Trường hợp có nội dung đã đủ cơ sở kết luận và có nội dung cần ý kiến chuyên môn của cơ quan có thẩm quyền thì cơ quan hải quan ban hành Kết luận kiểm tra đối với nội dung đã đủ cơ sở kết luận. Đối với nội dung cần ý kiến chuyên môn, việc ban hành kết luận kiểm tra bổ sung được thực hiện theo điểm c khoản này;
c) Trường hợp chưa đủ cơ sở kết luận và cần ý kiến chuyên môn của cơ quan có thẩm quyền thì thời hạn ban hành kết luận kiểm tra là 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản trả lời của cơ quan chuyên môn có thẩm quyền.
Trường hợp quá 20 ngày kể từ ngày cơ quan hải quan gửi văn bản lấy ý kiến mà không nhận được ý kiến bằng văn bản của cơ quan chuyên môn có thẩm quyền thi cơ quan hải quan ban hành Kết luận kiểm tra trên cơ sở hồ sơ, tài liệu, dữ liệu hiện có và kết quả kiểm tra.
Trường hợp ngày cuối cùng của thời hạn ban hành kết luận kiểm tra là ngày nghỉ, ngày lễ, Tết thì thời hạn ban hành Kết luận kiểm tra là ngày làm việc tiếp theo.
11. Xử lý kết quả kiểm tra
Căn cứ kết luận kiểm tra, kết luận kiểm tra bổ sung, người ban hành Quyết định kiểm tra tổ chức thực hiện hoặc phân công người có thẩm quyền cấp dưới thực hiện các nội dung sau:
a) Ban hành các quyết định hành chính về quản lý thuế, quản lý hải quan theo quy định của pháp luật (nếu có);
b) Chuyển hồ sơ để xử lý theo quy định của pháp luật về hình sự hoặc pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính (nếu có);
c) Đôn đốc người nộp thuế thực hiện nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính và các khoản phải nộp khác (nếu có);
d) Ban hành quyết định hoặc tổ chức thực hiện cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế theo quy định của pháp luật (nếu có);
đ) Cập nhật thông tin trên hệ thống cơ sở dữ liệu của cơ quan hải quan theo quy định nếu có;
e) Kiến nghị cơ quan có thẩm quyền sửa đổi, bổ sung, hoàn thiện cơ chế, chính sách pháp luật (nếu có);
g) Xử lý trách nhiệm đối với tổ chức, cá nhân có liên quan theo quy định của pháp luật (nếu có).