Điều 28. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu khi làm thủ tục hải quan
1. Hồ sơ miễn thuế là hồ sơ hải quan theo quy định tại Luật số 54/2015/QH13 và các văn bản hướng dẫn thi hành.
2. Tùy từng trường hợp, người nộp thuế nộp thêm một trong các chứng từ sau:
a) Hợp đồng ủy thác trong trường hợp ủy thác xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa;
b) Hợp đồng cung cấp hàng hóa theo văn bản trúng thầu hoặc văn bản chỉ định thầu trong đó ghi rõ giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu;
c) Hợp đồng cung cấp hàng hóa cho tổ chức, cá nhân tiến hành hoạt động dầu khí trong đó ghi rõ giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu trong trường hợp tổ chức, cá nhân nhập khẩu hàng hóa cho hoạt động dầu khí;
d) Hợp đồng cho thuê tài chính trong trường hợp Công ty cho thuê tài chính nhập khẩu hàng hóa cung cấp cho đối tượng được hưởng ưu đãi miễn thuế, trong đó ghi rõ giá cung cấp hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu;
đ) Chứng từ chuyển nhượng hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế đối với trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng miễn thuế chuyển nhượng cho đối tượng miễn thuế khác, trong đó ghi rõ giá chuyển nhượng hàng hóa không bao gồm thuế nhập khẩu;
e) Danh mục miễn thuế đã được cơ quan hải quan tiếp nhận đối với trường hợp thông báo Danh mục miễn thuế bằng giấy kèm Phiếu theo dõi trừ lùi đã được cơ quan hải quan tiếp nhận.
Trường hợp thông báo Danh mục miễn thuế thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, người nộp thuế không phải nộp Danh mục miễn thuế, cơ quan hải quan sử dụng Danh mục miễn thuế trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan để thực hiện miễn thuế theo quy định.
g) Quyết định miễn thuế của Thủ tướng Chính phủ đối với trường hợp quy định tại các điểm a, điểm b và điểm đ khoản 1 Điều 28 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 18/2021/NĐ-CP;
h) Người nộp thuế tự kê khai và chịu trách nhiệm đối với hàng hóa nhập khẩu miễn thuế là phương tiện vận tải chuyên dùng quy định tại điểm b khoản 11, điểm a khoản 15 và điểm a khoản 16 Điều 16 Luật số 107/2016/QH13.
3. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu đối với hành lý của người xuất cảnh, nhập cảnh; hàng hóa có trị giá tối thiểu, hàng hóa gửi qua dịch vụ bưu chính, chuyển phát nhanh thực hiện theo quy định tại khoản 1, khoản 7 Điều này.
4. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư; nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được nhập khẩu để sản xuất trong thời hạn 05 năm; hàng hóa nhập khẩu phục vụ hoạt động dầu khí; hàng hóa nhập khẩu phục vụ hoạt động đóng tàu, tàu biển xuất khẩu; hàng hóa nhập khẩu giống cây trồng, giống vật nuôi, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật; nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất, lắp ráp trang thiết bị y tế thực hiện theo quy định tại Điều 13; khoản 1, 2 và 7 Điều này.
5. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu để gia công, sản phẩm gia công xuất khẩu; hàng hóa nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu; hàng hóa phục vụ trực tiếp cho giáo dục; hàng hóa sản xuất, gia công, tái chế, lắp ráp tại khu phi thuế quan; hàng hóa nhập khẩu không nhằm mục đích thương mại thực hiện theo quy định tại khoản 1, 2 và 7 Điều này.
6. Khi làm thủ tục xuất khẩu tại chỗ đối với sản phẩm gia công, sản phẩm sản xuất xuất khẩu được gia công, sản xuất từ hàng hóa nhập khẩu miễn thuế theo quy định tại điểm g khoản 2 Điều 10, điểm e khoản 2 Điều 12 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 18/2021/NĐ-CP, ngoài hồ sơ miễn thuế theo quy định tại khoản 1 Điều này, người xuất khẩu tại chỗ phải nộp thêm văn bản chỉ định giao hàng hóa tại Việt Nam của tổ chức, cá nhân nước ngoài.
Người xuất khẩu tại chỗ thông báo thông tin về tờ khai hải quan của sản phẩm nhập khẩu tại chỗ tương ứng đã hoàn thành thủ tục hải quan cho cơ quan hải quan nơi làm thủ tục xuất khẩu theo quy định tại Điều 86 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 121/2025/TT-BTC thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, trường hợp chưa thông báo được qua Hệ thống người nộp thuế thông báo theo Mẫu số 30 Phụ lục I Thông tư này.
7. Thủ tục miễn thuế
a) Người nộp thuế tự xác định, khai hàng hóa và số tiền thuế được miễn thuế (trừ việc kê khai số tiền thuế phải nộp đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để gia công do bên thuê gia công cung cấp) trên tờ khai hải quan khi làm thủ tục hải quan, chịu trách nhiệm trước pháp luật về nội dung khai báo;
b) Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục hải quan căn cứ hồ sơ miễn thuế, đối chiếu với các quy định hiện hành để thực hiện miễn thuế theo quy định.
Trường hợp cơ quan hải quan xác định hàng hóa nhập khẩu không thuộc đối tượng miễn thuế như khai báo thì thu thuế và xử phạt vi phạm (nếu có) theo quy định.
c) Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan tự động trừ lùi số lượng hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tương ứng với số lượng hàng hóa trong Danh mục miễn thuế.
Trường hợp thông báo Danh mục miễn thuế bản giấy, cơ quan hải quan thực hiện cập nhật và trừ lùi số lượng hàng hóa đã xuất khẩu, nhập khẩu tương ứng với số lượng hàng hóa trong Danh mục miễn thuế.
Trường hợp nhập khẩu hàng hóa miễn thuế theo tổ hợp, dây chuyền, người nộp thuế phải làm thủ tục hải quan tại cơ quan hải quan nơi lắp đặt máy móc, thiết bị. Tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan, người nộp thuế kê khai chi tiết hàng hóa trên tờ khai hải quan. Trường hợp không kê khai chi tiết được trên tờ khai hải quan, người nộp thuế lập bảng kê chi tiết về hàng hóa nhập khẩu theo Mẫu số 8 tại Phụ lục II Thông tư này thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc theo Mẫu số 31 tại Phụ lục I Thông tư này và đính kèm tờ khai hải quan.
8. Thủ tục miễn thuế đối với hàng hóa vượt định mức miễn thuế của tổ chức theo quy định tại khoản 2 Điều 7 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP
a) Hồ sơ đề nghị miễn thuế được gửi đến Cục Hải quan chậm nhất 15 ngày làm việc trước khi làm thủ tục hải quan;
b) Trường hợp hồ sơ đề nghị miễn thuế chưa đầy đủ, trong thời hạn tối đa 05 ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, Cục Hải quan phải thông báo cho tổ chức, cá nhân để hoàn chỉnh hồ sơ;
c) Trong thời hạn chậm nhất 15 ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận đủ hồ sơ, Bộ Tài chính ban hành quyết định miễn thuế hoặc thông báo không miễn thuế trên cơ sở đề xuất của Cục Hải quan;
d) Căn cứ hồ sơ hải quan và quyết định miễn thuế của Bộ Tài chính, cơ quan hải quan nơi làm thủ tục hải quan thực hiện thủ tục miễn thuế khi làm thủ tục hải quan theo quy định tại khoản 3 Điều này.
9. Thủ tục miễn thuế nhập khẩu đối với các trường hợp đặc thù
a) Người nộp thuế được miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định cho dự án theo quy định tại Điều 16 Luật số 107/2016/QH13 nhưng không nhập khẩu hàng hóa mà được phép tiếp nhận hàng hóa đã được miễn thuế nhập khẩu từ tổ chức, cá nhân khác chuyển nhượng tại Việt Nam thì người nộp thuế thực hiện đăng ký tờ khai hải quan mới đối với hàng hóa nhận chuyển nhượng và được miễn thuế nhập khẩu với điều kiện giá chuyển nhượng không bao gồm thuế nhập khẩu. Tổ chức, cá nhân chuyển nhượng hàng hóa không phải nộp lại số thuế nhập khẩu đã được miễn;
b) Tổ chức, cá nhân nhập khẩu ủy thác hoặc trúng thầu nhập khẩu hàng hóa để cung cấp cho đối tượng quy định tại Điều 16 Luật số 107/2016/QH13 được miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu ủy thác, trúng thầu với điều kiện giá cung cấp hàng hóa theo hợp đồng ủy thác hoặc giá trúng thầu theo quyết định trúng thầu không bao gồm thuế nhập khẩu;
c) Công ty cho thuê tài chính nhập khẩu hàng hóa để cung cấp cho đối tượng quy định tại Điều 14, Điều 16, Điều 17, Điều 25 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP và điểm a khoản 21 Điều 16 Luật số 107/2016/QH13 được sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 90/2025/QH15 thuê tài chính được miễn thuế nhập khẩu với điều kiện giá cho thuê không bao gồm thuế nhập khẩu. Trường hợp hàng hóa nhập khẩu cho thuê tài chính không sử dụng đúng mục đích miễn thuế thì công ty cho thuê tài chính phải đăng ký tờ khai hải quan mới, nộp thuế tại thời điểm đăng ký tờ khai mới. Trường hợp không đăng ký tờ khai hải quan mới, cơ quan hải quan thực hiện ấn định thuế theo quy định;
d) Trường hợp chuyển nhượng toàn bộ hoặc một phần dự án thuộc đối tượng ưu đãi đầu tư cho tổ chức, cá nhân khác, chủ dự án thông báo các chỉ tiêu thông tin quy định tại Mẫu số 9 tại Phụ lục II Thông tư này thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc theo Mẫu số 32 tại Phụ lục I Thông tư này cho cơ quan hải quan nơi tiếp nhận thông báo Danh mục miễn thuế trước khi chuyển nhượng dự án và không phải nộp lại số tiền thuế nhập khẩu đã được miễn đối với hàng hóa chuyển nhượng theo dự án.
Tổ chức, cá nhân nhận chuyển nhượng dự án phải đăng ký tờ khai hải quan mới đối với hàng hóa nhận chuyển nhượng và được miễn thuế nhập khẩu nếu tại thời điểm chuyển nhượng dự án đầu tư vẫn thuộc đối tượng ưu đãi đầu tư theo quy định của pháp luật đầu tư. Thời hạn thực hiện đăng ký tờ khai hải quan mới chậm nhất là 60 ngày kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đầu tư điều chỉnh hoặc Quyết định chấp thuận điều chỉnh chủ trương đầu tư hoặc chậm nhất là 60 ngày kể từ ngày ký hợp đồng chuyển nhượng, văn bản thỏa thuận chuyển nhượng toàn bộ hoặc một phần dự án đối với trường hợp dự án không thuộc diện chấp thuận chủ trương đầu tư, cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.
Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận Danh mục miễn thuế của chủ dự án chuyển nhượng dừng sử dụng Danh mục miễn thuế trên Hệ thống hoặc thu hồi Danh mục miễn thuế bản giấy và Phiếu theo dõi trừ lùi của chủ dự án chuyển nhượng; tiếp nhận Danh mục miễn thuế đối với số lượng hàng hóa chủ dự án chuyển nhượng chưa nhập khẩu hết.
Trường hợp chuyển nhượng toàn bộ dự án nhưng chủ dự án chưa nhập khẩu hết hàng hóa theo Danh mục miễn thuế hoặc chuyển nhượng một phần dự án nhưng chủ dự án chưa nhập khẩu hết hàng hóa theo Danh mục miễn thuế thuộc phần dự án chuyển nhượng, tổ chức, cá nhân nhận chuyển nhượng thông báo Danh mục miễn thuế đối với hàng hóa chưa nhập khẩu hết thuộc dự án hoặc phần dự án chuyển nhượng.
Trường hợp chuyển nhượng một phần dự án mà chủ dự án chưa nhập khẩu hết hàng hóa theo Danh mục miễn thuế thuộc phần dự án tiếp tục thực hiện, chủ dự án chuyển nhượng thực hiện thông báo Danh mục miễn thuế đối với số lượng hàng hóa chưa nhập khẩu hết thuộc phần dự án tiếp tục thực hiện.
đ) Hàng hóa nhập khẩu đã được miễn thuế nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án ưu đãi đầu tư được sử dụng cho dự án ưu đãi đầu tư khác của cùng chủ dự án thì chủ đầu tư đăng ký tờ khai hải quan mới đối với số hàng hóa điều chuyển và được miễn thuế nhập khẩu nếu đáp ứng các điều kiện sau: Giá của hàng hóa nhập khẩu được điều chuyển không bao gồm thuế nhập khẩu; phù hợp với lĩnh vực, quy mô của dự án ưu đãi đầu tư tiếp nhận; đáp ứng quy định về tài sản cố định; có tên trong Danh mục miễn thuế của dự án tiếp nhận đã thông báo cho cơ quan hải quan.
Hàng hóa tiếp nhận được trừ lùi trên Danh mục miễn thuế của dự án tiếp nhận đã thông báo với cơ quan hải quan. Chủ dự án điều chuyển được nhập khẩu bổ sung số lượng hàng hóa thay thế hàng hóa đã điều chuyển. Chủ dự án điều chuyển thực hiện thông báo bổ sung Danh mục miễn thuế theo quy định tại khoản 5 Điều 13 Thông tư này.
e) Hàng hóa nhập khẩu thuộc các trường hợp quy định tại Điều 16 (trừ trường hợp quy định tại khoản 6, khoản 7 Điều 16) Luật số 107/2016/QH13 được sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 90/2025/QH15 và Luật số 133/2025/QH15 buộc phải tiêu hủy và thực tế đã tiêu hủy theo quy định của pháp luật được miễn thuế nhập khẩu. Việc tiêu hủy phải tuân thủ theo các quy định của pháp luật có liên quan và có sự giám sát trực tiếp của công chức hải quan. Trước khi tiêu hủy, người nộp thuế phải có văn bản thông báo cho cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu nêu rõ lý do tiêu hủy, tên gọi hàng hóa tiêu hủy, thời gian và địa điểm tiêu hủy; văn bản cho phép tiêu hủy của cơ quan quản lý chuyên ngành hoặc Sở Nông nghiệp và Môi trường.
Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày tiêu hủy, người nộp thuế phải nộp cho cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai nhập khẩu: Biên bản xác nhận kết quả tiêu hủy phải có họ tên, chữ ký, dấu của giám đốc doanh nghiệp có hàng hóa tiêu hủy; họ tên, chữ ký của công chức hải quan giám sát việc tiêu hủy, những người được giám đốc doanh nghiệp giao thực hiện và giám sát việc tiêu hủy; chữ ký của đại diện của cơ quan Nhà nước liên quan (nếu có).
10. Thu hồi tiền miễn thuế
Cơ quan hải quan thực hiện ấn định thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế đã thu hồi số tiền thuế đã miễn trong các trường hợp sau:
a) Trường hợp cơ quan hải quan phát hiện người nộp thuế thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa đối với hàng hóa đã được miễn thuế nhưng không tự giác kê khai, nộp thuế với cơ quan hải quan;
b) Trường hợp theo kiến nghị của cơ quan thanh tra, kiểm tra, kiểm toán, cơ quan chức năng khác.