Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25 tháng 3 năm 2015 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đã được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC ngày 20 tháng 4 năm 2018 của Bộ trưởng Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC — Thông tư 121/2025/TT-BTC

1. Sửa đổi, bổ sung Điều 3 Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa
đổi, bổ sung bởi khoản 2 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC như sau:
"Điều 3. Quy định về nộp, xác nhận và sử dụng các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan, hồ sơ thuế
1. Người khai hải quan, người nộp thuế không phải nộp tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu (sau đây gọi tắt là tờ khai hải quan) khi đề nghị cơ quan hải quan thực hiện các thủ tục miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, gia hạn nộp thuế, nộp dần tiền thuế nợ, xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế, khoanh tiền thuế nợ, xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, trừ trường hợp khai hải quan trên tờ khai hải quan giấy.
2. Khi làm thủ tục hải quan, người khai hải quan khai và nộp, xuất trình các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan; hồ sơ khai bổ sung; hồ sơ xác định trước mã số, xuất xứ, trị giá hải quan; hồ sơ tham vấn và xác định trị giá hải quan; thông báo Danh mục hàng hoá miễn thuế; báo cáo sử dụng hàng hóa miễn thuế; hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế; hồ sơ miễn tiền chậm nộp; hồ sơ đề nghị xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa; hồ sơ đề nghị gia hạn nộp thuế; hồ sơ nộp dần tiền thuế nợ; hồ sơ xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế; hồ sơ đề nghị khoanh tiền thuế nợ; hồ sơ đề nghị xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt cho cơ quan hải quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo nguyên tắc người khai hải quan tự chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực và hợp pháp của nội dung đã khai và các chứng từ đã nộp; sự thống nhất nội dung thông tin giữa hồ sơ lưu tại doanh nghiệp với hồ sơ lưu tại cơ quan hải quan. Trường hợp các chứng từ được phát hành dưới dạng thông điệp dữ liệu hoặc được chuyển đổi hình thức từ văn bản giấy sang dữ liệu điện tử thì phải đáp ứng đủ các yêu cầu theo quy định tại Luật Giao dịch điện tử.
Trường hợp các chứng từ đã được cấp trên Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc trên Cổng dịch vụ công trực tuyến hoặc cơ quan có thẩm quyền ở nước xuất khẩu gửi dưới dạng điện tử thông qua Cổng thông tin một cửa ASEAN hoặc Cổng thông tin trao đổi với các nước khác theo quy định của Điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên thì người khai hải quan không phải nộp.
Khi kiểm tra hồ sơ, cơ quan hải quan căn cứ vào các thông tin trên tờ khai hải quan và các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan do người khai hải quan nộp thông qua Hệ thống để kiểm tra, đối chiếu và lưu trữ.
3. Trường hợp khai hải quan trên tờ khai hải quan giấy, người khai hải quan, người nộp thuế nộp hoặc xuất trình các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan cho cơ quan hải quan khi làm thủ tục hải quan. Trường hợp theo quy định của pháp luật phải nộp bản chính các chứng từ dưới dạng giấy thì bản chính đó phải được nộp trực tiếp hoặc gửi qua đường bưu chính cho cơ quan hải quan. Trường hợp pháp luật chuyên ngành quy định nộp bản chụp hoặc không quy định cụ thể bản chính hay bản chụp thì người khai hải quan được nộp bản chụp. Trường hợp bản chụp hoặc các chứng từ do người nước ngoài phát hành bằng hình thức điện tử, thư điện tử, fax, telex hoặc các chứng từ, tài liệu do người khai hải quan, người nộp thuế phát hành thì người khai hải quan, người nộp thuế phải xác nhận, ký tên, đóng dấu và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực và hợp pháp của các chứng từ đó. Trường hợp bản chụp có nhiều trang thì người khai hải quan, người nộp thuế xác nhận, ký tên, đóng dấu lên trang đầu và đóng dấu giáp lai toàn bộ văn bản.
4. Các chứng từ thuộc hồ sơ nêu tại khoản 1, khoản 2, khoản 3 Điều này nếu không phải bản tiếng Việt hoặc tiếng Anh thì người khai hải quan, người nộp thuế phải dịch ra tiếng Việt hoặc tiếng Anh và chịu trách nhiệm về nội dung bản dịch. Đối với trường hợp nêu tại khoản 3 Điều này, người khai hải quan phải ký tên đóng dấu trên bản dịch."

2. Sửa đổi, bổ sung khoản 5 Điều 6 Thông tư số 38/2015/TT-BTC như sau :
Tổ chức, cá nhân tham gia khai hải quan qua Hệ thống phải đáp ứng các điều kiện sau:

1. Hồ sơ hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu

2. Hồ sơ hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu

5. Sửa đổi, bổ sung Điều 16a Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 6 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC như sau:
"Điều 16a. Lưu giữ hồ sơ hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu
1. Hồ sơ hải quan người khai hải quan phải lưu giữ gồm:
a) Tờ khai hải quan;
b) Giấy phép xuất khẩu, giấy phép nhập khẩu và phiếu theo dõi trừ lùi (nếu có);
c) Giấy đăng ký kiểm tra chuyên ngành trong trường hợp hàng hóa thuộc đối tượng phải kiểm tra chuyên ngành được cơ quan hải quan cho phép đưa hàng về bảo quản và Biên bản lấy mẫu có xác nhận của cơ quan kiểm tra chuyên ngành hoặc doanh nghiệp, tổ chức đánh giá sự phù hợp đối với hàng hóa phải lấy mẫu theo quy định của pháp luật quản lý, kiểm tra chuyên ngành;
d) Giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành;
đ) Hợp đồng mua bán hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu (bao gồm cả hợp đồng gia công, hợp đồng thuê gia công lại, hợp đồng thuê mượn, hợp đồng cho thuê tài chính, hợp đồng sửa chữa, bảo hành và Phụ lục hợp đồng, các chứng từ có liên quan đến điều chỉnh, bổ sung hợp đồng) hoặc các chứng từ có giá trị tương đương theo quy định của pháp luật về thương mại, quản lý ngoại thương. Hợp đồng ủy thác trong trường hợp ủy thác xuất khẩu, ủy thác nhập khẩu;
e) Chứng từ xác nhận tổ chức, cá nhân đủ điều kiện xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa theo quy định của pháp luật về đầu tư;
g) Hóa đơn thương mại hoặc chứng từ có giá trị tương đương trong trường hợp người mua phải thanh toán cho người bán;
h) Vận đơn hoặc các chứng từ vận tài khác có giá trị tương đương;
i) Chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa đối với các trường hợp phải nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa theo quy định tại Thông tư của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về xác định xuất xứ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu;
k) Bảng kê chi tiết hàng hoá đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phải có bảng kê chi tiết hàng hoá khi làm thủ tục hải quan;
1) Tài liệu kỹ thuật, catalogue, bản phân tích thành phần, chứng thư giám định liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu (nếu có);
m) Danh mục máy móc thiết bị nhập khẩu và Phiếu theo dõi trừ lùi khi khai báo mã số đối với trường hợp phân loại máy liên hợp hoặc tổ hợp máy thuộc các Chương 84, 85 và 90 của Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam và phân loại máy móc, thiết bị ở dạng chưa lắp ráp hoặc tháo rời;
n) Sổ, chứng từ kế toán có liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật về kế toán, bao gồm cả dữ liệu, chứng từ, tài liệu về xuất kho, nhập kho hàng hoá;
o) Báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu vật tư, máy móc, thiết bị nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu và chứng từ, tài liệu, dữ liệu làm cơ sở lập báo cáo quyết toán; định mức sử dụng dự kiến; sơ đồ thiết kế mẫu sản phẩm hoặc quy trình sản xuất, sơ đồ giác mẫu (nếu có); định mức sử dụng thực tế sản xuất sản phẩm xuất khẩu và chứng từ, tài liệu, dữ liệu liên quan đến hoạt động gia công, sản xuất sản phẩm xuất khẩu;
p) Hồ sơ, chứng từ có liên quan đến việc kiểm tra, xác định trị giá hải quan theo quy định tại Thông tư số 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 60/2019/TT-BTC ngày 30/8/2019 của Bộ trưởng Bộ Tài chính và quy định tại Điều 25 Thông tư này;
q) Hồ sơ, chứng từ, dữ liệu khác có liên quan đến việc miễn thuế; hồ sơ giảm thuế; hồ sơ hoàn thuế; hồ sơ hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu không thuộc đối tượng chịu thuế; hồ sơ xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; gia hạn nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; nộp dần tiền thuế nợ; khoanh tiền thuế nợ và xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu;
r) Văn bản thông báo kết quả xác định trước về mã số, xuất xứ, trị giá hải quan (nếu có);
s) Hồ sơ liên quan đến việc khai bổ sung, khai thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định tại Điều 20 và Điều 21 Thông tư này;
t) Hồ sơ liên quan đến thủ tục hải quan đối với hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất theo quy định tại Điều 82 Thông tư này và hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đăng ký tờ khai hải quan một lần theo quy định tại Điều 93 Thông tư này;
u) Các chứng từ khác có liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định tại các Nghị định ban hành Biểu thuế xuất khẩu, Biểu thuế nhập khẩu và pháp luật chuyên ngành.
2. Người khai hải quan chịu trách nhiệm lưu giữ bản chính các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan quy định tại khoản 1 Điều này trong thời hạn theo quy định tại điểm đ khoản 2 Điều 18 Luật Hải quan, xuất trình cho cơ quan hải quan khi kiểm tra sau thông quan. Bản chính có thể được thể hiện dưới dạng chứng từ điện tử hoặc chứng từ giấy.
Trường hợp bản chính dưới dạng chứng từ giấy đã nộp cho cơ quan hải quan, người khai hải quan phải lưu bản chụp. Đối với chứng từ dưới dạng điện tử, người khai hải quan phải lưu bản điện tử theo quy định của Luật Giao dịch điện tử.
Trường hợp người khai hải quan là đại lý làm thủ tục hải quan (bao gồm cả các doanh nghiệp chuyển phát nhanh đã được công nhận là đại lý làm thủ tục hải quan) thì chủ hàng chịu trách nhiệm lưu giữ các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan. Trường hợp chủ hàng là thương nhân nước ngoài không hiện diện tại Việt Nam thực hiện quyền kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu thì đại lý làm thủ tục hải quan chịu trách nhiệm lưu giữ các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan.
6. Sửa đổi, bổ sung một số điểm của khoản 1, khoản 8 Điều 18 Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 7 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC như sau:
a) Sửa đổi điểm a, điểm e, điểm g khoản 1 như sau:
"a) Người khai hải quan phải khai đầy đủ các thông tin trên tờ khai hải quan theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 01 hoặc mẫu số 02 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này và các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan quy định tại Điều 16 Thông tư này theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 03 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này cho cơ quan hải quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
Trường hợp Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan chưa có chức năng tiếp nhận chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 03 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này, người khai hải quan nộp bản scan có xác nhận bằng chữ ký số các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan cho cơ quan hải quan thông qua hệ thống. Cơ quan hải quan có trách nhiệm thông báo trên trang thông tin điện tử hải quan thời điểm Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có chức năng tiếp nhận chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 03 Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư này.
Trường hợp khai trên tờ khai hải quan giấy thì người khai hải quan nộp 02 bản chính tờ khai hải quan theo hướng dẫn tại Phụ lục IV ban hành kèm Thông tư này và nộp, xuất trình bộ hồ sơ hải quan theo quy định tại Điều 3, Điều 16 Thông tư này cho cơ quan hải quan khi đăng ký tờ khai hải quan.
Trường hợp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư để gia công, sản xuất xuất khẩu, và xuất khẩu sản phẩm gia công, sản xuất xuất khẩu, người khai hải quan phải khai mã sản phẩm xuất khẩu, mã nguyên liệu, vật tư nhập khẩu phù hợp với thực tế quản trị, sản xuất của người khai hải quan tại chỉ tiêu mô tả hàng hóa theo hướng dẫn của Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này trên tờ khai hải quan khi làm thủ tục nhập khẩu, xuất khẩu;

1. Các trường hợp khai bổ sung
Trừ các chỉ tiêu thông tin trên tờ khai hải quan không được khai bổ sung quy định tại mục 3 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này, người khai hải quan được khai bổ sung các chỉ tiêu thông tin trên tờ khai hải quan và nộp bổ sung hồ sơ trong các trường hợp sau:

2. Thủ tục khai bổ sung
Trừ các trường hợp khai bổ sung quy định tại khoản 3 Điều này, thủ tục khai bổ sung thực hiện như sau:

3. Thủ tục khai bổ sung trong trường hợp xuất khẩu, nhập khẩu được thỏa thuận mua, bán nguyên lô, nguyên tàu và có thỏa thuận về dung sai về số lượng và cấp độ thương mại của hàng hóa

9. Sửa đổi, bổ sung điểm b khoản 2 Điều 21 Thông tư số 38/2015/TT-
BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 10 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-
BTC như sau:
"b) Đối với trường hợp thay đổi mục đích sử dụng bằng hình thức tái xuất:
Người nộp thuế phải kê khai theo quy định tại điểm a khoản này nhưng không phải nộp thuế.
Trường hợp hàng hoá nhập khẩu để gia công, sản xuất xuất khẩu, chế xuất khi thay đổi mục đích sử dụng bằng hình thức tái xuất, người khai hải quan thực hiện thủ tục xuất khẩu theo quy định, không phải khai thay đổi mục đích sử dụng.
Chính sách thuế thực hiện theo quy định hiện hành."

10. Sửa đổi, bổ sung Điều 22 Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 11 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC như sau:
"Điều 22. Hủy tờ khai hải quan
I. Các trường hợp hủy tờ khai
a) Tờ khai hải quan không có giá trị làm thủ tục hải quan trong các trường hợp sau đây:
a.1) Quá thời hạn 15 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai, hàng hóa được miễn kiểm tra thực tế nhưng không có hàng nhập khẩu đến cửa khẩu nhập hoặc hàng xuất khẩu chưa đưa vào khu vực giám sát hải quan tại cửa khẩu xuất;
a.2) Quá thời hạn 15 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai mà người khai hải quan chưa nộp hoặc xuất trình hồ sơ hải quan;
a.3) Quá thời hạn 15 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai mà người khai hải quan chưa xuất trình hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải kiểm tra thực tế đề cơ quan hải quan kiểm tra;
a.4) Tờ khai hải quan xuất khẩu tại chỗ quá hạn 15 ngày kể từ ngày thông quan hoặc giải phóng hàng nhưng người nhập khẩu không đăng ký tờ khai nhập khẩu tại chỗ đối ứng, trừ trường hợp quy định tại điểm a.6 khoản 5 Điều 86 Thông tư này;
a.5) Tờ khai hải quan xuất khẩu đối với hàng hóa mua, bán, thuê, mượn giữa doanh nghiệp nội địa với DNCX, doanh nghiệp trong khu phi thuế quan, giữa hai DNCX quá hạn 15 ngày kể từ ngày thông quan hoặc giải phóng hàng nhưng người nhập khẩu không đăng ký tờ khai nhập khẩu đối ứng.
b) Hủy tờ khai hải quan theo yêu cầu của người khai hải quan:
b.1) Tờ khai hải quan đã được đăng ký nhưng chưa được thông quan do Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có sự cố;
b.2) Tờ khai hàng hóa xuất khẩu đã có hàng hóa đưa vào khu vực giám sát hải quan nhưng thực tế không xuất khẩu;
b.3) Tờ khai hàng hóa nhập khẩu đã được đăng ký nhưng thực tế hàng hóa không nhập khẩu và hàng hóa chưa đưa qua khu vực giám sát;
b.4) Tờ khai hải quan đã đăng ký nhưng người khai hải quan khai sai các chỉ tiêu thông tin quy định tại mục 3 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này, trừ trường hợp tờ khai hải quan nhập khẩu đã thông quan hoặc giải phóng hàng hoặc đưa hàng về bảo quản và hàng hóa đã qua khu vực giám sát hải quan hoặc tờ khai hải quan xuất khẩu đã thông quan hoặc giải phóng hàng và hàng hóa thực tế đã xuất khẩu;
b.5) Tờ khai hải quan xuất khẩu tại chỗ, tờ khai hải quan xuất khẩu đối với hàng hóa mua, bán, thuê, mượn giữa doanh nghiệp nội địa với DNCX, doanh nghiệp trong khu phi thuế quan, giữa hai DNCX đã hoàn thành kiểm tra hải quan hoặc giải phóng hàng nhưng người xuất khẩu hoặc người nhập khẩu hủy giao dịch xuất khẩu, nhập khẩu.
2. Thủ tục hủy tờ khai hải quan
a) Trách nhiệm người khai hải quan:
Khi đề nghị hủy tờ khai hải quan, người khai hải quan khai thông tin đề nghị huỳ tờ khai hải quan theo mẫu số 06 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này và nộp các chứng từ chứng minh việc hủy tờ khai (nếu có) thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc nộp 02 bản chính văn bản đề nghị hủy tờ khai hải quan theo mẫu số 04/HTK/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này trong trường hợp khai tờ khai hải quan giấy cho cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai.
Trường hợp hàng hóa xuất khẩu đã đưa vào khu vực giám sát hải quan nhưng thực tế không xuất khẩu, nếu hủy tờ khai để đưa trở lại nội địa, người khai hải quan phải cam kết trong văn bản đề nghị về việc chưa thực hiện việc hoàn thuế, không thu thuế cho lô hàng thuộc tờ khai hàng hóa xuất khẩu tại cơ quan thuế nội địa hoặc tại cơ quan hải quan và chịu trách nhiệm về nội dung đã khai báo. Nếu cơ quan hải quan hoặc cơ quan thuế kiểm tra phát hiện người khai hải quan đã hoàn thuế thì người khai hải quan bị xử lý theo quy định của pháp luật.
b) Trách nhiệm của cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai:
b.1) Trường hợp hủy tờ khai hải quan quy định tại điểm a khoản 1 Điều này:
b.1.1) Chậm nhất 01 ngày làm việc kể từ ngày tờ khai hải quan không có giá trị làm thủ tục hải quan, hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan kiểm tra, xác minh thông tin hàng hóa nhập khẩu đã đến cửa khẩu nhập hoặc hàng hóa xuất khẩu đã đưa vào khu vực giám sát hải quan trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc thực hiện việc xác minh tại Hải quan quản lý địa điểm lưu giữ hàng hóa tại cửa khẩu trong trường hợp Hệ thống xử lý.dữ liệu điện tử hải quan chưa kết nối trao đổi thông tin giám sát hàng hóa;
b.1.2) Trường hợp kết quả kiểm tra, xác minh là phù hợp, thực hiện việc hủy tờ khai hải quan và thông báo thông tin hủy tờ khai hải quan cho người khai hải quan trên Hệ thống.
b.2) Trường hợp hủy tờ khai hải quan quy định tại điểm b khoản 1 Điều này: Trong thời hạn 08 (tám) giờ làm việc kể từ khi nhận đề nghị hủy tờ khai hải quan của người khai hải quan, công chức hải quan kiểm tra lý do, điều kiện và thông tin tờ khai hải quan đề nghị hủy trên Hệ thống, đề xuất Lãnh đạo phê duyệt, thực hiện việc hủy tờ khai hải quan và phản hồi kết quả cho người khai hải quan trên Hệ thống;
b.3) Thực hiện xử lý tiền thuế đã nộp (nếu có) theo quy định tại Điều 131 Thông tư này;
b.4) Trường hợp hủy tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải quản lý, theo dõi trừ lùi có ảnh hưởng đến thông tin quản lý, theo dõi trừ lùi trên Hệ thống thì sau khi hủy tờ khai hải quan, cơ quan hải quan có trách nhiệm cập nhật thông tin vào Hệ thống;
b.5) Thông báo cho Chi cục Thuế tỉnh, thành phố nơi doanh nghiệp đăng ký kinh doanh đối với hàng hóa xuất khẩu có nguồn gốc từ trong nước theo mẫu số 01/TB-XNKTC/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này hoặc thông báo cho Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu đối với hàng hóa xuất khẩu có nguồn gốc nhập khẩu (nếu hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan xuất khẩu khác hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu) để theo dõi, không xử lý hoàn thuế, khấu trừ thuế, không thu thuế đối với hàng hoá thuộc tờ khai hải quan xuất khẩu đã huỷ;
b.6) Trường hợp cơ quan hải quan có thông tin vi phạm pháp luật liên quan đến lô hàng thì tờ khai chỉ được hủy sau khi đã thực hiện các biện pháp nghiệp vụ và xác định lô hàng không vi phạm pháp luật hoặc đã hoàn thành việc xử lý vi phạm theo quy định của pháp luật;
b.7) Đối với tờ khai hải quan giấy, ngoài thực hiện các nội dung tương ứng tại điểm b.1, điểm b.2, điểm b.3, điểm b.4, điểm b.5, điểm b.6 khoản này, công chức hải quan nơi đăng ký tờ khai gạch chéo bằng bút mực, ký tên, đóng dấu công chức lên tờ khai hải quan được huỷ; lưu tờ khai hải quan được huỷ theo thứ tự số đăng ký tờ khai hải quan."

11. Sửa đổi, bổ sung Điều 24 Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 13 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC như sau:
"Điều 24. Kiểm tra tên hàng, mã số hàng hóa, mức thuế, đơn vị tính
1. Kiểm tra tên hàng, mã số hàng hóa, mức thuế, đơn vị tính khi kiểm tra hồ sơ hải quan
a) Nội dung kiểm tra
Kiểm tra tính chính xác, đầy đủ của nội dung khai về tên hàng, mô tả hàng hoá, mã số hàng hóa, mức thuế, đơn vị tính trên tờ khai hải quan với các thông tin trong bộ hồ sơ hải quan, các quy định về phân loại hàng hóa, áp dụng mức thuế.
b) Xử lý kết quả kiểm tra
b.1) Trường hợp xác định người khai hải quan khai báo tên hàng, mô tả hàng hoá, mã số hàng hóa, mức thuế và đơn vị tính chính xác, đầy đủ thì cơ quan hải quan chấp nhận nội dung khai;
b.2) Trường hợp đủ căn cứ để xác định người khai hải quan khai không đúng tên hàng, mô tả hàng hoá, mã số hàng hóa, mức thuế và đơn vị tính thì yêu cầu người khai hải quan khai bổ sung theo quy định tại Điều 20 Thông tư này và xử lý vi phạm theo quy định của pháp luật. Trường hợp người khai hải quan không thực hiện khai bổ sung thì cơ quan hải quan xác định lại mã số hàng hóa, mức thuế và thực hiện ấn định thuế, xử lý vi phạm theo quy định của pháp luật và cập nhật kết quả kiểm tra vào Hệ thống, thông quan hàng hóa sau khi người khai hải quan nộp đủ tiền thuế, tiền phạt (nếu có) theo quy định;
b.3) Trường hợp chưa đủ căn cứ để xác định tên hàng, mô tả hàng hoá, mã số hàng hóa, mức thuế thì cơ quan hải quan yêu cầu người khai hải quan nộp bổ sung tài liệu kỹ thuật hoặc hợp đồng mua bán hàng hóa hoặc chứng từ khác có liên quan chứng minh cơ sở khai báo.
b.3.1) Trường hợp kiểm tra tài liệu nộp bổ sung, cơ quan hải quan có đủ cơ sở xác định người khai hải quan khai không đúng tên hàng, mã số hàng hóa, mô tả hàng hoá, mức thuế thì thực hiện như quy định tại điểm b.2 khoản này;
b.3.2) Trường hợp người khai hải quan không nộp bổ sung tài liệu chứng minh cơ sở khai báo hoặc tài liệu nộp bổ sung chưa đủ cơ sở để xác định tên hàng, mô tả hàng hoá, mã số hàng hóa, mức thuế thì cơ quan hải quan quyết định kiểm tra thực tế hàng hoá hoặc yêu cầu phân tích phân loại hoặc kiểm tra, đánh giá tiêu chí kỹ thuật bằng máy móc, thiết bị tại cơ quan kiểm định hải quan hoặc giám định, thử nghiệm.
Mẫu hàng hóa gửi phân tích phân loại hoặc kiểm tra, đánh giá tiêu chí kỹ thuật bằng máy móc, thiết bị kỹ thuật tại cơ quan kiểm định hải quan phải thuộc Danh mục hàng hóa tiếp nhận phân tích phân loại hoặc Danh mục kiểm tra, đánh giá tiêu chí kỹ thuật bằng máy móc, thiết bị kỹ thuật tại cơ quan kiểm định hải quan do Cục Hải quan ban hành được công bố trên Cổng thông tin điện tử của ngành Hải quan.
2. Kiểm tra tên hàng, mã số hàng hóa, mức thuế khi kiểm tra thực tế
a) Nội dung kiểm tra
Kiểm tra tính chính xác, đầy đủ của nội dung khai về tên hàng, mô tả hàng hoá, mã số hàng hóa, mức thuế trên tờ khai hải quan với thực tế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
Khi kiểm tra thực tế hàng hóa, công chức hải quan phải xác định tên hàng, mô tả hàng hoá, mã số hàng hóa, mức thuế theo các tiêu chí nêu trong Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam, Biểu thuế áp dụng đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu;
b) Xử lý kết quả kiểm tra
b.1) Trường hợp kết quả kiểm tra thực tế do công chức hải quan kiểm tra trực tiếp hoặc bằng các máy móc, trang thiết bị hiện có tại cơ quan hải quan phù hợp với nội dung khai trên tờ khai hải quan, cơ quan hải quan chấp nhận nội dung khai;
b.2) Trường hợp đủ căn cứ để xác định người khai hải quan khai không đúng tên hàng, mô tả hàng hoá, mã số hàng hóa, mức thuế thì hướng dẫn và yêu cầu người khai hải quan khai bổ sung theo quy định tại Điều 20 Thông tư này và xử lý vi phạm theo quy định của pháp luật. Trường hợp người khai hải quan không thực hiện khai bổ sung thì cơ quan hải quan xác định lại mã số hàng hóa, mức thuế và thực hiện ấn định thuế và xử lý vi phạm (nếu có) theo quy định của pháp luật;
b.3) Trường hợp kiểm tra thực tế do công chức hải quan kiểm tra trực tiếp hoặc bằng các máy móc, thiết bị hiện có mà cơ quan hải quan chưa đủ cơ sở xác định hoặc không xác định được chính xác tên hàng, mô tả hàng hoá, mã số hàng hóa thì Đội trưởng Hải quan nơi kiểm tra thực tế quyết định yêu cầu phân tích phân loại hoặc kiểm tra, đánh giá tiêu chí kỹ thuật bằng máy móc, thiết bị tại cơ quan kiểm định hải quan hoặc giám định, thử nghiệm.
3. Trường hợp lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu đã được thông quan trên cơ sở kết quả phân tích phân loại hoặc kiểm tra, đánh giá tiêu chí kỹ thuật bằng máy móc, thiết bị tại cơ quan kiểm định hải quan hoặc giám định, thử nghiệm để xác định tên hàng, mã số hàng hóa thì cơ quan hải quan có thể sử dụng kết quả phân tích phân loại hoặc kiểm tra, đánh giá tiêu chí kỹ thuật bằng máy móc, thiết bị tại cơ quan kiểm định hải quan hoặc giám định, thử nghiệm của lô hàng này để thực hiện thủ tục hải quan cho các lô hàng tiếp theo của chính người khai hải quan có cùng tên hàng, mô tả hàng hóa, xuất xứ, mã số hàng hóa khai báo, cùng nhà sản xuất.
Cơ quan hải quan lựa chọn thực hiện phân tích phân loại hoặc kiểm tra, đánh giá bằng máy móc, trang thiết bị kỹ thuật tại cơ quan kiểm định hải quan hoặc giám định, thử nghiệm cho các lô hàng tiếp theo trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro. Việc kiểm tra, đánh giá bằng máy móc, trang thiết bị tại cơ quan kiểm định hải quan thực hiện theo Điều 29 và Điều 31 Thông tư này."

12. Sửa đổi, bổ sung Điều 25 Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 14 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC như sau:
"Điều 25. Kiểm tra trị giá hải quan trong quá trình làm thủ tục hải quan
1. Đối tượng kiểm tra: Hồ sơ hải quan của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc diện kiểm tra chi tiết hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hóa.
2. Nội dung kiểm tra: Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra hồ sơ hải quan, trị giá do người khai hải quan khai trên tờ khai hải quan, tờ khai trị giá hải quan (sau đây gọi là trị giá khai báo) trên cơ sở quy định về phương pháp xác định trị giá hải quan, kiểm tra trị giá hải quan tại Thông tư số 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 60/2019/TT-BTC ngày 30/8/2019 của Bộ trưởng Bộ Tài chính và Thông tư này.
3. Trình tự, xử lý kết quả kiểm tra
a) Trường hợp có đủ cơ sở bác bỏ trị giá khai báo, cơ quan hải quan ban hành Thông báo trị giá hải quan theo mẫu số 02B/TB-TGHQ/NVTHQ Phụ lục VI đính kèm Thông tư này (sau đây gọi là Thông báo trị giá hải quan); đề nghị người khai hải quan thực hiện khai bổ sung trong thời hạn tối đa 05 ngày làm việc kể từ ngày thông báo và giải phóng hàng hóa theo quy định. Nếu người khai hải quan khai bổ sung theo Thông báo trị giá hải quan trong thời hạn nêu trên thì cơ quan hải quan thực hiện thông quan hàng hóa theo quy định, xử lý vi phạm (nếu có). Quá thời hạn mà người khai hải quan không thực hiện khai bổ sung hoặc khai bổ sung không đúng theo Thông báo trị giá hải quan, cơ quan hải quan thực hiện án định thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế để thông quan hàng hóa theo quy định, xử lý vi phạm (nếu có).
Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có đủ cơ sở bác bỏ trị giá khai báo nếu thuộc một trong các trường hợp sau:
a.1) Người khai hải quan không khai hoặc khai không đúng, không đủ một trong các chỉ tiêu trên tờ khai hải quan (gồm: địa điểm dỡ hàng, phương thức thanh toán, mã phân loại khai trị giá, phí vận chuyển, phí bảo hiểm, mã và tên các khoản điều chỉnh, chi tiết khai trị giá, tổng hệ số phân bổ trị giá tính thuế, mô tả hàng hóa, đơn vị tính, đơn giá hóa đơn, đơn giá tính thuế, trị giá tính thuế, trị giá hóa đơn, tổng trị giá hóa đơn, nước xuất xứ), tờ khai trị giá hải quan (nếu có) có ảnh hưởng đến trị giá hải quan.
Trường hợp người khai hải quan có mối quan hệ đặc biệt nhưng không khai trên tờ khai hải quan, tờ khai trị giá hải quan (nếu có) thì cơ quan hải quan yêu cầu người khai hải quan bổ sung theo quy định tại khoản 8 Điều 1 Thông tư này. Người khai hải quan khai có mối quan hệ đặc biệt nhưng không ảnh hưởng đến trị giá giao dịch thì cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra ảnh hưởng của mối quan hệ đặc biệt tới trị giá giao dịch theo quy định tại Điều 7 Thông tư số 39/2015/TT-BTC, được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 6 Điều 1 Thông tư số 60/2019/TT-BTC;
a. 2) Có mâu thuẫn về nội dung liên quan đến trị giá hải quan giữa các chứng từ trong hồ sơ hải quan do người khai hải quan nộp hoặc xuất trình cho cơ quan hải quan;
a.3) Không thỏa mãn một trong các điều kiện khi áp dụng phương pháp xác định trị giá hải quan quy định tại Điều 20 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP ngày 21/01/2015 được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 8 Điều 1 Nghị định số 167/2025/NĐ-CP ngày 30/6/2025 của Chính phủ và Thông tư số 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 60/2019/TT-BTC ngày 30/8/2019 của Bộ trưởng Bộ Tài chính;
a.4) Áp dụng không đúng trình tự, nội dung phương pháp xác định trị giá hải quan theo quy định tại Điều 20 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP ngày 21/01/2015 được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 8 Điều 1 Nghị định số 167/2025/NĐ-CP ngày 30/6/2025 của Chính phủ, Thông tư số 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 60/2019/TT-BTC ngày 30/8/2019 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
b) Trường hợp nghi vấn về trị giá khai báo:
b.1) Trường hợp hàng hóa nhập khẩu có trị giá khai báo cao đột biến quy định tại điểm b.4.5 khoản này, cơ quan hải quan thông quan theo trị giá khai báo và chuyển nghi vấn đề cơ quan thuế làm cơ sở kiểm tra, xác định giao dịch liên kết theo quy định của pháp luật về giao dịch liên kết;
b.2) Ngoài trường hợp nghi vấn nêu tại điểm b.1 khoản này, cơ quan hải quan thông báo cơ sở nghi vấn, mức giá, phương pháp do cơ quan hải quan dự kiến xác định và thời gian tham vấn, hình thức tham vấn, đề nghị người khai hải quan bổ sung Hồ sơ tham vấn, xác định trị giá thông qua Hệ thống hoặc Thông báo nghi vấn trị giá khai báo theo mẫu số 02A/TB-NVTG/NVTHQ Phụ lục VI ban hành kèm Thông tư này; đồng thời giải phóng hàng hóa hoặc đưa hàng hóa về bảo quản theo quy định; người khai hải quan thực hiện tham vấn theo hướng dẫn tại khoản 4 Điều này;
b.3) Hàng hóa xuất khẩu có nghi vấn về trị giá khai báo nếu thuộc một trong các trường hợp sau:
b.3.1) Trị giá khai báo thấp hơn mức giá tham chiếu của hàng hóa xuất khẩu giống hệt, tương tự tại Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu rủi ro về trị giá do Cục Hải quan ban hành theo quy định tại Điều 22 Thông tư số 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 11 Điều 1 Thông tư số 60/2019/TT-BTC ngày 30/8/2019 của Bộ trưởng Bộ Tài chính;
b.3.2) Trị giá khai báo thấp hơn trị giá hải quan thấp nhất của hàng hóa xuất khẩu giống hệt, tương tự do cơ quan hải quan xác định hoặc thấp hơn trị giá khai báo thấp nhất của hàng hóa xuất khẩu giống hệt, tương tự đã được cơ quan hải quan chấp nhận (không so sánh với trị giá hải quan thuộc diện nghi vấn);
Hàng hóa xuất khẩu giống hệt, tương tự trong cơ sở dữ liệu trị giá dùng để so sánh là những hàng hóa xuất khẩu trong khoảng thời gian 90 ngày trước hoặc 90 ngày sau ngày đăng ký tờ khai hải quan xuất khẩu của hàng hóa đang kiểm tra trị giá khai báo. Trường hợp không tìm được hàng hóa xuất khẩu giống hệt, tương tự được xuất khẩu trong khoảng thời gian 90 ngày nêu trên thì mở rộng thời gian từ 6 tháng đến 1 năm trên cơ sở đánh giá mức độ biến động về mức giá của hàng hóa xuất khẩu đang kiểm tra trị giá khai báo;
b.3.3) Trị giá khai báo thấp hơn giá giao dịch trên thị trường thế giới được thể hiện trên trang tin điện tử của thị trường giao dịch mặt hàng đó hoặc thấp hơn giá chào bán trên mạng Internet từ những trang thông tin điện tử chính hãng, trang thông tin liên kết với trang thông tin điện tử chính hãng;
b.3.4) Trị giá khai báo thấp hơn hoặc bằng trị giá khai báo của nguyên liệu chính cấu thành nên hàng hóa xuất khẩu giống hệt, tương tự hoặc chi phí vận chuyển của hàng hóa đang kiểm tra trị giá tính đến cửa khẩu xuất hoặc chi phí khai thác của hàng hóa xuất khẩu giống hệt, tương tự;
b.4) Hàng hóa nhập khẩu có nghi vấn về trị giá khai báo nếu thuộc một trong các trường hợp sau:
b.4.1) Trị giá khai báo thấp hơn mức giá tham chiếu của hàng hóa nhập khẩu giống hệt, tương tự tại Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu rủi ro về trị giá do Cục Hải quan ban hành theo quy định tại Điều 22 Thông tư số 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 11 Điều 1 Thông tư số 60/2019/TT-BTC ngày 30/8/2019 của Bộ trưởng Bộ Tài chính;
b.4.2) Trị giá khai báo thấp hơn trị giá hải quan thấp nhất của hàng hóa nhập khẩu giống hệt, tương tự do cơ quan hải quan xác định hoặc thấp hơn trị giá khai báo thấp nhất của hàng hóa nhập khẩu giống hệt, tương tự đã được cơ quan hải quan chấp nhận (không so sánh với trị giá hải quan thuộc diện nghi vấn).
Hàng hóa nhập khẩu giống hệt, tương tự trong cơ sở dữ liệu trị giá dùng để so sánh là những hàng hóa được xuất khẩu đến Việt Nam trong khoảng thời gian 90 ngày trước hoặc 90 ngày sau ngày xuất khẩu của hàng hóa đang kiểm tra trị giá khai báo. Trường hợp không tìm được hàng hóa nhập khẩu giống hệt, tương tự trong khoảng thời gian 90 ngày nêu trên thì mở rộng thời gian từ 6 tháng đến 1 năm trên cơ sở đánh giá mức độ biến động về mức giá của hàng hóa nhập khẩu đang kiểm tra trị giá khai báo;
b.4.3) Trị giá khai báo thấp hơn hoặc bằng trị giá hải quan của linh kiện đồng bộ hàng hóa nhập khẩu giống hệt, tương tự, hoặc thấp hơn hoặc bằng trị giá hải quan của nguyên liệu chính cấu thành nên hàng hóa nhập khẩu giống hệt, tương tự, thấp hơn hoặc bằng chi phí vận chuyển của hàng hóa nhập khẩu giống hệt, tương tự tính đến cửa khẩu nhập đầu tiên;
b.4.4) Trị giá khai báo thấp hơn trị giá hải quan do cơ quan hải quan thu thập theo quy định tại Điều 25 Thông tư số 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ trưởng Bộ Tài chính sau khi quy đổi về trị giá hải quan của hàng hóa nhập khẩu tính đến cửa khẩu nhập đầu tiên;
b.4.5) Hàng hóa nhập khẩu có trị giá khai báo cao đột biến so với mức giá tham chiếu của hàng hóa nhập khẩu giống hệt, tương tự tại Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu rủi ro về trị giá do Cục Hải quan ban hành theo quy định tại Điều 22 Thông tư số 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 11 Điều 1 Thông tư số 60/2019/TT-BTC ngày 30/8/2019 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
c) Trường hợp không thuộc điểm a và điểm b khoản này, cơ quan hải quan thực hiện thông quan hàng hóa theo trị giá khai báo của người khai hải quan.
4. Tham vấn:
a) Thẩm quyền tham vấn: Chi cục trưởng Hải quan khu vực chịu trách nhiệm toàn diện về việc tổ chức công tác tham vấn và hiệu quả tham vấn tại đơn vị. Căn cứ tình hình thực tế, đặc điểm địa bàn, Chi cục Hải quan khu vực phân cấp cho Hải quan nơi đăng ký tờ khai thực hiện tham vấn.
b) Hình thức tham vấn:
b.1) Tham vấn trực tiếp là việc người khai hải quan hoặc đại diện theo pháp luật của người khai hải quan hoặc người được ủy quyền làm việc trực tiếp với cơ quan hải quan để giải trình, chứng minh với cơ quan hải quan về trị giá khai báo.
Trường hợp cần thiết, cơ quan hải quan và người khai hải quan (hoặc đại diện theo pháp luật, người được ủy quyền) phối hợp, trao đổi thông tin, chứng từ, tài liệu, văn bản liên quan thông qua Hệ thống dịch vụ công trực tuyến;
b.2) Tham vấn gián tiếp là việc người khai hải quan hoặc đại diện theo pháp luật của người khai hải quan hoặc người được ủy quyền làm việc với cơ quan hải quan qua Hệ thống để giải trình, chứng minh với cơ quan hải quan về trị giá khai báo.
Trường hợp Hệ thống chưa có chức năng đáp ứng yêu cầu thì cơ quan hải quan và người khai hải quan (hoặc đại diện theo pháp luật, người được ủy quyền) phối hợp, trao đổi thông tin, chứng từ, tài liệu, văn bản liên quan thông qua Hệ thống dịch vụ công trực tuyến;
b.3) Người khai hải quan được cơ quan hải quan đánh giá mức tuân thủ cao trở lên được lựa chọn hình thức tham vấn trực tiếp hoặc gián tiếp. Người khai hải quan ghi hình thức tham vấn tại ô "Chi tiết khai trị giá" đối với hàng nhập khẩu hoặc tại ô "Ghi chú" đối với hàng xuất khẩu;
b.4) Trường hợp người khai hải quan không thuộc đối tượng tham vấn tại điểm b.3 khoản này thì thực hiện tham vấn trực tiếp.
c) Thời gian tiến hành tham vấn và xử lý kết quả tham vấn: Tối đa là 30 ngày kể từ ngày giải phóng hàng hóa hoặc ngày đưa hàng hóa về bảo quản;
d) Trình tự tham vấn:
d.1) Tham vấn trực tiếp:
d.I.1) Người khai hải quan:
d.1.1.1) Cung cấp hồ sơ tham vấn, xác định trị giá theo quy định tại điểm g khoản này qua Hệ thống để làm rõ nghi vấn về trị giá khai báo của hàng hóa;
d.1.1.2) Cử đại diện theo pháp luật của người khai hải quan hoặc người được ủy quyền tham gia tham vấn đúng thời gian tham vấn; có trách nhiệm giải trình những nội dung liên quan đến trị giá khai báo và nộp bổ sung chứng từ tài liệu nhằm giải trình các nghi vấn về trị giá khai báo theo đề nghị của cơ quan hải quan;
d.1.1.3) Ký tên vào Biên bản tham vấn trực tiếp.
d.I.2) Cơ quan hải quan:
d.1.2.1) Tổ chức tham vấn; kiểm tra hồ sơ, chứng từ, tài liệu do người khai hải quan nộp, xuất trình qua Hệ thống theo quy định tại điểm g khoản này để làm rõ nghi vấn trị giá khai báo;
d.1.2.2) Lập và ký Biên bản tham vấn, trong đó ghi chép đầy đủ, trung thực các nội dung hỏi đáp trong quá trình tham vấn; ghi nhận các chứng từ, tài liệu người khai hải quan đã nộp bổ sung. Kết thúc tham vấn phải ghi rõ kết luận tại Biên bản tham vấn, cụ thể: "người khai hải quan đồng ý với mức giá, phương pháp do cơ quan hải quan xác định", "chưa đủ cơ sở bác bỏ trị giá khai báo" hoặc "bác bỏ trị giá khai báo". Trường hợp bác bỏ trị giá khai báo, phải ghi rõ cơ sở bác bỏ trị giá khai báo theo các trường hợp quy định tại điểm e khoản này và mức giá, phương pháp xác định trị giá hải quan do cơ quan hải quan xác định sau khi tham vấn.
d.2) Tham vấn gián tiếp:
d.2.1) Người khai hải quan:
d.2.1.1) Cung cấp hồ sơ tham vấn, xác định trị giá theo quy định tại điểm g khoản này qua Hệ thống để làm rõ nghi vấn về trị giá khai báo của hàng hóa. Các chứng từ, tài liệu phải được người khai hải quan ký chữ ký số;
d.2.1.2) Gửi văn bản trả lời các câu hỏi của cơ quan hải quan và bổ sung thêm chứng từ tài liệu qua Hệ thống đề giải trình, làm rõ các vấn đề còn nghi vấn về trị giá hải quan, nhận Thông báo kết quả tham vấn gián tiếp theo Mẫu số 02C/TB-TVGT/NVTHQ Phụ lục VI ban hành Thông tư này.
d.2.2) Cơ quan hải quan:
d.2.2.1) Trên cơ sở hồ sơ tham vấn, xác định trị giá do người khai hải quan gửi qua Hệ thống, cơ quan hải quan kiểm tra trị giá khai báo; gửi các câu hỏi nghi vấn về trị giá khai báo, đề nghị người khai hải quan giải trình các nghi vấn về trị giá khai báo.
d.2.2.2) Trên cơ sở văn bản trả lời các câu hỏi của cơ quan hải quan và hồ sơ tham vấn, xác định trị giá và các chứng từ tài liệu bổ sung, cơ quan hải quan lập và gửi Thông báo kết quả tham vấn gián tiếp theo Mẫu số 02C/TB-TVGT/NVTHQ Phụ lục VI ban hành Thông tư này qua Hệ thống cho người khai hải quan, trong đó thể hiện các chứng từ, tài liệu người khai đã nộp. Kết thúc tham vấn gián tiếp, phải ghi rõ kết luận tại Thông báo kết quả tham vấn gián tiếp, cụ thể: "chưa đủ cơ sở bác bỏ trị giá khai báo" hoặc "bác bỏ trị giá khai báo". Trường hợp bác bỏ trị giá khai báo, phải ghi rõ cơ sở bác bỏ trị giá khai báo theo các trường hợp quy định tại điểm e khoản này và mức giá, phương pháp xác định trị giá hải quan do cơ quan hải quan xác định sau khi tham vấn.
đ) Xử lý kết quả tham vấn:
đ.1) Trường hợp người khai hải quan đồng ý với mức giá, phương pháp do cơ quan hải quan dự kiến xác định, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra, ban hành Thông báo trị giá hải quan. Người khai hải quan thực hiện khai bổ sung trong thời hạn tối đa 05 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan hải quan ban hành Thông báo trị giá hải quan và trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày giải phóng hàng hoặc ngày đưa hàng hóa về bảo quản. Nếu người khai hải quan khai bổ sung theo Thông báo trị giá hải quan trong thời hạn nêu trên thì cơ quan hải quan thực hiện thông quan hàng hóa theo quy định, xử lý vi phạm (nếu có). Quá thời hạn mà người khai hải quan không thực hiện khai bổ sung hoặc khai bổ sung không đúng theo Thông báo trị giá hải quan thì cơ quan hải quan ấn định thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế để thông quan hàng hóa theo quy định, xử lý vi phạm (nếu có);
đ.2) Trường hợp cơ quan hải quan bác bỏ trị giá khai báo theo quy định tại điểm e khoản này sau khi tham vấn, cơ quan hải quan ban hành Thông báo trị giá hải quan và đề nghị người khai hải quan khai bổ sung trong thời hạn tối đa 05 ngày làm việc kể từ ngày ban hành Thông báo trị giá hải quan. Nếu người khai hải quan khai bổ sung theo Thông báo trị giá hải quan trong thời hạn nêu trên thì cơ quan hải quan thực hiện thông quan hàng hóa theo quy định, xử lý vi phạm (nếu có). Quá thời hạn mà người khai hải quan không thực hiện khai bổ sung hoặc khai bổ sung không đúng theo Thông báo trị giá hải quan thì cơ quan hải quan ẩn định thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế để thông quan hàng hóa theo quy định, xử lý vi phạm (nếu có);
đ.3) Trường hợp cơ quan hải quan chưa đủ cơ sở bác bỏ trị giá khai báo, cơ quan hải quan ban hành Thông báo trị giá hải quan và thực hiện thông quan hàng hóa theo trị giá khai báo của người khai hải quan theo quy định.
e) Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có đủ cơ sở bác bỏ trị giá khai báo sau tham vấn nếu thuộc một trong các trường hợp sau:
e.1) Trường hợp tham vấn trực tiếp:
c.1.1) Một trong các trường hợp thuộc điểm a khoản 3 Điều này;
e.1.2) Người khai hải quan không khai hoặc khai sai giá thực tế đã thanh toán hay sẽ phải thanh toán; các yếu tố liên quan đến việc xác định trị giá hải quan quy định tại Điều 6, Điều 13, Điều 15 Thông tư số 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 và Thông tư 60/2019/TT-BTC ngày 30/8/2019 của Bộ trưởng Bộ Tài chính;
e.1.3) Thông tin mà người khai hải quan cung cấp sau khi đã kiểm tra là không chính xác, chứng từ tài liệu cung cấp là giả mạo hoặc chứng từ không hợp pháp;
e.1.4) Người khai hải quan không cung cấp các chứng từ, tài liệu theo quy định tại điểm g khoản này cho cơ quan hải quan mà không có lý do chính đáng; không tham gia tham vấn mà không có lý do chính đáng; người đến tham vấn không phải là đại diện có thẩm quyền của người khai hải quan theo quy định của pháp luật, không có giấy ủy quyền; người khai hải quan không ký Biên bản tham vấn theo quy định tại điểm d.1 khoản này;
e.1.5) Thông tin thu thập được từ người xuất khẩu hoặc đại diện của người xuất khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu, thông tin thu thập từ người bán hàng, người sản xuất, khai thác đối với hàng hóa xuất khẩu, xác định trị giá khai báo không đúng với thực tế mua bán;
e.1.6) Nội dung giải trình của người khai hải quan mâu thuẫn với hồ sơ hải quan, hồ sơ tham vấn, xác định trị giá theo quy định tại điểm g khoản này;
e.l.7) Cơ quan hải quan có chứng từ, tài liệu chứng minh trị giá khai báo không đúng với giá thực tế và thực tế của hàng hóa.
e.2) Trường hợp tham vấn gián tiếp:
e.2.1) Một trong các trường hợp thuộc điểm e.1 khoản này;
e.2.2) Người khai hải quan không trả lời, hoặc trả lời không đầy đủ, không đúng các câu hỏi của cơ quan hải quan trong thời hạn quy định hoặc trả lời sau thời hạn nhưng không có lý do chính đáng; nội dung trả lời mâu thuẫn nhau.
g) Hồ sơ tham vấn, xác định trị giá bao gồm:
g.1) Các chứng từ, tài liệu để xác định trị giá hải quan theo phương pháp xác định trị giá hải quan theo quy định tại Thông tư số 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 và Thông tư số 60/2019/TT-BTC ngày 30/8/2019 của Bộ trưởng Bộ Tài chính;
g.2) Các chứng từ, thư tín thương mại thể hiện thỏa thuận về giá trị của hàng hóa, điều kiện giao nhận hàng hóa, điều kiện vận chuyển hàng hóa, điều kiện bảo hiểm hàng hóa, việc sản xuất hàng hóa, việc đóng gói hàng hóa và các điều kiện khác có liên quan đến quyền mua bán hàng hóa (nếu có);
g.3) Chứng từ bảo hiểm của hàng hóa (hoá đơn và chứng từ tương đương, chứng từ thanh toán (nếu có));
g.4) Chứng từ vận tải nội địa và quốc tế của hàng hóa (hoá đơn và chứng từ tương đương, chứng từ thanh toán (nếu có));
g.5) Hồ sơ thông quan hàng hóa tại nước xuất khẩu hoặc nước nhập khẩu đối tác được hợp pháp hóa lãnh sự (riếu có);
g.6) Chứng từ thanh toán qua ngân hàng hoặc chứng từ thanh toán của các tổ chức tín dụng cho hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu (nếu có);
g.7) Chứng từ thuộc hồ sơ kế toán (nếu có) gồm: sổ kế toán, chứng từ kế toán hạch toán khoản phải trả, phải thu với đối tác nước ngoài; hóa đơn bán hàng; sổ theo dõi tài khoản doanh thu thể hiện doanh thu thực tế của hàng hóa; hồ sơ kế toán theo dõi biến động tiền mặt, tiền gửi ngân hàng và các chứng từ, tài liệu kế toán khác theo Luật Kế toán;
g.8) Chứng từ tài liệu khác chứng minh trị giá của hàng hóa (nếu có).
5. Tham vấn một lần, sử dụng kết quả tham vấn nhiều lần
a) Người khai hải quan đề nghị cơ quan hải quan sử dụng kết quả tham vấn của hàng hóa bị nghi vấn trị giá khai báo cho các lần xuất khẩu, nhập khẩu tiếp theo tại Biên bản tham vấn khi thực hiện tham vấn trực tiếp hoặc tại văn bản trả lời các câu hỏi của cơ quan hải quan khi tham vấn gián tiếp (sau đây gọi tắt là kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần);
b) Cơ quan hải quan kiểm tra người khai hải quan được đánh giá mức tuân thủ cao trở lên thì chấp nhận đề nghị sử dụng kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần của người khai hải quan và phản hồi kết quả lên Hệ thống, đồng thời tại Thông báo trị giá hải quan ghi thời gian được áp dụng kết quả Thông báo trị giá hải quan cho các lần xuất khẩu, nhập khẩu tiếp theo. Trường hợp người khai hải quan không được đánh giá mức tuân thủ cao trở lên thì cơ quan hải quan phản hồi không chấp nhận đề nghị sử dụng kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần trên Hệ thống;
c) Phạm vi áp dụng: Kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần chỉ được áp dụng tại một Chi cục Hải quan khu vực nơi người khai hải quan đăng ký tờ khai;
d) Thời hạn áp dụng: Kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần có hiệu lực trong thời hạn 06 tháng kể từ ngày ban hành Thông báo trị giá hải quan.
Trường hợp cơ quan hải quan phát hiện hồ sơ tham vấn được sử dụng để áp dụng do người khai cung cấp không chính xác hoặc sai phạm thì ban hành Thông báo hủy kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần theo Mẫu số 02D/TB-TVML/NVTHQ Phụ lục VI ban hành kèm Thông tư này;
e) Áp dụng kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần:
e.1) Người khai hải quan đề nghị cơ quan hải quan áp dụng kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần (ghi rõ số, ngày Thông báo Trị giá hải quan) cho hàng hóa nhập khẩu tại chỉ tiêu "chi tiết khai trị giá" và hàng hóa xuất khẩu tại chỉ tiêu "phân ghi chú" trên tờ khai hải quan;
e.2) Cơ quan hải quan kiểm tra nội dung khai báo của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu với nội dung kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần và xử lý như sau:
e.2.1) Trường hợp đủ điều kiện áp dụng kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần, cơ quan hải quan chấp nhận trị giá khai báo.
Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu đủ điều kiện áp dụng kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần nếu thỏa mãn đầy đủ các trường hợp sau:
e.2.1.1) Người khai hải quan được đánh giá mức tuân thủ cao trở lên tại thời điểm áp dụng; kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần vẫn còn hiệu lực áp dụng và văn bản pháp luật làm căn cứ ban hành Thông báo về trị giá hải quan không có sự thay đổi;
e.2.1.2) Nội dung khai báo liên quan đến trị giá hải quan: tên hàng, mã số HS, xuất xứ, người nhập khẩu, người xuất khẩu, điều kiện mua bán (nếu có), điều kiện giao hàng của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu giống hệt với nội dung ghi trên Thông báo trị giá hải quan được áp dụng kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần;
e.2.1.3) Trị giá khai báo của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trên tờ khai hải quan bằng hoặc lớn hơn trị giá hải quan ghi trên kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần (trừ trường hợp mức giá tham chiếu của mặt hàng giống hệt, tương tự tại Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có rủi ro về trị giá được điều chỉnh tăng).
e.2.2) Trường hợp không đủ điều kiện áp dụng kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần, cơ quan hải quan thông báo trên Hệ thống và nêu rõ lý do không áp dụng kết quả tham vấn một lần, sử dụng nhiều lần để người khai hài quan thực hiện tham vấn theo quy định nêu tại khoản 4 Điều này.
6. Thẩm quyền xem xét điều chỉnh trừ khoản giảm giá.
Chi cục trưởng Chi cục Hải quan khu vực xem xét, quyết định điều chỉnh trừ khoản giảm giá nếu có đầy đủ các điều kiện quy định tại điểm d.1 khoản 2 Điều 15 Thông tư 39/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ trưởng Bộ Tài chính."

13. Sửa đổi, bổ sung Điều 28 Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 17 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC như sau:
"Điều 28. Kiểm tra giấy phép xuất khẩu, giấy phép nhập khẩu, kết quả kiểm tra chuyên ngành
1. Kiểm tra giấy phép xuất khẩu, giấy phép nhập khẩu
Cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan kiểm tra, đối chiếu thông tin về giấy phép xuất khẩu, giấy phép nhập khẩu do cơ quan cấp phép gửi đến trên Cổng Thông tin một cửa quốc gia hoặc cấp trên Cổng dịch vụ công trực tuyến hoặc người khai hải quan nộp khi làm thủ tục hải quan với thông tin khai trên tờ khai hải quan và xử lý như sau:
a) Trường hợp thông tin khai báo phù hợp thì chấp nhận thông tin khai báo.
a. 1) Nếu người khai hải quan xuất khẩu, nhập khẩu một lần hết lượng hàng ghi trên giấy phép xuất khẩu, giấy phép nhập khẩu, công chức hải quan cập nhật thông tin giấy phép sử dụng một lần; thông tin lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu trên Hệ thống;
a.2) Nếu người khai hải quan sử dụng giấy phép xuất khẩu, giấy phép nhập khẩu cho nhiều lần xuất khẩu, nhập khẩu, cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai cập nhật thông tin giấy phép vào Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan để theo dõi, trừ lùi số lượng, trọng lượng trên giấy phép tương ứng với từng lần xuất khẩu, nhập khẩu.
b) Nếu thông tin khai báo không phù hợp (trừ trường hợp lượng hàng hóa khai báo trên tờ khai và hàng hóa thuộc giấy phép đã được nhập khẩu nhỏ hơn lượng hàng hóa trên giấy phép) hoặc lượng hàng hóa xuất khẩu nhập khẩu lớn hơn trên giấy phép thì phản hồi thông tin cho người khai hải quan và xử lý theo quy định của pháp luật.
2. Kiểm tra giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành
Khi nhận được giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành do cơ quan kiểm tra chuyên ngành cấp trên Cổng Thông tin một cửa quốc gia hoặc cấp trên Cổng dịch vụ công trực tuyến hoặc do người khai hải quan nộp đề thông quan hàng hóa, cơ quan hải quan kiểm tra, đối chiếu với thông tin khai trên tờ khai hải quan và xử lý như sau:
a) Trường hợp thông tin phù hợp thì chấp nhận thông tin khai báo;
b) Trường hợp thông tin không phù hợp, cơ quan hải quan từ chối tiếp nhận, phản hồi thông tin cho người khai hải quan;
c) Trường hợp hàng hóa không đáp ứng điều kiện xuất khẩu, nhập khẩu, cơ quan hải quan xử lý theo quy định của pháp luật và phản hồi thông tin cho người khai hải quan.
3. Hệ thống gặp sự cố không thể tra cứu thông tin giấy phép xuất khẩu, giấy phép nhập khẩu; giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành trên Hệ thống, cơ quan hải quan tiếp nhận và thực hiện kiểm tra giấy phép xuất khẩu, giấy phép nhập khẩu; giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành do người khai hải quan nộp, xuất trình theo nguyên tắc người khai hải quan tự chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực và hợp pháp của giấy phép xuất khẩu, giấy phép nhập khẩu; giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành đã nộp.
Trường hợp người khai hải quan sử dụng giấy phép xuất khẩu, giấy phép nhập khẩu cho nhiều lần xuất khẩu, nhập khẩu, cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai cho lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu đầu tiên lập Phiếu theo dõi trừ lùi theo mẫu số 05/TDTL/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này và giao cho người khai hải quan để thực hiện việc trừ lùi cho từng lần xuất khẩu, nhập khẩu.
Sau khi Hệ thống được khắc phục, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra, đối chiếu và xử lý theo hướng dẫn tại khoản 1, khoản 2 Điều này."

14. Sửa đổi, bổ sung khoản 1, khoản 5, khoản 5a, khoản 6, khoản 9, khoản 10, khoản 11 Điều 29 Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 18 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC như sau:

15. Sửa đổi, bổ sung khoản 3, khoản 4 Điều 30 Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 19 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC như sau:

16. Sửa đổi, bổ sung Điều 31 Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 20 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC như sau:
"Điều 31. Lấy mẫu, lưu mẫu hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu
1. Việc lấy mẫu hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện trong các trường hợp sau:
a) Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu lấy mẫu để phục vụ việc khai hải quan theo yêu cầu của người khai hải quan hoặc cơ quan kiểm tra chuyên ngành;
b) Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải lấy mẫu để phục vụ kiểm tra hải quan hoặc trung cầu giám định, thử nghiệm theo yêu cầu của cơ quan hải quan.
2. Quy định cụ thể về lấy mẫu
a) Trường hợp lấy mẫu theo đề nghị của người khai hải quan để phục vụ việc khai hải quan:
a.1) Trách nhiệm của người khai hải quan:
a.1.1) Thông báo cho Hải quan nơi lưu giữ hàng hóa về đề nghị lấy mẫu theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 16 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan;
a.1.2) Sau khi được cơ quan hải quan thông báo chấp nhận việc lấy mẫu thông qua Hệ thống, người khai hải quan trực tiếp thực hiện việc lấy mẫu từ chính lô hàng hàng nhập khẩu dưới sự giám sát của cơ quan hải quan. Người khai hải quan được lấy đủ lượng mẫu cần thiết để thực hiện khai báo hải quan. Toàn bộ mẫu do người khai hải quan lấy sẽ được tính vào lượng hàng khi cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan.
a.2) Trách nhiệm của Hải quan nơi lưu giữ hàng hóa:
a.2.1) Đội trưởng Hải quan bố trí công chức giám sát việc lấy mẫu của người khai hải quan;
a.2.2) Sau khi giám sát việc lấy mẫu, công chức xác nhận trên 01 bản in Thông báo đề nghị lấy mẫu của người khai hải quan và cập nhật kết quả lấy mẫu trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
b) Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải lấy mẫu để phục vụ kiểm tra hải quan:
b.1) Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải lấy mẫu để phân tích, phân loại thì thực hiện theo quy định tại Thông tư số 14/2015/TT-BTC ngày 30/01/2015 được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 17/2021/TT-BTC ngày 26/02/2021 của Bộ trưởng Bộ Tài chính;
b.2) Đối với hàng hóa phải kiểm tra, đánh giá tiêu chí kỹ thuật bằng máy móc, trang thiết bị tại cơ quan kiểm định hải quan thực hiện theo quy định tại Điều 10 Thông tư số 14/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 17/2021/TT-BTC. Phiếu yêu cầu kiểm tra, đánh giá tiêu chí kỹ thuật hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu bằng máy móc, trang thiết bị tại cơ quan kiểm định hải quan, kiêm biên bản lấy mẫu hàng hóa theo mẫu số 44-PYCKT/KĐHQ Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này;
b.3) Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải lấy mẫu để trung cầu giám định, thử nghiệm:
b.3.1) Địa điểm lấy mẫu: thực hiện tại địa điểm đang lưu giữ trong khu vực giám sát hải quan hoặc tại chân công trình, cơ sở sản xuất hoặc nhà máy quy định tại Điều 102 Thông tư này;
b.3.2) Khi lấy mẫu phải có đại diện chủ hàng, đại diện cơ quan hải quan, đại diện tổ chức kinh doanh dịch vụ giám định, thử nghiệm (trong trường hợp có quy định bắt buộc) và phải lập Biên bản chứng nhận việc lấy mẫu hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo mẫu sổ 08/BBLM/GSQL Phụ lục V ban hành kèm theo Thông tư này.
Mẫu được lấy từ chính lô hàng kiểm tra và mang tính đại diện; phải đủ về số lượng, khối lượng để phục vụ cho việc trung cầu giám định, thử nghiệm theo đúng quy định của pháp luật. Số lượng mẫu đảm bảo có 01 mẫu lưu tại cơ quan hải quan.
Trường hợp lấy mẫu nhưng vắng mặt người khai hải quan, cơ quan hải quan lấy mẫu với sự chứng kiến của cơ quan nhà nước tại khu vực cửa khẩu, đại diện doanh nghiệp vận tải, doanh nghiệp kinh doanh cảng, kho bãi và phải có ký xác nhận của các bên chứng kiến.
3. Giám sát việc lấy mẫu để phục vụ kiểm tra chuyên ngành trong địa bàn hoạt động hải quan
a) Cán bộ của cơ quan kiểm tra chuyên ngành trực tiếp thực hiện việc lấy mẫu và lập biên bản xác nhận lấy mẫu theo quy định của pháp luật quản lý chuyên ngành;
b) Trách nhiệm của người khai hải quan: Căn cứ thời gian, địa điểm, hàng hóa dự kiến lấy mẫu đã được cơ quan kiểm tra chuyên ngành xác nhận, người khai hải quan thông báo việc lấy mẫu để phục vụ kiểm tra chuyên ngành theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 17 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này cho Hải quan nơi lưu giữ hàng hóa thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan;
c) Trách nhiệm của Hải quan nơi lưu giữ hàng hóa: Đội trưởng Hải quan nơi lưu giữ hàng hóa căn cứ thông báo đề nghị lấy mẫu phục vụ kiểm tra chuyên ngành của người khai hải quan để giám sát việc lấy mẫu;
d) Trường hợp hàng hoá lấy mẫu theo thông báo của cơ quan kiểm tra chuyên ngành và thuộc diện phải kiểm tra thực tế hàng hoá, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra thực tế hàng hoá cùng thời điểm lấy mẫu của cơ quan chuyên ngành, trừ hàng hoá thuộc diện kiểm dịch phải phân tích nguy cơ trước khi nhập khẩu vào Việt Nam hoặc các trường hợp vì yêu cầu kỹ thuật, chuyên môn phải đưa về các địa điểm kiểm tra chuyên ngành.
4. Kỹ thuật lấy mẫu, lưu mẫu, trả lại mẫu, hủy mẫu thực hiện như sau:
a) Đối với trường hợp gửi phân tích phân loại thực hiện theo quy định tại Thông tư số 14/2015/TT-BTC ngày 30/01/2015 được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 17/2021/TT-BTC ngày 26/02/2021 của Bộ trưởng Bộ Tài chính;
b) Đối với trường hợp kiểm tra, đánh giá tiêu chí kỹ thuật bằng máy móc, trang thiết bị tại cơ quan kiểm định hải quan thực hiện theo quy định tại Điều 10 Thông tư số 14/2015/TT-BTC sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 17/2021/TT-BTC. Biên bản trả mẫu cho người khai hải quan theo mẫu số 45-BBTM/KĐHQ Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này;
c) Trường hợp cơ quan hải quan gửi mẫu trung cầu giám định, thử nghiệm thì kỹ thuật lấy mẫu, lưu mẫu, trả mẫu thực hiện theo quy định của pháp luật và yêu cầu của tổ chức giám định, thử nghiệm. Đối với mẫu lưu tại cơ quan hải quan thì việc lưu mẫu, huỷ mẫu và trả lại mẫu thực hiện như sau:
c.1) Lưu mẫu: trong thời hạn 120 ngày kể từ ngày ban hành Thông báo kết quả giám định, thử nghiệm để thực hiện thủ tục hải quan trừ những loại hàng hóa đặc biệt như hàng hóa dễ gây nguy hiểm, hàng hóa đã bị biến chất hoặc hàng hóa không thể lưu giữ được trong thời gian trên.
Mẫu lưu sử dụng để phục vụ cho công tác xử lý vướng mắc, giải quyết khiếu nại trong trường hợp người khai hải quan không đồng ý với việc sử dụng kết quả giám định, thử nghiệm của cơ quan hải quan;
c.2) Trường hợp người khai hải quan yêu cầu trả lại mẫu thì cơ quan hải quan lập biên bản trả mẫu cho người khai hải quan (theo mẫu số 46-BBTM/GĐTN Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này). Trường hợp trả lại mẫu hàng hóa đang trong thời hạn lưu mẫu theo quy định tại điểm c.1 khoản này, người khai hải quan đã công nhận việc sử dụng kết quả giám định, thử nghiệm của cơ quan hải quan thì không được khiếu nại về quyết định của cơ quan hải quan;
C.3) Hủy mẫu hàng hóa đã phân tích
Cơ quan hải quan hủy mẫu khi mẫu hết hạn lưu giữ theo quy định; mẫu hàng hóa dễ gây nguy hiểm; mẫu hàng hóa đã bị biến chất hoặc mẫu hàng hóa không còn khả năng lưu giữ. Quyết định hủy mẫu và biên bản hủy mẫu được lưu theo quy định về lưu giữ hồ sơ.
5. Cục trưởng Cục Hải quan hướng dẫn cụ thể về quy trình kỹ thuật, chúng từ đối với việc lấy mẫu, quyết định hủy mẫu."

17. Sửa đổi, bổ sung khoản 3, khoản 5 và khoản 6 Điều 32 Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 21 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC như sau:

18. Sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 35 Thông tư số 38/2015/TT-BTC như sau:
"2. Tỷ giá tính thuế thực hiện theo quy định tại Nghị định 08/2015/NĐ-CP ngày 21/01/2015 được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 167/2025/NĐ-CP ngày 30/6/2025 của Chính phủ.
a) Cục Hải quan phối hợp với Ngân hàng thương mại cổ phần ngoại thương Việt Nam để cập nhật tỷ giá ngoại tệ mua vào theo hình thức chuyển khoản của Hội sở chính tại thời điểm cuối ngày của ngày thứ năm tuần trước liền kề hoặc tỷ giá cuối ngày của ngày làm việc liền kề trước ngày thứ năm trong trường hợp ngày thứ năm là ngày lễ, ngày nghỉ; công bố tỷ giá này trên Cổng thông tin điện tử của Cục Hải quan và cập nhật vào Hệ thống xử lý dữ liệu hải quan điện tử để áp dụng xác định tỷ giá tính thuế cho các tờ khai hải quan đăng ký trong tuần;
b) Đối với các ngoại tệ không được Hội sở chính Ngân hàng thương mại cổ phần Ngoại thương Việt Nam công bố, Cục Hải quan cập nhật tỷ giá do Ngân hàng Nhà nước Việt Nam công bố được đưa tin mới nhất trên trang điện tử của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam để công bố trên Cổng thông tin điện tử của Cục Hải quan và cập nhật vào Hệ thống xử lý dữ liệu hải quan điện tử để áp dụng xác định tỷ giá tính thuế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu. Đối với các ngoại tệ chưa được công bố tỷ giá tính chéo thì trên cơ sở đề nghị của Bộ Tài chính, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam xác định và công bố tỷ giá. Thuế xuất khẩu đối với dầu thô xuất khẩu bằng đô la Mỹ."

19. Sửa đổi, bổ sung khoản 5, khoản 6 Điều 39 Thông tư số 38/2015/TT-
BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 23 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-
BTC như sau:

20. Sửa đổi, bổ sung Điều 50 Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 28 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC như sau:
"Điều 50. Quy định chung về hàng hoá vận chuyển chịu sự giám sát hải quan
1. Hàng hoá vận chuyển chịu sự giám sát hải quan thực hiện thủ tục hải quan theo hình thức vận chuyển độc lập gồm:
a) Hàng hoá quá cảnh trừ trường hợp hàng hóa quá cảnh qua đường hàng không quốc tế được đưa vào Việt Nam và đưa ra nước ngoài tại cùng một cảng hàng không quốc tế;
b) Hàng hoá trung chuyển trừ trường hợp hàng hóa trung chuyển từ nước ngoài đưa vào bến cảng trung chuyển và được đưa ra nước ngoài tại chính bến cảng trung chuyển này;
c) Hàng hoá chuyển cửa khẩu
c.1) Hàng hóa xuất khẩu:
c.1.1) Hàng hóa xuất khẩu đã thông quan hoặc giải phóng hàng vận chuyển từ địa điểm thu gom hàng lẻ (sau đây gọi tắt là kho CFS); cảng xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa được thành lập trong nội địa (sau đây gọi tắt là cảng cạn); kho ngoại quan; kho hàng không kéo dài; địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tập trung; địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh đến cửa khẩu xuất;
c.1.2) Hàng hóa xuất khẩu đã thông quan hoặc giải phóng hàng vận chuyển từ kho CFS, kho ngoại quan đến cảng cạn; từ kho ngoại quan đến địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh;
c.1.3) Hàng hóa xuất khẩu đã thông quan và đưa vào địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất khẩu hoặc cửa khẩu xuất nhưng người vận tải đề nghị vận chuyển đến cửa khẩu xuất hoặc cửa khẩu xuất mới để xếp lên phương tiện vận tải xuất cảnh;
c.1.4) Hàng hóa xuất khẩu vận chuyển từ kho CFS này đến kho CFS khác.
c.2) Hàng hóa nhập khẩu:
c.2.1) Hàng hóa nhập khẩu vận chuyển từ cửa khẩu nhập đến cảng đích ghi trên vận đơn; kho hàng không kéo dài; kho CFS; địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tập trung ngoài khu vực cửa khẩu nhập; địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh hoặc đến cửa khẩu khác (bao gồm cả trường hợp hàng hóa nhập khẩu của nhiều chủ hàng trên cùng phương tiện vận chuyển, vận chuyển từ cửa khẩu nhập đến nhiều cảng đích ghi trên vận đơn);
c.2.2) Hàng hóa nhập khẩu vận chuyển từ địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh này đến địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh khác;
c.2.3) Hàng hóa nhập khẩu vận chuyển từ kho CFS này đến kho CFS khác;
c.2.4) Hàng hóa vận chuyển từ khu chuyển tải, neo đậu theo công bố của cơ quan có thẩm quyền đến cảng đích ghi trên vận đơn.
2. Hàng hoá chuyển cửa khẩu chịu sự giám sát hải quan thực hiện thủ tục
hải quan theo hình thức vận chuyển kết hợp gồm:
a) Hàng hoá xuất khẩu đã đăng ký tờ khai hải quan tại Hải quan ngoài cửa khẩu được vận chuyển từ địa điểm làm thủ tục hải quan ngoài cửa khẩu đến cửa khẩu xuất, kho ngoại quan, kho CFS, cảng cạn; địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tập trung; địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh;
b) Hàng hóa xuất khẩu đã đăng ký tờ khai hải quan vận chuyển từ khu phi thuế quan đến cửa khẩu xuất, kho ngoại quan; kho CFS; cảng cạn; địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh hoặc đến các khu phi thuế quan khác;
c) Hàng hóa xuất khẩu đăng ký tờ khai tại Hải quan cửa khẩu được vận chuyển từ cửa khẩu nơi đăng ký tờ khai đến cửa khẩu xuất, kho ngoại quan, địa điểm thu gom hàng lẻ, cảng cạn, địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng buu chính, chuyển phát nhanh;
d) Hàng hoá nhập khẩu đã đăng ký tờ khai hải quan tại Hải quan ngoài cửa khẩu, Hải quan quản lý khu phi thuế quan, Hải quan quản lý kho ngoại quan, Hải quan quản lý cửa hàng miễn thuế được vận chuyển từ cửa khẩu nhập, kho CFS, cảng cạn, kho ngoại quan, kho hàng không kéo dài, địa điểm tập kết, kiểm tra, giám sát tập trung đối với hàng bưu chính, chuyển phát nhanh đến địa điểm làm thủ tục hải quan ngoài cửa khẩu, khu phi thuế quan, cửa hàng miễn thuế.
3. Các trường hợp phải niêm phong hài quan:
a) Các trường hợp hàng hóa vận chuyển chịu sự giám sát hải quan quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều này, trừ các trường hợp quy định tại khoản 4 Điều này;
b) Hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất theo điểm a, điểm d khoản 1 Điều 83 Thông tư này;
c) Hàng hóa không phải niêm phong nhưng đóng ghép chung phương tiện chứa hàng với hàng hóa phải niêm phong theo quy định tại khoản này;
d) Hàng hóa buộc tái xuất theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền vận chuyển từ các địa điểm lưu giữ hàng hóa thuộc địa bàn giám sát hải quan đến cửa khẩu xuất.
4. Các trường hợp không phải niêm phong hải quan:
a) Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu khai vận chuyển kết hợp miễn kiểm tra thực tế;
b) Hàng hóa là hàng rời, hàng hóa siêu trường, siêu trọng, hàng cồng kềnh không thể niêm phong hải quan;
c) Hàng hóa từ nước ngoài giữ nguyên trên phương tiện vận tải nhập cảnh được vận chuyển từ cửa khẩu nhập đầu tiên đến cửa khẩu xuất cuối cùng nhưng không dỡ hàng xuống cảng biển, cảng hàng không tại Việt Nam;
d) Hàng hóa xuất khẩu vận chuyển bằng container từ cảng này đến cảng khác được dỡ xuống phương tiện vận tải đường thủy hoặc đỗ trên tàu xếp chồng khít, nhiều tầng, nhiều lớp để vận chuyển đến cửa khẩu xuất hoặc vận chuyển giữa các bến cảng trong cùng một cảng biển nếu còn nguyên niêm phong của hãng vận chuyển;
đ) Hàng hóa nhập khẩu được vận chuyển từ cửa khẩu nhập tại cảng biển, cảng thủy nội địa, cảng hàng không, ga đường sắt đến cảng đích ghi trên vận đơn nhưng được chuyển sang phương tiện vận tải khác cùng loại hình vận chuyển hoặc không thay đổi phương tiện vận tải để vận chuyển đến cảng đích nếu đáp ứng điều kiện được chứa trong container, toa xe còn nguyên niêm phong của hãng vận chuyển;
e) Hàng hoá quá cảnh vận chuyển bằng đường biển, đường thủy nội địa, đường hàng không, đường sắt còn nguyên niêm phong của hãng vận chuyển ghi trên chứng từ vận tải; hàng hóa quá cảnh qua đường hàng không quốc tế được đưa vào Việt Nam và đưa ra nước ngoài tại cùng một cảng hàng không quốc tế; hàng hóa quá cảnh vận chuyển bằng đường bộ giữa các bến cảng trong cùng một cảng biển còn nguyên niêm phong của hãng vận chuyển ghi trên chứng từ vận tải;
g) Hàng hoá trung chuyển giữa các cảng biển chứa trong container còn nguyên niêm phong của hãng vận chuyển; hàng hóa trung chuyển được vận chuyển giữa các bến cảng trong cùng một cảng biển chứa trong container còn nguyên niêm phong của hãng vận chuyển, hàng hóa trung chuyển từ nước ngoài đưa vào bến cảng trung chuyển và được đưa ra nước ngoài tại chính bến cảng trung chuyển này;
h) Hàng hóa khác không thuộc các trường hợp quy định tại khoản 3 Điều này.
5. Trên cơ sở phân tích đánh giá tình hình buôn lậu, gian lận thương mại trong từng thời kỳ, Cục trưởng Cục Hải quan quyết định việc niêm phong hải quan đối với hàng hoá thuộc trường hợp không phải niêm phong hải quan quy định tại khoản 4 Điều này."

21. Sửa đổi, bổ sung Điều 51 Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 29 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC như sau:
"Điều 51. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá vận chuyển chịu sự giám sát hải quan thực hiện thủ tục hải quan theo hình thức vận chuyển độc lập
1. Trách nhiệm của người khai hải quan:
a) Người khai hải quan khai và nộp bộ hồ sơ hải quan gồm:
a.1) Tờ khai vận chuyển độc lập theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 07 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này.
Trường hợp tờ khai hải quan không đủ để kê khai chi tiết thông tin về hàng hóa hoặc các trường hợp chưa có đầy đủ thông tin trước về hàng hóa người khai hải quan phải kê khai bổ sung Bản kê chi tiết hàng hoá vận chuyển độc lập theo chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 09 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này.
Trường hợp Hệ thống gặp sự cố, người khai hải quan nộp 03 bản chính Bản kê vận chuyển theo mẫu số 21a/BKVC/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này;
a.2) Đối với hàng hóa có thay đổi phương thức vận chuyển, phương tiện vận tải trong quá trình vận chuyển, người khai hải quan thực hiện khai thông tin về phương thức vận chuyển phương tiện vận tải của từng chặng vận chuyển theo chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 09b Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này trên Hệ thống.
Trường hợp địa điểm thực hiện chuyển tải, lưu kho, thay đổi phương thức vận chuyển, phương tiện vận tải tại cửa khẩu xuất thì người khai hải quan có văn bản đề nghị gửi hải quan cửa khẩu xuất để thực hiện giám sát.
Trường hợp hệ thống gặp sự cố, người khai hải quan nộp 02 bản chính văn bản đề nghị theo mẫu 09a/VBĐN/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này;
a.3) Vận đơn hoặc các chứng từ vận tải khác có giá trị tương đương theo quy định của pháp luật (trừ hàng hóa xuất khẩu).
Trường hợp toàn bộ hàng hóa đã được khai trên Bản lục khai hàng hóa điện tử (Hệ thống e-Manifest), nếu người khai hải quan khai mã hồ sơ do cơ quan hải quan thông báo trên Hệ thống e-Manifest tại tiêu chí "Ghi chú 1" thì không phải nộp vận đơn trong bộ hồ sơ hải quan.
b) Tiếp nhận thông tin phản hồi từ Hệ thống và thực hiện:
b.1) Trường hợp tờ khai thuộc luồng 1 và được Hệ thống phê duyệt vận chuyển, người khai hải quan in Thông báo phê duyệt khai báo vận chuyển và xuất trình hàng hóa cho Hải quan nơi vận chuyển đi để niêm phong, xác nhận hàng hóa vận chuyển đi;
b.2) Trường hợp tờ khai thuộc luồng 2, căn cứ vào Thông báo phê duyệt của Hải quan nơi vận chuyển đi, khai bổ sung số hiệu niêm phong hải quan (nếu có), số chỉ hải quan và xuất trình hàng hóa để cơ quan hải quan niêm phong, xác nhận hàng hóa vận chuyển đi;
b.3) Xuất trình hàng hóa cho Hải quan nơi vận chuyển đi để kiểm tra thực tế trong trường hợp lô hàng có dấu hiệu vi phạm pháp luật;
b.4) Khai bổ sung tờ khai vận chuyển theo thông báo của cơ quan hải quan.
c) Sử dụng phương tiện vận chuyển hàng hóa chịu sự giám sát hải quan đảm bảo điều kiện:
c.1) Được cơ quan có thẩm quyền chứng nhận đáp ứng tiêu chuẩn về an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường, đủ điều kiện kinh doanh vận tải hàng hóa theo quy định của pháp luật, bao gồm việc phải gắn thiết bị giám sát hành trình theo quy định của pháp luật và đảm bảo hoạt động bình thường của thiết bị giám sát hành trình;
c.2) Đảm bảo các điều kiện niêm phong hải quan đối với hàng hóa chứa đựng trên phương tiện, cụ thể:
c.2.1) Đối với phương tiện vận tải đường bộ: hàng hóa phải được chứa đựng trong container, xi téc, thùng xe tải kín;
c.2.2) Đối với phương tiện vận tải đường sắt: hàng hóa phải được chứa đựng trong container, xi téc, toa xe thùng kín;
c.2.3) Đối với phương tiện vận tải đường thủy: hàng hóa phải được chứa đựng trong container, xi téc, khoang chứa hàng hoặc hầm hàng có cửa kín.
Các phương tiện chứa hàng nêu trên phải đảm bảo không bị thủng, rách vỡ; có tay khóa, chốt có lỗ đàm bảo gắn được niêm phong của cơ quan hải quan; chốt bản lề, chốt tay khóa phải sử dụng đinh tán cố định, không sử dụng bu lông, ốc
c.3) Đối với hàng hóa là hàng rời được phép vận chuyển bằng xe tải thùng hở nóc hoặc toa xe đường sắt cửa lật hở nóc hoặc chứa đựng trong khoang chứa hàng, hầm hàng hở nóc của phương tiện vận tải thủy; hàng hóa siêu trường, siêu trọng, hàng cồng kềnh được phép vận chuyển bằng xe tải sàn phẳng hoặc toa xe đường sắt mặt bằng hoặc chứa đựng trên sàn tàu của phương tiện vận tải thủy. Các trường hợp này phải sử dụng bạt liền che phủ kín toàn bộ hàng hóa, có lỗ khuy để luồn dây cáp liền cố định bạt phủ và thùng xe hoặc toa xe hoặc khoang chứa hàng, hầm hàng, sàn tàu để thực hiện niêm phong hải quan, đảm bảo nguyên trạng hàng hóa trong quá trình vận chuyển.
d) Bảo quản nguyên trạng hàng hóa, niêm phong hải quan (nếu có), niêm phong của hãng vận chuyển (nếu có) trong quá trình vận chuyển hàng hóa đang chịu sự giám sát hải quan; vận chuyển hàng hóa theo đúng tuyến đường, thời gian đã được cơ quan hải quan phê duyệt.
Trường hợp bất khả kháng không thể đảm bảo nguyên trạng hàng hóa, niêm phong hải quan hoặc không vận chuyển hàng hóa theo đúng tuyến đường, lộ trình, thời gian hoặc thay đổi phương tiện vận chuyển hàng hóa do sự cố bất khả kháng thì người khai hải quan áp dụng các biện pháp cần thiết để hạn chế và ngăn ngừa tổn thất xảy ra và thông báo ngay cho cơ quan hải quan theo số điện thoại đường dây nóng trên Cổng thông tin điện tử của Cục Hải quan hoặc Hải quan nơi vận chuyển đến hoặc Hải quan nơi vận chuyển đi. Trường hợp không thể thông báo ngay với cơ quan hải quan thì tùy theo địa bàn thích hợp thông báo với cơ quan công an, bộ đội biên phòng, cảnh sát biển để xác nhận, sau đó thông báo lại với cơ quan hải quan để xử lý theo quy định.
2. Trách nhiệm của Hải quan nơi vận chuyển đi:
a) Kiểm tra hồ sơ trong trường hợp Hệ thống phân luồng 2 và phê duyệt hồ sơ trong vòng 02 giờ làm việc kể từ khi tiếp nhận đầy đủ bộ hồ sơ hải quan; hướng dẫn người khai hải quan bổ sung thông tin về số hiệu niêm phong hải quan, số chỉ hải quan và các thông tin khác trên tờ khai vận chuyển hàng hóa (nếu có).
Trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa theo quy định tại Điều 29 Thông tư này. Kết quả kiểm tra thực tế được ghi trên Phiếu ghi kết quả kiểm tra theo mẫu 06/PGKQKT/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này và được gửi cho Hải quan nơi vận chuyển đến để theo dõi và làm tiếp thủ tục theo quy định;
b) Phê duyệt tờ khai vận chuyển hàng hóa trên Hệ thống;
c) Căn cứ thông tin khai bổ sung của người khai hải quan về số hiệu niêm phong hải quan, số chì hải quan, đối chiếu thực tế số lượng, số hiệu container (đối với hàng hóa đóng trong container), số lượng gói, kiện (đối với hàng hóa là hàng rời) với tờ khai vận chuyển độc lập để thực hiện niêm phong hàng hóa đối với các trường hợp phải niêm phong hải quan theo khoản 3, khoản 5 Điều 50 Thông tư này và cập nhật số niêm phong hải quan trên Hệ thống.
Trường hợp hàng hóa không thể niêm phong (như hàng rời, hàng hóa siêu trường, siêu trọng, hàng cồng kềnh), cơ quan hải quan phải lập Biên bản chứng nhận theo mẫu số 35/BBCN/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này, chụp ảnh nguyên trạng và ghi nhận thông tin chi tiết vào Hệ thống gồm: tên hàng, số lượng, chủng loại, ký mã hiệu, xuất xứ (nếu có);
d) Cập nhật thông tin hàng hóa vận chuyển đi vào Hệ thống trước khi hàng hoá ra khỏi khu vực giám sát hải quan, theo dõi thông tin lô hàng vận chuyển chịu sự giám sát hải quan;
đ) Theo dõi về thông tin lô hàng vận chuyển chịu sự giám sát hải quan; Trường hợp quá thời hạn vận chuyển nhưng chưa nhận được phản hồi của Hải quan nơi vận chuyển đến thì chủ trì, phối hợp với Hải quan nơi vận chuyển đến, Chi cục Điều tra chống buôn lậu tổ chức xác minh và xử lý;
e) Tổ chức truy tìm lô hàng trong trường hợp quá thời hạn vận chuyển nhưng chưa nhận được phản hồi của Hải quan nơi vận chuyển đến;
g) Trường hợp Hệ thống gặp sự cố, Đội trưởng hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đi quyết định kiểm tra hồ sơ hải quan lô hàng vận chuyển. Sau khi kiểm tra hồ sơ hải quan, công chức hải quan xác nhận, ký tên, đóng dấu trên Bản kê vận chuyển theo mẫu số 21a/BKVC/GSQL do người khai hải quan nộp, niêm phong hàng hóa (nếu có) do người khai xuất trình, trả lại cho người khai hải quan 02 Bản kê vận chuyển và bàn giao hàng hóa cho Hải quan nơi vận chuyển đến để làm tiếp thủ tục theo quy định.
3. Trách nhiệm của Hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đến:
a) Tiếp nhận hàng hóa kèm thông tin tờ khai đã được phê duyệt do người khai hải quan xuất trình và kiểm tra các thông tin về tờ khai hải quan trên Hệ thống;
b) Kiểm tra, đối chiếu tình trạng niêm phong hải quan hoặc số hiệu niêm phong hãng vận chuyển (nếu có), số hiệu phương tiện vận chuyển trên tờ khai vận chuyển độc lập hoặc đối chiếu nguyên trạng hàng hóa với các thông tin đã được cập nhật trên Hệ thống trong trường hợp không thể niêm phong;
c) Trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa theo quy định tại Điều 29 Thông tư này. Kết quả kiểm tra thực tế được ghi trên Phiếu ghi kết quả kiểm tra theo mẫu 06/PGKQKT/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này;
d) Cập nhật thông tin hàng hóa vận chuyển đến đích vào Hệ thống ngay sau khi toàn bộ hàng hóa được vận chuyển đến đích;
đ) Trường hợp Hệ thống gặp sự cố, sau khi nhận được Bản kê vận chuyển đã có xác nhận của Hải quan nơi vận chuyển đi và hàng hóa đã vận chuyển đến đích, Hải quan nơi vận chuyển đến xác nhận, ký tên, đóng dấu, lưu 01 Bản kê vận chuyển; trả lại người khai hải quan 01 Bản kê vận chuyển đã có xác nhận của Hải quan nơi đi và Hải quan nơi đến và fax hồi báo cho Hải quan nơi vận chuyển đi để biết và lưu kèm hồ sơ hải quan.
4. Trường hợp thay đổi phương thức vận chuyển, phương tiện vận tải trong quá trình vận chuyển, căn cứ thông tin Biên bản bàn giao hàng hóa vận chuyển chịu sự giám sát hải quan của Hải quan nơi vận chuyển đi, Hải quan nơi thay đổi phương thức vận chuyển, phương tiện vận tải thực hiện các công việc nêu tại khoản 3 Điều này; sau khi người khai hải quan hoàn thành việc thay đổi phương thức vận chuyển, phương tiện vận tải thì thực hiện các công việc nêu tại khoản 2 Điều này.
5. Khai bổ sung tờ khai vận chuyển độc lập
a) Các trường hợp được khai bổ sung:
a.1) Khai bổ sung các chi tiêu thông tin quy định tại mục 6.2 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này trước khi cơ quan hải quan xác nhận hàng hóa đủ điều kiện để vận chuyển đi;
a.2) Khai bổ sung các chi tiêu thông tin quy định tại mục 6.3 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này sau khi cơ quan hải quan xác nhận hàng hóa đủ điều kiện để vận chuyển đi và trước khi xác nhận hàng hóa vận chuyển đến đích.
b) Thủ tục khai bổ sung Tờ khai vận chuyển độc lập:
b.1) Trách nhiệm của người khai hải quan:
b.1.1) Khai bổ sung các chi tiêu thông tin của Tờ khai vận chuyển độc lập khi người khai hải quan tự phát hiện ra sai sót hoặc theo yêu cầu của cơ quan hải quan và nộp các chứng từ liên quan đến việc khai bổ sung qua Hệ thống.
b.1.2) Trường hợp hệ thống gặp sự cố, người khai hải quan nộp 02 bản chính văn bản đề nghị khai bổ sung theo mẫu số 03/KBS/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này và 01 bản chụp các chứng từ liên quan đến việc khai bổ sung.
b.2) Trách nhiệm của Hải quan nơi vận chuyển đi:
b.2.1) Tiếp nhận hồ sơ khai bổ sung; kiểm tra hồ sơ khai bổ sung, thông báo kết quả kiểm tra hồ sơ khai bổ sung đến người khai hải quan thông qua Hệ thống trong thời hạn 02 giờ làm việc kể từ khi tiếp nhận đủ thông tin hoặc hồ sơ (nếu có);
b.2.2) Phê duyệt tờ khai vận chuyển độc lập khai bổ sung;
b.2.3) Cập nhật thông tin xác nhận hàng hóa đủ điều kiện để vận chuyển đi vào Hệ thống;
b.2.4) Trường hợp khai bổ sung theo mẫu số 03/KBS/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này, cơ quan hải quan thực hiện tiếp nhận hồ sơ khai bổ sung, ghi rõ ngày, giờ tiếp nhận hồ sơ khai bổ sung; thông báo kết quả kiểm tra và xác nhận hàng hóa đủ điều kiện để vận chuyển đi trên mẫu số 03/KBS/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này; trả cho người khai hải quan 01 bản văn bản đề nghị khai bổ sung có xác nhận của cơ quan hải quan.
b.3) Trách nhiệm của Hải quan nơi vận chuyển đến: Thực hiện việc xác nhận hàng đến khu vực giám sát hải quan theo các thông tin trên tờ khai vận chuyển độc lập bổ sung hoặc văn bản đề nghị khai bổ sung có xác nhận của cơ quan hải quan.
6. Hủy tờ khai vận chuyển độc lập
a) Các trường hợp hủy:
a.1) Quá thời hạn 15 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai vận chuyển độc lập nhưng hàng hóa chưa được vận chuyển đi, bao gồm cả trường hợp tờ khai vận chuyển độc lập đã được đăng ký nhưng chưa được cơ quan hải quan phê duyệt vận chuyển do Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có sự cố;
a.2) Khai sai các chi tiêu thông tin không được khai bổ sung và hàng hóa chưa đưa qua khu vực giám sát hải quan tại nơi vận chuyển đi;
a.3) Khai nhiều tờ khai vận chuyển độc lập cho cùng một lô hàng vận chuyển (khai trùng thông tin tờ khai).
b) Thủ tục hủy:
b.1) Người khai hải quan gửi đề nghị hủy thông qua Hệ thống cho Hải quan nơi đăng ký tờ khai;
b.2) Trong 08 giờ làm việc kể từ khi nhận được đề nghị hủy của người khai hải quan, cơ quan hải quan kiểm tra lý do, điều kiện và thông tin đề nghị hủy trên Hệ thống, thực hiện việc hủy và phản hồi kết quả cho người khai hải quan.
Trường hợp người khai hải quan không gửi đề nghị hủy, cơ quan hải quan định kỳ hàng ngày rà soát, kiểm tra thông tin vận chuyển hàng hóa để thực hiện việc hủy và thông báo kết quả cho người khai hải quan.
7. Hàng hóa nhập khẩu vận chuyển từ cửa khẩu nhập đến cảng đích ghi trên vận đơn bằng đường biển, đường hàng không nhưng còn nguyên trạng, không dỡ xuống cảng, kho, bãi tại cửa khẩu nhập, hàng hóa từ nước ngoài vận chuyển từ cửa khẩu nhập đầu tiên đến cửa khẩu xuất cuối cùng bằng đường biển, đường hàng không nhưng còn nguyên trạng trên phương tiện vận chuyển, không dỡ xuống kho, bãi, cảng tại cửa khẩu nhập, Hải quan nơi vận chuyển đi và Hải quan nơi vận chuyển đến căn cứ thông tin khai báo hàng hoá trên hồ sơ tàu biển, tàu bay chuyển cảng, quá cảnh để thực hiện giám sát hàng hóa vận chuyển."

22. Sửa đổi, bổ sung Điều 51a Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 30 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC như sau:
"Điều 51a. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá quá cảnh
1. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa quá cảnh:
Thực hiện theo quy định tại Điều 43 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP ngày 21/01/2015 được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 23 Điều 1 Nghị định số 167/2025/NĐ-CP ngày 30/06/2025 của Chính phủ.
a) Đối với trường hợp hàng hóa quá cảnh đi qua lãnh thổ Việt Nam:
Ngoài các công việc như quy định đối với hàng hóa vận chuyển độc lập quy định tại Điều 51 Thông tư này, người khai hải quan và cơ quan hải quan thực hiện các công việc sau:
a.1) Trách nhiệm của người khai hải quan:
a.1.1) Khai thông tin các Bản kê theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 09, mẫu số 10, mẫu số 11 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này qua Hệ thống khi khai báo tờ khai vận chuyển độc lập;
a.1.2) Trường hợp hàng hoá vận chuyển nhiều lần thì người khai hải quan lựa chọn khai 01 tờ khai cho toàn bộ hàng hoá hoặc khai báo tờ khai cho từng lần vận chuyển nhưng phải đảm bảo thời gian vận chuyển đã đăng ký theo hướng dẫn tai mẫu số 07 Phu luc II ban hành kèm Thông tư này;
a.1.3) Đối với hàng hoá quá cảnh chuyển tải, lưu kho, thay đổi phương thức vận chuyển, phương tiện vận tải, đóng chung với hàng xuất khẩu đã hoàn thành thủ tục hải quan theo quy định tại Điều 43 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP ngày 21/01/2015 được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 23 Điều 1 Nghị định số 167/2025/NĐ-CP ngày 30/6/2025 của Chính phủ, khi làm thủ tục nhập, người khai hải quan khai báo theo chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 09b Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này.
Trường hợp Hệ thống gặp sự cố, người khai hải quan nộp 02 bản chính văn bản đề nghị theo mẫu 09a/VBĐN/GSQL Phụ lục V ban hành kèm Thông tư này;
a.1.4) Trường hợp Hệ thống gặp sự cố, người khai hải quan nộp 02 bản chính Bản kê vận chuyển hàng hóa quá cảnh theo mẫu số 21a/BKVC/GSQL Phụ lục V ban hành kèm theo Thông tư này;
a.1.5) Sử dụng phương tiện vận tải gắn thiết bị theo dõi hành trình và kết nối với Hải quan cửa khẩu nhập và Hải quan cửa khẩu xuất trong trường hợp hàng hóa quá cảnh được chứa trong container xếp chồng khít, nhiều tầng, nhiều lớp trên phương tiện để vận chuyển từ nước ngoài vào Việt Nam và ngược lại bằng đường thủy nội địa.
a.2) Trách nhiệm của Hải quan cửa khẩu nhập:
a.2.1) Thực hiện các công việc của Hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đi quy định tại khoản 2 Điều 51 Thông tư này.
Riêng đối với hàng hoá quả cảnh được chứa trong container xếp chồng khít, nhiều tầng, nhiều lớp trên phương tiện vận chuyển và vận chuyển bằng đường thủy nội địa từ nước ngoài vào Việt Nam, không thể kiểm tra niêm phong của hãng vận chuyển hoặc thực hiện niêm phong hải quan, Hải quan cửa khẩu nhập có trách nhiệm thông tin về tình trạng của lô hàng để Hải quan cửa khẩu xuất thực hiện kiểm tra niêm phong của hãng vận chuyển, kiểm tra đối chiếu thực tế hàng hoá do người khai hải quan xuất trình với thông tin khai trên tờ khai hải quan. Hải quan cửa khẩu nhập có trách nhiệm theo dõi hàng hóa vận chuyển đi để phối hợp với Hải quan cửa khẩu xuất hoặc các cơ quan liên quan trong trường hợp hàng hóa không vận chuyển đúng tuyến đường, đúng thời gian đã đăng ký hoặc xảy ra các sự cố trong quá trình vận chuyển;
a.2.2) Trường hợp Hệ thống gặp sự cố, sau khi thực hiện các công việc quy định tại điểm này và Hệ thống được khắc phục, Hải quan cửa khẩu nhập cập nhật thông tin Bản kê vận chuyển hàng hóa quá cảnh vào Hệ thống.
a.3) Trách nhiệm của Hải quan cửa khẩu xuất:
a.3.1) Thực hiện các công việc của Hải quan nơi hàng hóa vận chuyển đến quy định tại khoản 3 Điều 51 Thông tư này.
Riêng đối với hàng hoá quá cảnh được chứa trong container xếp chồng khít, nhiều tầng, nhiều lớp trên phương tiện vận chuyển, được vận chuyển ra nước ngoài bằng đường thủy nội địa, căn cứ thông tin về lộ trình, thời gian vận chuyển, các cảnh báo trên Hệ thống giám sát, thông tin của Hải quan cửa khẩu nhập về tình trạng lô hàng, thông tin trên thiết bị theo dõi hành trình, Đội trưởng Hải quan của khẩu xuất quyết định việc kiểm tra niêm phong hải quan hoặc niêm phong của hãng vận chuyển, kiểm tra tình trạng nguyên trạng của hàng hóa.
Trường hợp hàng hóa quá cảnh xuất qua cửa khẩu đường bộ, đường thủy nội địa, đường sắt liên vận quốc tế thì cập nhật thông tin hàng hóa vận chuyển đến đích vào Hệ thống, thực hiện giám sát hàng hoá từ khi vào khu vực giám sát hải quan tại cửa khẩu xuất cho đến khi hàng hoá xuất khẩu qua biên giới và thực hiện cập nhật thông tin hàng hóa đã thực xuất trên Hệ thống;
a.3.2) Trường hợp Hệ thống gặp sự cố, sau khi thực hiện các công việc nêu tại điểm a.3.1 khoản này và Hệ thống được khắc phục, Hải quan cửa khẩu xuất cập nhật thông tin Bản kê vận chuyển hàng hóa quá cảnh vào Hệ thống.
b) Đối với hàng hóa quá cảnh vận chuyển qua đường hàng không quốc tế được đưa vào Việt Nam và đưa ra nước ngoài tại cùng một cảng hàng không quốc tế có dỡ xuống kho, bãi, cảng
b.1) Trách nhiệm của người khai hải quan:
b.1.1) Thực hiện khai báo trên Bản kê hàng hóa quá cảnh theo mẫu số 08 Phụ lục II ban hành kèm Thông tư này thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan;
b.1.2) Xuất trình hàng hóa cho cơ quan hải quan để kiểm tra thực tế trong trường hợp lô hàng có dấu hiệu vi phạm pháp luật;
b.1.3) Khai bổ sung các thông tin trên Bản kê hàng hóa quá cảnh (nếu có);
b.1.4) Tiếp nhận bản kê hàng hóa quá cảnh đã được cơ quan hải quan phê duyệt.
b.2) Trách nhiệm của cơ quan hải quan:
b.2.1) Kiểm tra thông tin trên Bản kê hàng hóa quá cảnh, chứng từ thuộc bộ hồ sơ hải quan và hướng dẫn người khai hải quan khai bổ sung các thông tin khác trên Bản kê hàng hóa quá cảnh (nếu có);
b.2.2) Trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì công chức hải quan thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa theo quy định tại Điều 29 Thông tư này và xử lý vi phạm theo quy định của pháp luật (nếu có). Kết quả kiểm tra thực tế được ghi trên Phiếu ghi kết quả kiểm tra theo mẫu 06/PGKQKT/GSQL Phụ lục V Thông tư này và cập nhật vào Hệ thống;
b.2.3) Công chức hải quan thực hiện phê duyệt Bản kê hàng hóa quá cảnh trong vòng 02 giờ làm việc kể từ khi nhận được bộ hồ sơ hợp lệ do người khai hải quan nộp, xuất trình;
b.2.4) Trường hợp khu vực cửa khẩu, cảng, kho, bãi, địa điểm chưa kết nối Hệ thống, khi hàng hóa quá cảnh được vận chuyển vào, ra khu vực cửa khẩu, cảng, kho, bãi, địa điểm, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra đối chiếu, xác nhận thông tin thực tế hàng hóa vào, ra với thông tin khai báo trên Bản kê hàng hóa quá 64 cảnh về số hiệu container hoặc số hiệu phương tiện vận chuyển, số niềm phong của hãng vận chuyển hoặc hải quan (nếu có); số lượng kiện).
Trường hợp kết quả kiểm tra, đối chiếu phù hợp, không có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì cơ quan hải quan xác nhận trên Hệ thống. Trường hợp kết quả kiểm tra, đối chiếu không phù hợp hoặc có dấu hiệu vi phạm pháp luật thì xác minh, làm rõ và xử lý vi phạm theo quy định.
2. Hàng hóa quá cảnh nếu được chuyển tiêu thụ nội địa thì thực hiện thủ tục chuyển tiêu thụ nội địa theo quy định tại Điều 21 Thông tư này.
3. Thủ tục khai sửa đổi, bổ sung; hủy tờ khai vận chuyển độc lập và Bản kê hàng hóa quá cảnh và giám sát đối với hàng hóa quá cảnh vận chuyển bằng đường biển, đường hàng không nhưng không dỡ xuống cảng, kho, bãi tại cửa khẩu nhập thực hiện theo quy định tại khoản 5, khoản 6, khoản 7 Điều 51 Thông tư này."

23. Sửa đổi, bổ sung Điều 51b Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 30 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC như sau:
"Điều 51b. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá trung chuyển tại cảng biển
1. Thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hoá trung chuyển tại cảng biển: Thực hiện theo quy định tại Điều 44 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP ngày 21/01/2015 được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 24 Điều 1 Nghị định số 167/2025/NĐ-CP ngày 30/6/2025 của Chính phủ.
2. Trường hợp hàng hoá trung chuyển vận chuyển giữa các cảng biển, hàng hóa trung chuyển vận chuyển giữa các bến cảng trong cùng một cảng biển: Thủ tục hải quan thực hiện theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 51a Thông tư này.
3. Trường hợp hàng hóa trung chuyển từ nước ngoài đưa vào khu vực trung chuyển và được đưa ra nước ngoài trực tiếp từ khu vực trung chuyển này: Thủ tục hải quan thực hiện theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 51a Thông tư này."

24. Sửa đổi, bổ sung điểm d khoản 5, khoản 9 Điều 52 Thông tư số

38/ 2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 31 Điều 1 Thông tư số

39/ 2018/TT-BTC như sau:

25. Sửa đổi, bổ sung điểm a khoản 3, điểm a.1 khoản 5, khoản 9 Điều 52a Thông tư số 38/2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 32 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC như sau:

26. Sửa đổi, bổ sung điểm c khoản 8, khoản 9 Điều 52b Thông tư số

38/ 2015/TT-BTC đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 32 Điều 1 Thông tư số

39/ 2018/TT-BTC như sau:
"a) Bổ sung điểm c khoản 8 như sau:
"c) Hàng hóa dự kiến xuất khẩu đã đưa vào khu vực giám sát hải quan chưa đăng ký tờ khai hải quan muốn đưa ra khỏi khu vực giám sát