Điều 29. Thông báo, kiểm tra việc sử dụng hàng hóa miễn thuế
1. Thông báo việc sử dụng hàng hóa miễn thuế nhập khẩu
a) Đối tượng thông báo
Chủ dự án có trách nhiệm thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại Mẫu số 10 tại Phụ lục II Thông tư này thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc theo Mẫu số 33 tại Phụ lục I Thông tư này cho cơ quan hải quan nơi tiếp nhận Danh mục miễn thuế đối với các trường hợp phải thông báo Danh mục miễn thuế với cơ quan hải quan.
b) Thời điểm và thời hạn thông báo
b.1) Định kỳ hàng năm, trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính, tổ chức, cá nhân thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế trong năm tài chính cho cơ quan hải quan nơi tiếp nhận Danh mục miễn thuế cho đến khi nhập khẩu hết hàng hóa theo Danh mục miễn thuế đã thông báo với cơ quan hải quan hoặc Danh mục miễn thuế đã hết hiệu lực;
b.2) Định kỳ 03 năm kể từ năm kết thúc nhập khẩu hàng hóa theo Danh mục miễn thuế hoặc năm hết hiệu lực của Danh mục miễn thuế, tổ chức, cá nhân thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế cho cơ quan hải quan nơi tiếp nhận Danh mục miễn thuế trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính cho đến khi dự án chấm dứt hoạt động hoặc toàn bộ hàng hóa miễn thuế đã tái xuất khẩu ra khỏi Việt Nam, thay đổi mục đích được miễn thuế, chuyển tiêu thụ nội địa, tiêu hủy theo đúng quy định pháp luật. Trường hợp có dấu hiệu nghi vấn, cơ quan hải quan yêu cầu tổ chức, cá nhân thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế;
b.3) Trường hợp tổ chức, cá nhân có phát sinh thay đổi mục đích được miễn thuế, chuyển tiêu thụ nội địa thì người nộp thuế thực hiện đăng ký tờ khai hải quan mới theo quy định tại Điều 25 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 12 Điều 1 Nghị định số 167/2025/NĐ-CP;
b.4) Trường hợp chuyển nhượng toàn bộ hoặc một phần dự án thuộc đối tượng ưu đãi đầu tư cho tổ chức, cá nhân khác theo quy định tại điểm d khoản 9 Điều 28 Thông tư này, tổ chức, cá nhân nhận chuyển nhượng có trách nhiệm thực hiện thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế nhập khẩu theo quy định tại điểm b.1, b.2 và b.3 khoản này;
b.5) Đối với các trường hợp miễn thuế nhập khẩu quy định tại Điều 15, Điều 23 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, việc thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế phải được thực hiện hàng năm trong thời hạn 05 năm kể từ ngày dự án chính thức hoạt động.
Đối với các trường hợp miễn thuế nhập khẩu quy định tại điểm c khoản 21 Điều 16 Luật số 107/2016/QH13 được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 3 Điều 5 Luật số 90/2025/QH15 và khoản 6 Điều 25 Luật số 133/2025/QH15, việc thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế phải được thực hiện hàng năm trong thời hạn 05 năm kể từ khi bắt đầu nghiên cứu, sản xuất.
Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày kết thúc thời hạn 05 năm, chủ dự án thực hiện đăng ký tờ khai hải quan mới và kê khai, nộp thuế đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu đã miễn thuế chưa sử dụng hết trong thời hạn 05 năm.
2. Trường hợp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư dùng để chế tạo quy định tại điểm b khoản 21 Điều 16 Luật số 107/2016/QH13 được sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 90/2025/QH15, điểm a khoản 11, điểm b khoản 15, điểm a khoản 16 Điều 16 Luật số 107/2016/QH13, chủ dự án thực hiện như sau:
a) Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày hoàn thiện việc chế tạo máy móc, thiết bị hoặc linh kiện, chi tiết, bộ phận rời, phụ tùng của máy móc, thiết bị, chủ dự án thông báo cho cơ quan hải quan nơi tiếp nhận Danh mục miễn thuế về việc hoàn thành chế tạo theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại Mẫu số 11 tại Phụ lục II Thông tư này thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tư hải quan hoặc theo Mẫu số 34 tại Phụ lục I Thông tư này. Trường hợp không sử dụng hết, trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày hoàn thiện việc chế tạo, chủ dự án phải đăng ký tờ khai hải quan mới và kê khai nộp thuế tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan mới;
b) Trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày nhận được thông báo của chủ dự án nêu tại điểm a khoản này, cơ quan hải quan nơi tiếp nhận thông báo Danh mục miễn thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở của chủ dự án để xác định lượng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế đã sử dụng đúng mục đích chế tạo máy móc, thiết bị hoặc linh kiện, chi tiết, bộ phận rời, phụ tùng của máy móc, thiết bị. Trường hợp cơ quan hải quan phát hiện chủ dự án không sử dụng hết hoặc thay đổi mục đích sử dụng hàng hóa miễn thuế nhưng không đăng ký tờ khai hải quan mới thì thực hiện ấn định thuế theo quy định;
c) Chủ dự án thực hiện thông báo tình hình sử dụng hàng hóa nhập khẩu để chế tạo theo quy định tại khoản 1 Điều này. Kể từ năm hoàn thiện việc chế tạo, chủ dự án thực hiện thông báo việc sử dụng đối với sản phẩm sau chế tạo.
3. Trường hợp nhập khẩu miễn thuế theo tổ hợp, dây chuyền phải nhập khẩu làm nhiều chuyến, không trừ lùi theo số lượng hàng hóa tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan, ngoài quy định tại khoản 1 Điều này, chủ dự án thực hiện như sau:
a) Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày hoàn thiện việc lắp đặt tổ hợp, dây chuyền, chủ dự án thông báo với cơ quan hải quan nơi tiếp nhận Danh mục miễn thuế về việc hoàn thiện lắp đặt tổ hợp, dây chuyền theo các chỉ tiêu thông tin quy định tại Mẫu số 12 tại Phụ lục II Thông tư này thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc theo Mẫu số 35 tại Phụ lục I Thông tư này. Trường hợp không sử dụng hết, trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày hoàn thiện việc lắp đặt tổ hợp, dây chuyền, chủ dự án phải đăng ký tờ khai hải quan mới và kê khai nộp thuế tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan mới;
b) Trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày nhận được thông báo hoàn thiện việc lắp đặt tổ hợp, dây chuyền của chủ dự án, cơ quan hải quan nơi tiếp nhận thông báo Danh mục miễn thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở của chủ dự án để xác định hàng hóa nhập khẩu miễn thuế đã sử dụng đúng mục đích lắp đặt vào tổ hợp, dây chuyền được miễn thuế. Trường hợp cơ quan hải quan phát hiện chủ dự án không sử dụng hết hoặc thay đổi mục đích sử dụng hàng hóa miễn thuế theo tổ hợp, dây chuyền nhưng không đăng ký tờ khai hải quan mới, cơ quan hải quan thực hiện ấn định thuế theo quy định;
c) Chủ dự án thực hiện thông báo tình hình sử dụng hàng hóa nhập khẩu để hoàn thiện lắp đặt tổ hợp, dây chuyền theo quy định tại khoản 1 Điều này. Kể từ năm hoàn thiện lắp đặt tổ hợp, dây chuyền, chủ dự án thực hiện thông báo tình hình sử dụng đối với sản phẩm sau hoàn thiện lắp đặt.
4. Kiểm tra việc sử dụng hàng hóa miễn thuế
a) Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận thông báo Danh mục miễn thuế thực hiện kiểm tra việc sử dụng hàng hóa miễn thuế tại trụ sở của chủ dự án trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro;
b) Việc kiểm tra được thực hiện theo trình tự thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế theo quy định tại Điều 39 Thông tư này.
5. Xử lý kết quả kiểm tra
a) Trường hợp kết quả kiểm tra xác định đủ điều kiện miễn thuế, cơ quan hải quan chấp nhận nội dung khai báo của chủ dự án hoặc của người nộp thuế;
b) Trường hợp kết quả kiểm tra xác định không đủ điều kiện miễn thuế, cơ quan hải quan thực hiện ấn định thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.