Điều 20. Hiệu lực của Thông tư
1. Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày kể từ ngày ký, áp dụng đối với kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp từ năm 2009 trở đi và áp dụng đối với việc nộp thuế tài nguyên của các hợp đồng dầu khí được ký kể từ ngày Nghị định số 05/2009/NĐ-CP ngày 19/01/2009 của Chính phủ qui định chi tiết thi hành Pháp lệnh thuế tài nguyên (sửa đổi) và Pháp lệnh sửa đổi, bổ sung Điều 6 Pháp lệnh thuế tài nguyên (sửa đổi) có hiệu lực thi hành, trừ các hợp đồng dầu khí đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt cụ thể về mức thuế tài nguyên trước ngày Nghị định 05/2009/NĐ-CP có hiệu lực thi hành, thay thế Thông tư số 48/2001/TT-BTC ngày 25/06/2001 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện qui định về thuế đối với các tổ chức, cá nhân tiến hành hoạt động tìm kiếm thăm dò và khai thác dầu khí theo qui định của Luật Dầu khí.
2. Các hợp đồng dầu khí đã được ký kết trước ngày Nghị định số 05/2009/NĐ-CP ngày 19/01/2009 của Chính phủ qui định chi tiết thi hành Pháp lệnh thuế tài nguyên (sửa đổi) và Pháp lệnh sửa đổi, bổ sung Điều 6 Pháp lệnh thuế tài nguyên (sửa đổi) có hiệu lực thi hành, đã khai thác tài nguyên và nộp thuế tài nguyên theo qui định tại Giấy phép đầu tư hoặc hợp đồng dầu khí thì thực hiện theo qui định tại Giấy phép đầu tư và hợp đồng dầu khí. Đối với hợp đồng dầu khí chưa ký kết nhưng đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt trước ngày Nghị định nêu trên có hiệu lực thi hành mà có thỏa thuận về thuế tài nguyên thì thực hiện theo thỏa thuận trong hợp đồng dầu khí đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.
3. Các hợp đồng dầu khí đã được cấp Giấy phép đầu tư trước ngày Luật Dầu khí số 10/2008/QH12, Luật Thuế TNDN số 14/2008/QH12 có hiệu lực thi hành đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo Giấy phép đầu tư đã được cấp tiếp tục được hưởng các ưu đãi thuế (thuế suất ưu đãi và thời gian miễn, giảm) cho thời gian còn lại.
Người nộp thuế căn cứ vào qui định tại giấy phép đầu tư hoặc quyết định của Thủ tướng Chính phủ về mức, thời hạn miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp để xác định số thuế được miễn, giảm; số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp khi tạm tính và khi quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp.
Năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế là kỳ tính thuế đầu tiên phát sinh thu nhập chịu thuế.
Thu nhập được miễn, giảm thuế TNDN không bao gồm khoản thu nhập khác nêu tại khoản 5, Điều 14, Mục III, Phần II Thông tư này.
4. Trường hợp tại các điều ước quốc tế, hiệp định liên Chính phủ, Chính phủ Việt Nam tham gia ký kết có qui định về thuế đối với hoạt động tìm kiếm thăm dò và khai thác dầu thô, khí thiên nhiên khác với qui định về thuế tại Thông tư này thì việc nộp thuế của tổ chức, cá nhân tiến hành hoạt động tìm kiếm thăm dò và khai thác dầu thô, khí thiên nhiên thực hiện theo các điều ước quốc tế, hiệp định liên Chính phủ đã ký kết.
Trong quá trình thực hiện, nếu có khó khăn vướng mắc đề nghị phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính để được giải quyết kịp thời./.