Điều 17. Hạch toán tiền, hàng viện trợ: Căn cứ để hạch toán vào sổ sách kế toán của Đơn vị thực hiện dự án là tiền đồng Việt Nam và trị giá ngoại tệ đã được Bộ Tài chính xác nhận là viện trợ không hoàn lại được quy đổi thành tiền đồng Việt Nam theo tỷ giá do Bộ Tài chính công bố trong từng thời điểm (Trừ trường hợp nhà tài trợ đã quy định tỷ giá) theo từng khoản, mục, quy định của Mục lục NSNN.
Đối với những khoản viện trợ bằng hàng: Căn cứ hạch toán kế toán là trị giá hàng thực nhận bằng tiền đồng Việt Nam hoặc trị giá ngoại tệ được quy đổi thành tiền đồng Việt Nam. Trường hợp số hàng thực nhận có sự chênh lệch so với giấy xác nhận viện trợ (tăng hoặc giảm), Đơn vị thực hiện dự án phải đến nơi làm thủ tục xác nhận viện trợ để xin điều chỉnh lại.
Nguồn kinh phí của dự án, do bên nước ngoài trực tiếp chi, không chuyển tiền vào tài khoản của Bộ Y tế hoặc tài khoản của Đơn vị thực hiện dự án (đơn vị được mở tài khoản riêng) như: chi cho chuyên gia, chi hội nghị, hội thảo, đào tạo, thăm quan, khảo sát, thực tập tại nước ngoài hoặc chi cho tư vấn kỹ thuật tại Việt Nam thì không hạch toán vào sổ sách kế toán của Đơn vị thực hiện dự án.