Điều 10. Đầu tháng 7 hàng năm, cùng với việc lập dự toán Ngân sách Nhà nước cho năm tiếp theo, các dự án đang hoạt động phải căn cứ vào hướng dẫn lập dự toán Ngân sách Nhà nước của Bộ Y tế, văn kiện dự án được phê duyệt và các văn bản phê duyệt điều chỉnh dự án (nếu có) để lập dự toán Ngân sách viện trợ. Dự toán Ngân sách của viện trợ phải thể hiện được tình hình thu, chi về viện trợ, vốn đối ứng (nếu có) phân tích theo mục đích sử dụng (XDCB, HCSN) và thuyết minh chi tiết đính kèm. Dự toán được gửi về Bộ Y tế (Vụ Tài chính Kế toán, Vụ Kế hoạch) để tổng hợp chung dự toán Ngân sách của Bộ gửi Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư trình Thủ tướng Chính phủ và Quốc hội phê duyệt.
Riêng các Đơn vị thực hiện dự án do cơ quan Bộ Y tế trực tiếp quản lý và tổ chức thực hiện, dự toán thu, chi về viện trợ, vốn đối ứng HCSN, vốn đối ứng XDCB gửi về Ban Quản lý các dự án - Bộ Y tế để tổng hợp gửi Bộ Y tế (Vụ Tài chính Kế toán, Vụ Kế hoạch).
Đối với các dự án mới được phê duyệt, khi kế hoạch Ngân sách năm đã được phân bổ, dự án phải lập dự toán bổ sung theo trình tự nêu trên gửi Bộ Y tế (Vụ Tài chính Kế toán, Vụ Kế hoạch) để xin bổ sung dự toán và bổ sung vốn đối ứng (nếu có). Dự toán thu, chi về viện trợ và vốn đối ứng theo mẫu số 1 ban hành kèm theo Quy định này.
Dự toán về vốn đối ứng được lập theo quy định tại Nghị định số 17/2001/NĐ-CP ngày 04/5/2001 của Chính phủ về việc ban hành Quy chế Quản lý và sử dung nguồn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) và các Thông tư hướng dẫn chi tiết thi hành áp dụng chung cho các chương trình dự án viện trợ ODA và phi Chính phủ (PCP).
Sau khi kế hoạch ngân sách năm được phê duyệt, Bộ Y tế sẽ phân bổ vốn đối ứng cho các chương trình (dự án có vốn đối ứng) cùng với thời gian phân bổ ngân sách HCSN cho các đơn vị trực thuộc.