Điều 13: Các đơn vị thuộc Tổng cục ĐTPT và Quỹ HTĐTQG phải tổ chức bộ máy kế toán: ở Tổng cục ĐTPT và Quỹ HTĐTQG TW có bộ máy kế toán gọi là Vụ Kế toán; ở các Cục ĐTPT, Chi cục trực thuộc Tổng cục ĐTPT, Chi nhánh Quỹ HTĐTQG có bộ máy kế toán gọi là Phòng Kế toán; ở các Chi cục ĐTPT trực thuộc Cục ĐTPT có bộ máy kế toán gọi là Tổ Kế toán. Tổ chức bộ máy kế toán là một bộ phận trong cơ cấu tổ chức bộ máy của Tổng cục ĐTPT và Quỹ HTĐTQG.
1- Vụ Kế toán đặt dưới sự lãnh đạo trực tiếp của Tổng cục trưởng Tổng cục ĐTPT và Tổng giám đốc Quỹ HTĐTQG. Vụ Kế toán thực hiện tổ chức, chỉ đạo, kiểm tra toàn bộ công tác thanh toán, điều chuyển vốn, lãi, phí, kế toán, cấp phát, cho vay vốn ĐTPT, công tác thanh toán cho vay vốn Quỹ HTĐTQG. Lập và thực hiện kế hoạch thu chi tài chính, công tác kế toán thu chi tài chính và xác định kết quả hoạt động của hệ thống Quỹ HTĐTQG, đồng thời trực tiếp thực hiện công tác kế toán cấp phát, cho vay, thanh toán vốn các Chủ đầu tư, Chủ dự án mở tài khoản tại cơ quan Tổng cục ĐTPT và Quỹ HTĐTQG TW; Tổng hợp và phân tích báo cáo kế toán và quyết toán.
Cơ cấu bộ máy của Vụ Kế toán bao gồm các bộ phận: Chế độ kế toán và kiểm tra kế toán, kế toán tổng hợp, kế toán chi tiết, kế toán cấp phát trực tiếp, thu chi tài chính và kế toán Quỹ HTĐTQG.
2- Phòng kế toán đặt dưới sự lãnh đạo trực tiếp của Cục trưởng Cục ĐTPT và Giám đốc Chi nhánh Quỹ HTĐTQG. Phòng kế toán tổ chức thực hiện toàn bộ công tác kế toán cấp phát, cho vay, thanh toán, điều chuyển vốn, lãi, phí, lập và thực hiện kế hoạch thu chi tài chính và kế toán Quỹ HTĐTQG. Trực tiếp quan hệ giao dịch về mở tài khoản thanh toán vốn ĐTPT, vốn Quỹ HTĐTQG với các Chủ đầu tư, Chủ dự án mở tài khoản tại Cục ĐTPT và Chi nhánh Quỹ HTĐTQG. Tổng hợp, lập, phân tích và gửi các báo cáo kế toán, báo cáo quyết toán cho cơ quan Tổng cục ĐTPT và Quỹ HTĐTQGTW.
Cơ cấu bộ máy kế toán ở phòng kế toán bao gồm các bộ phận: Kế toán tổng hợp, kế toán chi tiết, thu chi tài chính và kế toán Quỹ HTĐTQG.
3- Tổ kế toán đặt dưới sự chỉ đạo trực tiếp của Chi Cục trưởng. Tổ kế toán trực tiếp thực hiện công tác kế toán cấp phát, cho vay, thanh toán vốn ĐTPT, vốn Quỹ HTĐTQG (nếu có) trên địa bàn chi cục quản lý, trực tiếp quan hệ giao dịch với Chủ đầu tư, Chủ dự án mở tài khoản tại Chi cục; tổng hợp, lập, phân tích và gửi báo cáo kế toán, báo cáo quyết toán cho cơ quan cấp trên.
4- Các đơn vị kế toán trong hệ thống Tổng cục ĐTPT và Quỹ HTĐTQG phải bố trí người làm kế toán có trình độ chuyên môn và nghiệp vụ kế toán được đào tạo cơ bản và theo đúng chức danh, tiêu chuẩn quy định cho cán bộ kế toán. Cán bộ kế toán phải được đảm bảo quyền độc lập về nghiệp vụ chuyên môn trong việc thực hiện nhiệm vụ của mình.
Mỗi khi thay đổi cán bộ kế toán trong bộ máy kế toán phải thực hiện bàn giao giữa cán bộ kế toán cũ với cán bộ kế toán mới. Cán bộ kế toán mới chịu trách nhiệm về công việc của mình kể từ ngày nhận bàn giao. Cán bộ kế toán cũ phải chịu trách nhiệm về công việc của mình trong thời gian phụ trách.
5- Tại Vụ Kế toán, các phòng kế toán trong hệ thống Tổng cục ĐTPT và Quỹ HTĐTQG sử dụng con dấu riêng đóng trên chứng từ văn bản giao dịch hoạt động nghiệp vụ thanh toán và kế toán vốn ĐTPT và Quỹ HTĐTQG.