Điều 11. Thủ tục công nhận, gia hạn, tạm đình chỉ, đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên
Sửa đổi bởi 167/2025/NĐ-CP · hiệu lực 15/08/20251. Hồ sơ đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên gồm:
a) Văn bản đề nghị theo mẫu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành: 01 bản chính;
b) Báo cáo tình hình, thống kê số liệu xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp trong 02 năm gần nhất: 01 bản chính;
c) Báo cáo chấp hành pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế, pháp luật về kế toán trong 02 năm gần nhất: 01 bản chính;
d) Báo cáo kiểm toán trong 02 năm gần nhất (nếu có); 01 bản chụp;
e) Bản kết luận thanh tra, kiểm tra trong 02 năm gần nhất (nếu có): 01 bản chụp;
g) Bản mô tả hệ thống kiểm soát nội bộ của doanh nghiệp (kèm tài liệu thuyết minh): 01 bản chụp, trong đó bao gồm:
g.1) Bản mô tả quy trình, biện pháp hoặc phần mềm hoặc hệ thống về: Lưu trữ hồ sơ, chứng từ, tài liệu, dữ liệu liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; giám sát nội bộ doanh nghiệp; quản lý, phòng ngừa các bất thường xảy ra liên quan đến an ninh hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; khắc phục các sai sót, vi phạm của doanh nghiệp sau khi được các cơ quan nhà nước khuyến nghị hoặc kết luận; kiểm soát khả năng tài chính để có thể hoàn thành các nghĩa vụ về thuế đối với các cơ quan quản lý nhà nước trong trường hợp được ưu tiên về thời hạn nộp thuế;
g.2) Bản mô tả quy trình, biện pháp hoặc phần mềm hoặc hệ thống đảm bảo về: An ninh hàng hóa; an ninh vận tải; an ninh tại khu vực làm việc của doanh nghiệp; kiểm soát an ninh hệ thống công nghệ thông tin; an ninh nhân sự; an ninh đối tác thương mại.
Trường hợp hồ sơ của doanh nghiệp chưa đáp ứng yêu cầu hoặc chưa đầy đủ theo quy định, trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ, Cục Hải quan thông báo cho doanh nghiệp để hoàn thiện hồ sơ và nộp lại trong vòng 30 ngày kể từ ngày nhận được thông báo. Quá thời hạn, doanh nghiệp không nộp hồ sơ thì xác định hồ sơ không đạt yêu cầu.
Doanh nghiệp có thể đề nghị tham vấn cơ quan hải quan về các quy định liên quan đến chế độ ưu tiên trước khi nộp hồ sơ.
2. Hồ sơ đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên đối với doanh nghiệp quy định tại khoản 2 Điều 42 Luật Hải quan được sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 3 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Đấu thầu; Luật Đầu tư theo phương thức đối tác công tư; Luật Hải quan; Luật Thuế giá trị gia tăng; Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; Luật Đầu tư; Luật Đầu tư công; Luật Quản lý, sử dụng tài sản công gồm:
a) Văn bản đề nghị theo mẫu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành: 01 bản chính;
b) Báo cáo tài chính đã được kiểm toán trong 02 năm gần nhất (nếu có): 01 bản chụp;
c) Báo cáo kiểm toán trong 02 năm gần nhất (nếu có): 01 bản chụp;
d) Bản kết luận thanh tra, kiểm tra trong 02 năm gần nhất (nếu có): 01 bản chụp;
đ) Bản mô tả hệ thống kiểm soát nội bộ của doanh nghiệp kèm tài liệu thuyết minh: 01 bản chụp, trong đó bao gồm:
đ.1) Bản mô tả quy trình, biện pháp hoặc phần mềm hoặc hệ thống về: Lưu trữ hồ sơ, chứng từ, tài liệu, dữ liệu liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; giám sát nội bộ doanh nghiệp; quản lý, phòng ngừa các bất thường xảy ra liên quan đến an ninh hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; khắc phục các sai sót, vi phạm của doanh nghiệp sau khi được các cơ quan nhà nước khuyến nghị hoặc kết luận; kiểm soát khả năng tài chính để có thể hoàn thành các nghĩa vụ về thuế đối với các cơ quan quản lý nhà nước trong trường hợp được ưu tiên về thời hạn nộp thuế;
đ.2) Bản mô tả quy trình, biện pháp hoặc phần mềm hoặc hệ thống đảm bảo về: An ninh hàng hóa; an ninh vận tải; an ninh tại khu vực làm việc của doanh nghiệp; kiểm soát an ninh hệ thống công nghệ thông tin; an ninh nhân sự; an ninh đối tác thương mại.
e) Công bố của Bộ Khoa học và Công nghệ về doanh nghiệp quy định tại khoản 2 Điều 42 Luật Hải quan được sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 3 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Đấu thầu; Luật Đầu tư theo phương thức đối tác công tư; Luật Hải quan; Luật Thuế giá trị gia tăng; Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; Luật Đầu tư; Luật Đầu tư công; Luật Quản lý, sử dụng tài sản công: 01 bản chụp;
3. Cơ quan tiếp nhận hồ sơ đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên: Cục Hải quan.
4. Công nhận doanh nghiệp được áp dụng chế độ ưu tiên:
a) Thẩm định:
Cục Hải quan tiến hành thẩm định, xem xét về việc áp dụng chế độ ưu tiên đối với doanh nghiệp kể từ ngày nhận đủ hồ sơ theo quy định tại khoản 1 Điều này, cụ thể:
a.1) Thẩm định hồ sơ: Căn cứ hồ sơ của doanh nghiệp, cơ quan hải quan đánh giá, đối chiếu thông tin doanh nghiệp cung cấp, thông tin thu thập về doanh nghiệp với điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên quy định tại Điều 10 Nghị định này. Thời gian thẩm định không quá 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ.
Trường hợp doanh nghiệp không đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định, trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày kết thúc việc thẩm định hồ sơ, Cục Hải quan ban hành văn bản trả lời doanh nghiệp, nêu rõ lý do không đáp ứng điều kiện.
Trường hợp doanh nghiệp đáp ứng điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên theo kết quả thẩm định hồ sơ, Cục Hải quan tổ chức thẩm định thực tế;
a.2) Thẩm định thực tế:
Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người khai hải quan theo khoản 3 Điều 78 Luật Hải quan. Thời gian thực hiện kiểm tra sau thông quan theo quy định tại Điều 80 Luật Hải quan.
Trường hợp doanh nghiệp đã được kiểm tra sau thông quan theo khoản 3 Điều 78 Luật Hải quan trong thời gian 02 năm (24 tháng) liên tục tính đến thời điểm doanh nghiệp có văn bản đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên, cơ quan hải quan căn cứ kết quả kiểm tra sau thông quan này và thực hiện thẩm định thực tế tại doanh nghiệp để đánh giá thông tin khai báo hồ sơ của doanh nghiệp với thực tế hoạt động của doanh nghiệp, đánh giá việc đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên. Thời gian thẩm định thực tế không quá 10 ngày kể từ ngày làm việc đầu tiên tại trụ sở người khai hải quan.
Đối với doanh nghiệp quy định tại khoản 2 Điều 42 Luật Hải quan được sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 3 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Đấu thầu; Luật Đầu tư theo phương thức đối tác công tư; Luật Hải quan; Luật Thuế giá trị gia tăng; Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; Luật Đầu tư; Luật Đầu tư công; Luật Quản lý, sử dụng tài sản công có thời gian kể từ ngày cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu đến ngày doanh nghiệp có văn bản đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên dưới 02 năm thì cơ quan hải quan không thực hiện kiểm tra sau thông quan theo khoản 3 Điều 78 Luật Hải quan để đánh giá công nhận. Cơ quan hải quan thực hiện thẩm định thực tế tại doanh nghiệp. Thời gian thẩm định thực tế không quá 10 ngày kể từ ngày làm việc đầu tiên tại trụ sở người khai hải quan.
b) Xử lý kết quả thẩm định
Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày kết thúc việc thẩm định thực tế hoặc kết thúc việc xử lý kết quả kiểm tra sau thông quan:
Trường hợp doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định, Cục trưởng Cục Hải quan ban hành quyết định áp dụng chế độ ưu tiên theo mẫu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành. Quyết định này có hiệu lực trong thời hạn 03 năm kể từ ngày ban hành quyết định.
Trường hợp doanh nghiệp không đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định, Cục Hải quan ban hành văn bản trả lời doanh nghiệp, nêu rõ lý do không đáp ứng điều kiện.
Trường hợp phức tạp, cần lấy ý kiến cơ quan chuyên môn thì thời hạn này có thể kéo dài nhưng không quá 30 ngày.
5. Gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên:
a) Doanh nghiệp được gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên khi duy trì đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên quy định tại Điều 10 Nghị định này.
Trong thời gian 03 tháng tính đến thời hạn gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên, Cục Hải quan căn cứ các thông tin thu thập, kết quả quản lý để tổ chức thực hiện đánh giá để gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên đối với doanh nghiệp;
b) Đánh giá để gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên:
b.1) Cục Hải quan tổ chức tự đánh giá việc duy trì đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên của doanh nghiệp theo quy định tại Điều 10 Nghị định này;
b.2) Trường hợp không đủ thông tin để tự đánh giá việc duy trì đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên của doanh nghiệp thì Cục Hải quan tiến hành thẩm định thực tế hoặc kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người khai hải quan theo khoản 3 Điều 78 Luật Hải quan.
Trường hợp thẩm định thực tế tại trụ sở người khai hải quan không thực hiện được vì lý do bất khả kháng theo quy định của pháp luật thì cơ quan hải quan thực hiện đánh giá việc duy trì, đáp ứng các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên bằng hình thức trực tuyến trên cơ sở thông tin, dữ liệu, tài liệu mà doanh nghiệp cung cấp, chia sẻ.
Thời gian thẩm định thực tế không quá 10 ngày kể từ ngày làm việc đầu tiên. Thời gian thực hiện kiểm tra sau thông quan theo quy định tại Điều 80 Luật Hải quan.
c) Cục trưởng Cục Hải quan ban hành quyết định gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên trong thời gian 03 năm theo mẫu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành nếu doanh nghiệp vẫn duy trì đáp ứng các điều kiện theo quy định.
6. Tạm đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên: Trường hợp doanh nghiệp chưa thực hiện trách nhiệm theo quy định tại Điều 45 Luật Hải quan khi đã được cơ quan hải quan thông báo thì Cục trưởng Cục Hải quan ra quyết định tạm đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên (theo mẫu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành) trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày ban hành quyết định. Trường hợp doanh nghiệp đã thực hiện quy định tại Điều 45 Luật Hải quan trong thời hạn quy định thì thông báo tới Cục Hải quan để xem xét ban hành Quyết định hủy Quyết định tạm đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên theo mẫu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành.
7. Đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên
Cục trưởng Cục Hải quan ban hành Quyết định đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên theo mẫu do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành trong các trường hợp sau:
a) Doanh nghiệp không duy trì việc đáp ứng một trong các điều kiện để áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định tại Điều 10 Nghị định này;
b) Hết thời hạn tạm đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên mà doanh nghiệp không thực hiện các quy định tại Điều 45 Luật Hải quan;
c) Doanh nghiệp đề nghị đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên: Doanh nghiệp gửi văn bản tới Cục Hải quan nêu lý do đề nghị đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên. Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày nhận được văn bản, Cục trưởng Cục Hải quan ban hành quyết định đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên đối với doanh nghiệp.
8. Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chi tiết các mẫu, biểu hồ sơ liên quan đến việc thực hiện chế độ ưu tiên.