Điều 5. Hiệu lực thi hành
1.Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2013.
Bãi bỏ quy định về việc in, phát hành và sử dụng các loại chứng từ thu tiền phí, lệ phí tại các văn bản quy phạm pháp luật trái với quy định tại Thông tư này.
2.Việc in, phát hành, quản lý, sử dụng Biên lai thu tiền phí, lệ phí hải quan thực hiện quy định tại Thông tư số 178/2011/TT-BTC ngày 08/12/2011 hướng dẫn về việc tạo, phát hành, sử dụng và quản lý biên lai thu thuế, lệ phí hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của các doanh nghiệp kinh doanh dịch vụ chuyển phát nhanh đường hàng không quốc tế.
3.Việc sử dụng "Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước" thực hiện theo quy định tại Thông tư số 128/2008/TT-BTC ngày 24/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thu và quản lý các khoản thu ngân sách nhà nước qua Kho bạc Nhà nước và Thông tư số 85/2011/TT-BTC ngày 17/06/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn quy trình tổ chức phối hợp thu ngân sách nhà nước giữa Kho bạc Nhà nước – Tổng cục Thuế - Tổng cục Hải quan và các Ngân hàng thương mại và các văn bản sửa đổi, bổ sung.
4.Việc in, phát hành, quản lý, sử dụng chứng từ thu phí đường bộ quy định tại Thông tư số 90/2004/TT-BTC ngày 07/9/2004 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí sử dụng đường bộ áp dụng đối với đường bộ đầu tư để kinh doanh theo hình thức BT, BOT được tiếp tục thực hiện cho đến khi có văn bản thay thế.
5.Các tổ chức, cá nhân khi thu các khoản phí, lệ phí không thuộc Ngân sách nhà nước phải sử dụng hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ theo quy định tại Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 của Chính phủ, và các văn bản sửa đổi, bổ sung, hướng dẫn thi hành.