Điều 9. Hàng năm, Quỹ có trách nhiệm cân đối nguồn vốn và nhu cầu vốn tín dụng đầu tư phát triển của Nhà nước; việc huy động các nguồn vốn với lãi suất cao để cho vay đầu tư phải đảm bảo nguyên tắc chỉ huy động khi đã sử dụng tối đa các nguồn vốn không phải trả lãi hoặc huy động với lãi suất thấp.
Khi thực hiện nhiệm vụ tín dụng đầu tư của Nhà nước giao, Quỹ được Nhà nước cấp bù chênh lệch lãi suất. Mức cấp bù được xác định trên cơ sở chênh lệch giữa lãi suất hoà đồng các nguồn vốn với lãi suất cho vay theo quy định và phần phí quản lý được hưởng.
Phí quản lý trong 5 năm đầu khi Quỹ mới thành lập được xác định bằng 0,2%/tháng trên số dư nợ cho vay bình quân bằng nguồn vốn tín dụng trong nước và 0,3%/năm trên số dư nợ cho vay bình quân bằng nguồn vốn tín dụng ngoài nước.
Đối với các dự án được hỗ trợ lãi suất sau đầu tư theo quy định của Chính phủ, Quỹ được ngân sách Nhà nước cấp tiền hỗ trợ lãi suất sau đầu tư. Mức hỗ trợ lãi suất sau đầu tư được thực hiện theo quy định tại Điều 28 của Nghị định 43/1999/NĐ-CP ngày 29 tháng 6 năm 1999 về tín dụng đầu tư phát triển của Nhà nước.
Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể chế độ tài chính đối với việc cấp bù chênh lệch lãi suất và hỗ trợ lãi suất sau đầu tư.