Điều 21. Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh chịu sự quản lý Nhà nước trong phạm vi chức năng của các Bộ, các cơ quan thuộc Chính phủ. Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh được trực tiếp quan hệ với các Bộ, các cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Uỷ ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương để giải quyết những vấn đề liên quan đến đơn vị mình.
Khi cần thiết, Giám đốc Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh được báo cáo trực tiếp lên Thủ tướng Chính phủ, đồng thời báo cáo Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo về những vấn đề liên quan đến hoạt động và phát triển của mình.