Điều 18. Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh là đơn vị dự toán cấp 1, được quản lý tài chính độc lập, có tài khoản riêng, kể cả tài khoản ngoại tệ. Hàng năm, Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh có trách nhiệm lập kế hoạch đào tạo và ngân sách, cùng với Bộ Giáo dục và Đào tạo bảo vệ và nhận kế hoạch, ngân sách trước Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính và các cơ quan khác có liên quan.
Giám đốc Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh chịu trách nhiệm phân bổ và sử dụng kinh phí cho các hoạt động của đơn vị theo đúng chức năng, mục tiêu và kế hoạch phát triển, theo đúng chế độ tài chính và Pháp lệnh thống kê kế toán của Nhà nước.