Điều 11. Chánh thanh tra Bộ có quyền:
1. Tạm đình chỉ việc thi hành quyết định kỷ luật, thuyên chuyển công tác của thủ trưởng cơ quan, đơn vị thuộc quyền quản lý trực tiếp của Bộ trưởng; của thủ trưởng đơn vị đang thanh tra đối với người đang cộng tác với tổ chức thanh tra hoặc đang là đối tượng thanh tra - nếu xét thấy việc thi hành quyết định gây trở ngại cho việc tiến hành thanh tra.
Đối với người không thuộc quyền quản lý của Bộ Giao thông vận tải thì kiến nghị cấp có thẩm quyền giải quyết.
2. Cảnh cáo, tạm đình chỉ công tác nhân viên Nhà nước của cơ quan, đơn vị thuộc quyền quản lý trực tiếp của Bộ trưởng, cố ý cản trở việc thanh tra hoặc không thực hiện các yêu cầu, kiến nghị, quyết định về thanh tra. Đối với thủ trưởng cơ quan, đơn vị thuộc quyền quản lý trực tiếp của Bộ trưởng thì kiến nghị Bộ trưởng quyết định. Đối với người không thuộc quyền quản lý của Bộ trưởng thì kiến nghị cấp có thẩm quyền quyết định.
3. Kháng nghị quyết định giải quyết khiếu nại của Chánh Thanh tra Cục.
4. Thực hiện các quyền khác khác quy định tại Điều 9, Điều 14 của Pháp lệnh Thanh tra liên quan đến đối tượng thanh tra và cơ quan, đơn vị, cá nhân hữu quan trong phạm vi quản lý Nhà nước của Bộ Giao thông vận tải và Điều 15 của Nghị định 38-HĐBT của Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) về việc thi hành Pháp lệnh khiếu nại, tố cáo.