Điều 51. Nguyên tắc kiểm tra giám sát hải quan
1. Thủ tục hải quan đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra doanh nghiệp chế xuất quy định tại Thông tư này được áp dụng cho doanh nghiệp chế xuất trong khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất ngoài khu chế xuất và được thực hiện tại Chi cục Hải quan quản lý doanh nghiệp chế xuất;
2. Hàng hóa luân chuyển trong nội bộ một doanh nghiệp chế xuất thì không phải làm thủ tục hải quan;
3. Văn phòng phẩm, hàng hoá từ thị trường nội địa phục vụ cho sinh hoạt hàng ngày của doanh nghiệp chế xuất thực hiện theo quy định tại Điều 21 Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất và khu kinh tế;
4. Hàng hóa đưa vào, đưa ra doanh nghiệp chế xuất phải phù hợp với phiếu nhập kho, phiếu xuất kho và phải được ghi chép, theo dõi theo từng tờ khai, chứng từ đưa vào, đưa ra khỏi doanh nghiệp chế xuất. Trường hợp có sự sai lệch về chủng loại, số lượng, đơn vị tính của hàng hóa giữa thực tế nhập kho, xuất kho với khai báo trên tờ khai, chứng từ thì doanh nghiệp phải kê khai và bổ sung như khai bổ sung hồ sơ hải quan theo quy định ngay sau khi nhập kho, xuất kho;
Việc kiểm tra giám sát hải quan đối với hàng hóa đưa vào, đưa ra doanh nghiệp chế xuất trên cơ sở tờ khai nhập khẩu, tờ khai xuất khẩu, chứng từ đưa hàng hóa vào, chứng từ đưa hàng hóa ra, chứng từ nhập kho, chứng từ xuất kho, định mức và hàng hóa thực tế trong kho;
5. Doanh nghiệp chế xuất được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp phép để thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu theo quy định thì doanh nghiệp chế xuất được thực hiện quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu theo quy định tại Nghị định 23/2007/NĐ-CP ngày 12/02/2007 của Chính phủ về hoạt động mua bán và các hoạt động liên quan đến hoạt động trực tiếp đến hoạt động mua bán hàng hóa của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, Thông tư 09/2007/TT-BTM ngày 17/07/2007 của Bộ Thương mại (nay là Bộ Công Thương), Thông tư số 05/2008/TT-BCT ngày 14/01/2008 của Bộ Công Thương hướng dẫn thực hiện Nghị định 23/2007/NĐ-CP và Quyết định số 10/2007/QĐ-BTM ngày 21/05/2007 của Bộ Thương mại (nay là Bộ Công Thương).
6. Doanh nghiệp chế xuất khai và tự chịu trách nhiệm về việc sử dụng hàng hóa nhập khẩu, đưa vào doanh nghiệp chế xuất thuộc đối tượng không chịu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu theo quy định tại Điều 2 Nghị định số 149/2005/NĐ-CP ngày 08/12/2005, không chịu thuế giá trị gia tăng theo Điều 3 Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 và không chịu thuế tiêu thụ đặc biệt theo quy định tại Điều 3 Nghị định số 26/2009/NĐ-CP ngày 16/3/2009 của Chính phủ.