Điều 5. Khấu trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng.
1. Trường hợp người thuê đất thực hiện ứng trước tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường giải phóng mặt bằng theo quy định tại Nghị định số 197/2004/NĐ-CP ngày 03/12/2004 của Chính phủ về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất, Nghị định số 84/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định bổ sung việc cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, thu hồi đất, thực hiện quyền sử dụng đất, trình tự, thủ tục bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất và giải quyết khiếu nại về đất đai (trước ngày Nghị định số 69/2009/NĐ-CP ngày 13/8/2009 của Chính phủ quy định bổ sung về quy hoạch sử dụng đất, giá đất, thu hồi đất, bồi thường, hỗ trợ và tái định cư có hiệu lực thi hành) thì được trừ tiền bồi thường đất, hỗ trợ đất theo phương án được cấp có thẩm quyền phê duyệt vào tiền thuê đất phải nộp, mức được trừ không vượt quá số tiền thuê đất phải nộp.
2. Trường hợp người thuê đất thực hiện ứng trước tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường giải phóng mặt bằng theo quy định tại Nghị định số 69/2009/NĐ-CP ngày 13/8/2009 của Chính phủ thì được ngân sách nhà nước hoàn trả bằng hình thức trừ toàn bộ số tiền đã ứng trước theo phương án được cấp có thẩm quyền phê duyệt vào tiền thuê đất phải nộp, mức được trừ không vượt quá số tiền thuê đất phải nộp.
3. Trường hợp người thuê đất đang được Nhà nước cho thuê đất thu tiền thuê đất hàng năm đã thực hiện khấu trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định tại Nghị định số 142/2005/NĐ-CP ngày 14/11/2005 của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước thì tiếp tục thực hiện phương thức khấu trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng theo quy định tại Nghị định số 142/2005/NĐ-CP ngày 14/11/2005 của Chính phủ (chi phí khấu trừ được phân bổ vào tiền thuê đất phải nộp theo từng năm).
4. Kể từ ngày 01/3/2011 (ngày Nghị định số 121/2010/NĐ-CP ngày 30/12/2010 của Chính phủ về sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 142/2005/NĐ-CP ngày 14/11/2005 của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước có hiệu lực thi hành), người được Nhà nước cho thuê đất thu tiền thuê đất hàng năm mà thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng thì việc khấu trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng được thực hiện theo quy định tại khoản 5 Điều 2 Nghị định số 121/2010/NĐ-CP và hướng dẫn tại Điều 3 Thông tư số 94/2011/TT-BTC ngày 29/6/2011 của Bộ Tài chính, cụ thể như sau:
Số tiền đã ứng trước (nếu có) về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cấp có thẩm quyền phê duyệt được trừ vào tiền thuê đất phải nộp được quy đổi ra thời gian tương ứng phải nộp tiền thuê đất theo giá thuê đất tại thời điểm xác định tiền thuê đất phải nộp kỳ đầu và được xác định là thời gian đã hoàn thành việc nộp tiền thuê đất hàng năm.