Điều 3. Bổ sung Mục IVa vào sau Mục III Phần B (hướng dẫn thực hiện khoản 5 Điều 2 Nghị định số 121/2010/NĐ-CP) như sau:
"Mục IVa. Khấu trừ tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng.
Trường hợp tổ chức, cá nhân trong nước; người Việt Nam định cư ở nước ngoài; tổ chức, cá nhân nước ngoài được Nhà nước cho thuê đất ứng trước tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường giải phóng mặt bằng theo phương án được cấp có thẩm quyền phê duyệt thì được ngân sách nhà nước hoàn trả bằng hình thức trừ toàn bộ số tiền đã ứng trước theo phương án được duyệtvào tiền thuê đất phải nộp.
Trường hợp số tiền ứng trước về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án đã phê duyệt vượt quá tiền thuê đất phải nộp thì chỉ được trừ bằng tiền thuê đất phải nộp; số còn lại được tính vào chi phí đầu tư của dự án. Số tiền đã trừ vào tiền thuê đất phải nộp không được hạch toán vào chi phí đầu tư của dự án.
Trường hợp thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm thì số tiền đã ứng trước (nếu có) về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cấp có thẩm quyền phê duyệt được trừ vào tiền thuê đất phải nộp, được quy đổi ra thời gian tương ứng phải nộp tiền thuê đất theo giá thuê đất tại thời điểm xác định tiền thuê đất phải nộp kỳ đầu và được xác định là thời gian đã hoàn thành việc nộp tiền thuê đất hàng năm."
(Ví dụ 4, Ví dụ 5 Phụ lục đính kèm Thông tư này).