Điều 5. Công ty chịu sự quản lý trực tiếp và toàn diện của Trường Đại học Thủy lợi.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, các Bộ, ngành có liên quan và Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quản lý Công ty với tư cách là cơ quan quản lý Nhà nước trên từng lĩnh vực; đồng thời quản lý Công ty với tư cách là cơ quan thực hiện quyền chủ sở hữu theo quy định tại Luật Doanh nghiệp nhà nước và các quy định khác của pháp luật.