Điều 27. Đối với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn:
1. Công ty chịu trách nhiệm thi hành các quy định về quản lý Nhà nước ngành kinh tế kỹ thuật của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Công ty đề nghị Trường Đại học Thủy lợi, để Nhà trường kiến nghị với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về những nội dung có liên quan.
2. Với nhiệm vụ được Nhà nước giao thực hiện một số chức năng chủ sở hữu, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chi phối Công ty về:
Thành lập, tách nhập, tổ chức lại và giải thể Công ty.
Phê chuẩn Điều lệ và các nội dung bổ sung, sửa đổi Điều lệ của Công ty.
Bổ nhiệm, miễn nhiệm, khen thưởng, kỷ luật giám đốc Công ty.
Tham gia xét duyệt việc giao vốn và các nguồn lực khác cho Công ty.
Xếp hạng doanh nghiệp, xét duyệt định mức đơn giá tiền lương cho Công ty theo quy định hiện hành.
Tạo điều kiện để Công ty được tham gia bình đẳng như các đơn vị kinh doanh khác trong Bộ.
Công ty có trách nhiệm báo cáo định kỳ theo quy định của Nhà nước và các báo cáo khác theo yêu cầu của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.