Điều 28. Đối với Bộ Tài chính:
1. Công ty chịu sự chi phối Nhà nước của Bộ Tài chính về việc tuân thủ các chế độ tài chính, kế toán, thuế, tổ chức bộ máy hạch toán kế toán.
2. Bộ Tài chính là cơ quan đuợc Nhà nước giao thực hiện một số chức năng chủ sở hữu, chi phối Công ty về:
Xác định vốn tài nguyên và các nguồn lực khác Nhà nước giao Công ty quản lý, sử dụng.
Kiểm tra việc sử dụng, bảo toàn, phát triển vốn và các nguồn lực khác được giao trong quá trình hoạt động, được thể hiện thông qua báo cáo tài chính hàng năm của Công ty.
Công ty có trách nhiệm thực hiện quy chế tài chính áp dụng cho doanh nghiệp nhà nước do Bộ Tài chính ban hành; báo cáo và chịu sự kiểm tra, thanh tra tài chính, và các vấn đề khác thuộc thẩm quyền của Bộ Tài chính.
Thông qua Trường Đại học Thủy lợi và Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Công ty được đề xuất với Bộ Tài chính các giải pháp, cơ chế chính sách tài chính, tín dụng và các vấn đề khác có liên quan.