Điều 21. - Đối với Viện Khoa học Thuỷ lợi :
1- Công ty chịu sự lãnh đạo trực tiếp toàn diện của Viện Khoa học Thuỷ lợi. Viện có trách nhiệm chỉ đạo Công ty hoạt động theo đúng chức năng nhiệm vụ và chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng về việc chấp hành pháp luật, chính sách của Nhà nước, hiệu quả kinh doanh của Công ty.
2- Công ty được đề xuất kiến nghị về chế độ, chính sách cơ chế hoạt động của Công ty với Viện và Bộ trong khuôn khổ pháp luật quy định.
3- Công ty có trách nhiệm, nghĩa vụ và quyền hạn của một đơn vị thành viên trong Viện; phải thực hiện các quy định của Viện trong khuôn khổ quy chế, điều lệ tổ chức và hoạt động của Viện được Bộ Nông nghiệp và PTNT phê chuẩn.
4- Công ty chịu sự kiểm tra, thanh tra của Viện về thực hiện kế hoạch sản xuất, chuyên môn, nghiệp vụ, quản lý tài chính, nghiên cứu khoa học, đào tạo.