Điều 8. Tổ chức bộ máy của Viện gồm:
I. Các phòng chức năng:
1. Phòng Kế hoạch tổng hợp,
2. Phòng Quản lý khoa học,
3. Phòng Tổ chức- Cán bộ,
4. Phòng Hành chính-Quản trị,
5. Phòng Vật tư-Thiết bị y tế,
6. Phòng Tài chính - Kế toán.
II. Các Khoa chuyên môn:
1. Khoa Dinh dưỡng cơ sở,
2. Khoa Dinh dưỡng cộng đồng,
3. Khoa Dinh dưỡng bệnh lý và tiết chế,
4. Khoa Dinh dưỡng ứng dụng,
5. Khoa Hóa - An toàn vệ sinh thực phẩm,
6.Trung tâm Giáo dục-Truyền thông.
III. Các đơn vị phục vụ nghiên cứu và đào tạo:
1. Thư viện,
2. Xưởng thực nghiệm,
3. Đơn vị Kiểm tra chất lượng an toàn vệ sinh thực phẩm,
Các đơn vị khác được thành lập khi có nhu cầu và theo Quyết định của Bộ trưởng Bộ Ytế.