Điều 5. Quyền hạn
1. Tổ chức cơ quan điều hành và các đơn vị nghiệp vụ hoạt động phù hợp với Điều lệ tổ chức và hoạt động của Quỹ và mục tiêu, nhiệm vụ được giao.
2. Phân bố kinh phí cho từng chương trình, dự án hoặc các hoạt động phi dự án theo kế hoạch hàng năm được phê duyệt.
3. Kiểm tra định kỳ và đột xuất các đơn vị sử dụng nguồn vốn của Quỹ trong việc triển khai các hoạt động, nhiệm vụ, dự án bảo vệ môi trường và biến đổi khí hậu. Quỹ có quyền rút vốn vay, đình chỉ tài trợ hoặc hỗ trợ lãi suất vay đối với các chủ đầu tư vi phạm cam kết với Quỹ hoặc vi phạm các quy định của Nhà nước; khởi kiện các chủ đầu tư vi phạm theo quy định của pháp luật.
4. Được mời các chuyên gia trong và ngoài tỉnh tham gia Hội đồng thẩm định các hoạt động, nhiệm vụ và dự án bảo vệ môi trường xin tài trợ hoặc xin hỗ trợ đầu tư và phục vụ cho các hoạt động khác của Quỹ.
5. Thực hiện và tiếp nhận các hoạt động hỗ trợ kỹ thuật của các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước để tăng cường năng lực cho Quỹ.
6. Sử dụng vốn nhàn rỗi của Quỹ để gửi tại các ngân hàng thương mại nhằm mục đích bảo toàn và phát triển vốn cho Quỹ nhưng phải bảo đảm an toàn và đúng quy định của pháp luật.
7. Được trực tiếp quan hệ với các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước để kêu gọi, thu hút và tiếp nhận tài trợ hoặc huy động vốn bổ sung cho Quỹ theo quy định của pháp luật.
8. Từ chối mọi yêu cầu của bất cứ tổ chức hoặc cá nhân nào về việc cung cấp thông tin và các nguồn lực khác của Quỹ nếu yêu cầu đó trái với quy định của pháp luật Việt Nam và Quy chế tổ chức hoạt động và quản lý sử dụng Quỹ Bảo vệ môi trường tỉnh Phú Yên. Trong trường hợp tổ chức và cá nhân nước ngoài căn cứ pháp luật quốc tế để yêu cầu thì chỉ được cung cấp thông tin khi có ý kiến chính thức của UBND tỉnh.