Điều 21
Các phòng chức năng thuộc Trung tâm có:
1- Phòng hành chính - tổ chức phụ trách các công việc hành chính, quản trị, tổ chức cán bộ, kế toán, thiết bị, vật tư.
2- Phòng tổng hợp phụ trách các công việc về tổng hợp, kế hoạch, pháp chế, nghiệp vụ đào tào, bồi dưỡng nghiệp vụ KCS, thông tin tư liệu và tuyên truyền.
3- Phòng quản lý kỹ thuật phụ trách việc chỉ đạo, thực hiện các nhiệm vụ ghi trong mục 3, Điều 4 của bản Điều lệ này, quản lý công tác đo lường trong ngành thuỷ sản xuất khẩu, tổ chức việc thanh tra tình hình hoạt động thuỷ sản và chất lượng ở các cơ sở thuộc đối tượng quản lý của Trung tâm. Tổ chức việc chế thử các sản phẩm mới phục vụ cho sản xuất kinh doanh xuất khẩu thuỷ sản toàn ngành.
4- Phòng kiểm nghiệm chuyên lo việc kiểm tra, kiểm nghiệm, đánh giá, lập các phiếu chứng nhận chất lượng hàng thuỷ sản xuất khẩu và các sản phẩm mới.
Mỗi phòng có một trưởng phòng phụ trách và có một phó trưởng phòng giúp việc. Chức năng, nhiệm vụ cụ thể, quan hệ, lề lối làm việc của các phòng do giám đốc Trung tâm quy định.