Điều 6. Thanh tra Bộ có nhiệm vụ, quyền hạn sau đây:
1. Xây dựng chương trình, kế hoạch công tác thanh tra hàng năm của Bộ. Hướng dẫn, đôn đốc, kiểm tra và tổ chức thực hiện kế hoạch thanh tra đối với các cơ quan, đơn vị trực thuộc Bộ. Sơ, tổng kết rút kinh nghiệm đẩy mạnh hoạt động Thanh tra trong ngành.
2. Hướng dẫn, đôn đốc Thủ trưởng các cơ quan đơn vị có chức năng quản lý Nhà nước thuộc Bộ thực hiện kiểm tra, thanh tra việc chấp hành các chính sách, pháp luật theo chức năng quản lý của mình. Hướng dẫn, kiểm tra Thủ trưởng các cơ quan đơn vị trực thuộc Bộ tự kiểm tra việc thực hiện các quy định của Nhà nước và của Bộ về công tác thanh tra và xét giải quyết các khiếu nại, tố cáo thuộc thẩm quyền.
3. Thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật của cơ quan Nhà nước, tổ chức kinh tế, xã hội và công dân theo thẩm quyền quản lý Nhà nước của Bộ; thanh tra việc thực hiện nhiệm vụ, kế hoạch được giao đối với các cơ quan, đơn vị cá nhân thuộc quyền quản lý trực tiếp của Bộ trưởng.
4. Giúp Bộ trưởng giải quyết khiếu nại, tố cáo những ván đề thuộc thẩm quyền giải quyết của Bộ trưởng. Giải quyết những khiếu nại, tố cáo mà Thủ trưởng cơ quan, đơn vị trực thuộc Bộ đã giải quyết nhưng đương sự còn khiếu nại hoặc phát hiện việc giải quyết có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc phát hiện có tình tiết mới.
5. Giúp Bộ trưởng chỉ đạo công tác, tổ chức và nghiệp vụ thanh tra đối với các cơ quan đơn vị trực thuộc Bộ; phối hợp với Thanh tra tỉnh, thành hướng dẫn nghiệp vụ thanh tra chuyên ngành cho Thanh tra các Sở Thuỷ lợi, hướng dẫn nghiệp vụ thanh tra cho Thanh tra nhân dân các đơn vị trực thuộc Bộ.
6. Thông qua công tác thanh tra, kiến nghị những vấn đề cần sửa đổi, bổ sung các chính sách, chế độ, đáp ứng yêu cầu tăng cường quản lý Nhà nước của Ngành.
7. Thực hiện các quyền hạn khác được quy định tại Pháp lệnh Thanh tra.
8. Thực hiện chế độ báo cáo định kỳ và đột xuất với Tổng Thanh tra Nhà nước và Bộ trưởng về công tác thanh tra, xét giải quyết khiếu nại, tố cáo.