Điều 5. Thanh tra Bộ làm việc theo chế độ thủ trưởng. Các Phó chánh thanh tra giúp Chánh thanh tra điều hành hoạt động của Thanh tra Bộ đối với lĩnh vực công tác được phân công. Khi Chánh thanh tra vắng mặt, một Phó chánh thanh tra được uỷ quyền điều hành công việc của Thanh tra Bộ.
Thanh tra viên và cán bộ làm công tác thanh tra thực hiện nhiệm vụ công tác do Chánh thanh tra Bộ giao.
Mọi kết luận, kiến nghị của Thanh tra viên khi tiến hành thanh tra độc lập đều phải thông qua Chánh Thanh tra Bộ và do Chánh thanh tra Bộ trình Bộ trưởng hoặc cơ quan cấp trên. Trường hợp có ý kiến không thống nhất, Thanh tra viên có quyền bảo lưu ý kiến của mình và được báo cáo ý kiến bảo lưu lên cấp trên.