Điều 18. Trách nhiệm quản lý nhà nước của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn:
Thống nhất quản lý Nhà nước về việc lập, thực hiện quy hoạch, kế hoạch và dự án đầu tư bổ sung, hoàn thiện, nâng cấp hệ thống công trình thuỷ lợi trong phạm vi cả nước;
Trình Chính phủ xét duyệt và chỉ đạo thực hiện quy hoạch, kế hoạch và dự án đầu tư bổ sung, hoàn thiện, nâng cấp những hệ thống công trình quan trọng liên quan đến nhiều ngành, nhiều địa phương; xét duyệt hoặc đồng ý bằng văn bản để Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương xét duyệt những hệ thống công trình đã được phân cấp theo quy định hiện hành về xây dựng cơ bản;
Ban hành, hướng dẫn thực hiện Điều lệ tổ chức, quy trình, quy phạm tiêu chuẩn, định mức kinh tế - kỹ thuật về khai thác và bảo vệ công trình thuỷ lợi;
Chỉ đạo phòng chống, khắc phục hậu quả úng, hạn, lụt, bão và các sự cố khẩn cấp của công trình thuỷ lợi trong phạm vi cả nước;
Kiểm tra, thanh tra việc thực hiện các chính sách, chế độ quy định về khai thác và bảo vệ công trình thuỷ lợi;
Thực hiện một số quyền chủ sở hữu Nhà nước đối với Công ty khai thác công trình thuỷ lợi thuộc Bộ quản lý theo Điều 27 Luật Doanh nghiệp Nhà nước.