Điều 43. Đối với Cục Hàng hải và Bộ Giao thông vận tải:
1. Với chức năng quản lý nhà nước về ngành hàng hải, Cục Hàng hải và Bộ Giao thông Vận tải chi phối Tổng công ty về:
a. Ban hành các tiêu chuẩn sản phẩm; tiêu chuẩn công nghệ, kể cả thiết bị lẻ, thiết bị đồng bộ nhập khẩu; các định mức cấp ngành và trực tiếp kiểm tra, giám sát Tổng công ty về việc thực hiện các tiêu chuẩn và định mức đó;
b. Xây dựng và ban hành quy hoạch, định hướng phát triển ngành hàng hải và trực tiếp kiểm tra Tổng công ty về việc thực hiện quy hoạch đó;
c. Ban hành tiêu chuẩn các chức danh cán bộ, công nhân viên, sỹ quan, thuyền viên và kiểm tra việc thực hiện của Tổng công ty;
d. Thông qua phương án phối hợp kinh doanh, khai thác và phát triển thị trường giữa Tổng công ty với các doanh nghiệp khác hoạt động trong ngành hàng hải;
đ. Thực hiện các chức năng khác về quản lý nhà nước theo quy định của Luật Hàng hải Việt Nam;
e. Tổng công ty chịu trách nhiệm thực hiện các quy định trên đây và được tham gia đàm phán các hiệp định của Chỉnh phủ về hàng hải, kiến nghị các chính sách, chế độ để phát triển ngành hàng hải Việt Nam.
2. Với nhiệm vụ được Nhà nước giao thực hiện một số chức năng của chủ sở hữu, Cục Hàng hải và Bộ Giao thông Vận tải chi phối Tổng công ty về:
a. Theo đề nghị của Hội đồng quản trị, trình Thủ tướng Chính phủ phương án tổ chức lại, giải thể Tổng công ty;
b. Trình Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm, khen thưởng, kỷ luật thành viên Hội đồng quản trị, Tổng Giám đốc Tổng công ty;
c. Bổ nhiệm, miễn nhiệm, khen thưởng, kỷ luật phó Tổng giám đốc, kế toán trưởng Tổng công ty theo đề nghị của Hội đồng quản trị; giới thiệu đại diện của Bộ tham gia Ban kiểm soát Tổng công ty;
d. Chỉ đạo Tổng công ty tham gia thực hiện việc bình ổn giá cả và bảo đảm cân đối một số hàng hoá thiết yếu theo quy định của Nhà nước; thoả mãn nhu cầu thị trường trong nước về vận tải biển;
đ. Tham gia giao vốn và các nguồn lực khác cho Tổng công ty, kiểm tra hoạt động của Tổng công ty; Tổng công ty có trách nhiệm báo cáo theo quy định của Nhà nước và các báo cáo khác theo yêu cầu của Cục Hàng hải và Bộ Giao thông Vận tải;
e. Tổng công ty còn bị chi phối, kiểm tra, giám sát của Cục Hàng hải Việt Nam, Bộ Giao thông Vận tải trong phạm vi các chức năng khác của các cơ quan này theo quy định của pháp luật.