Điều 21. Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 1999, bãi bỏ các Nghị định của Chính phủ và các văn bản khác quy định, hướng dẫn về thuế doanh thu kể từ ngày thi hành Nghị định này.
Việc giải quyết những tồn tại về thuế, quyết toán thuế, miễn giảm thuế và xử lý các vi phạm về thuế doanh thu trước ngày 01 tháng 01 năm 1999 vẫn thực hiện theo những quy định tương ứng của Luật thuế doanh thu, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế doanh thu và các quy định về thuế doanh thu trong các văn bản quy phạm pháp luật khác.
Những trường hợp được miễn, giảm thuế doanh thu theo các điều ước quốc tế mà Việt Nam ký kết tham gia hoặc các cam kết của Chính phủ thì được thực hiện miễn, giảm thuế giá trị gia tăng tương ứng theo các điều ước quốc tế hoặc cam kết đó.