Điều 28. Các Bộ, ngành theo chức năng, nhiệm vụ của mình thực hiện quản lý nhà nước về khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi như sau:
1. Bộ Công nghiệp chủ trì, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn xây dựng hoặc tổ chức việc xây dựng quy trình vận hành công trình thủy điện, bảo đảm khai thác tổng hợp có hiệu quả và an toàn công trình thủy lợi;
2. Bộ Giao thông vận tải chủ trì, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn xây dựng, tổ chức thực hiện quy hoạch mạng lưới giao thông thủy trong hệ thống công trình thủy lợi hoặc lợi dụng tổng hợp công trình thủy lợi đã có vào mục đích giao thông, bảo đảm phù hợp với quy hoạch hệ thống công trình thủy lợi, an toàn cho công trình và không gây cản trở dòng chảy;
3. Bộ Xây dựng chủ trì, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn xây dựng, tổ chức thực hiện quy hoạch hệ thống cấp thoát nước cho đô thị, khu dân cư, khu công nghiệp nằm trong hệ thống công trình thủy lợi, bảo đảm phù hợp với quy hoạch, quy trình vận hành hệ thống công trình thủy lợi và không gây ô nhiễm môi trường nước;
4. Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn hướng dẫn việc lập phương án sử dụng tài nguyên đất; phương án khai thác, sử dụng và bảo vệ tài nguyên nước;
5. Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, các Bộ, ngành có liên quan và ủy ban nhân dân cấp tỉnh tổng hợp kế hoạch đầu tư cho các dự án về khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định;
6. Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và các Bộ, ngành liên quan:
a) Hướng dẫn thực hiện các quy định về đặt hàng, giao kế hoạch thực hiện nhiệm vụ tưới, tiêu nước phục vụ sản xuất nông nghiệp của các đơn vị quản lý, khai thác công trình thuỷ lợi và quy chế quản lý tài chính đối với công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên sở hữu nhà nước làm nhiệm vụ quản lý, khai thác công trình thuỷ lợi.
b) Ban hành văn bản hướng dẫn lập dự toán, cấp phát, quản lý, thanh, quyết toán kinh phí khi thực hiện chính sách miễn thu thuỷ lợi phí.
c) Tổng hợp dự toán chi ngân sách do miễn thu thuỷ lợi phí của các công ty quản lý, khai thác công trình thuỷ lợi trung ương và các đơn vị quản lý khai thác công trình thuỷ lợi của các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương báo cáo Chính phủ trình Quốc hội phê chuẩn theo quy dịnh của Luật Ngân sách nhà nước.
d) Thực hiện kiểm tra, giám sát miễn thu thuỷ lợi phí và việc sử dụng ngân sách cấp cho các công ty quản lý khai thác công trình thuỷ lợi và các tổ chức hợp tác dùng nước.
7. Bộ Công an, Bộ Quốc phòng và lực lượng vũ trang nhân dân phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chỉ đạo việc ngăn chặn các hành vi phá hoại, bảo đảm an toàn cho công trình thủy lợi và khắc phục hậu quả khi công trình thủy lợi xảy ra sự cố.