Điều 27. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chịu trách nhiệm trước Chính phủ thực hiện chức năng quản lý nhà nước về khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi, bao gồm:
1. Chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành có liên quan, ủy ban nhân dân cấp tỉnh xây dựng và chỉ đạo thực hiện chiến lược, quy hoạch, kế hoạch, chính sách về khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi;
2. Thống nhất quản lý nhà nước về việc lập, thực hiện các dự án đầu tư bổ sung, hoàn thiện, nâng cấp hệ thống công trình thủy lợi trong phạm vi cả nước;
3. Trình Chính phủ xét duyệt và chỉ đạo thực hiện quy hoạch, kế hoạch và dự án đầu tư bổ sung, hoàn thiện, nâng cấp những hệ thống công trình quan trọng liên quan đến nhiều ngành, nhiều địa phương; xét duyệt hoặc đồng ý bằng văn bản để ủy ban nhân dân cấp tỉnh xét duyệt dự án đầu tư bổ sung, hoàn thiện, nâng cấp những hệ thống công trình đã được phân cấp theo quy định hiện hành về xây dựng cơ bản;
4. Xây dựng trình Chính phủ ban hành hoặc ban hành theo thẩm quyền các văn bản quy phạm pháp luật về phân cấp quản lý các công trình thuỷ lợi, các quy trình, quy phạm, tiêu chuẩn, định mức về quản lý khai thác, duy tu sửa chữa thường xuyên công trình thuỷ lợi và chỉ đạo biện pháp tưới tiết kiệm nước và xây dựng chính sách khuyến khích tưới tiết kiệm nước.
Ban hành các tiêu chí để xác định biện pháp tưới tiêu phù hợp với điều kiện hiện nay và các quy định của Nghị định này.
Tổ chức, sắp xếp lại các công ty quản lý khai thác công trình thuỷ lợi trực thuộc để sử dụng hiệu quả các công trình thuỷ lợi theo chính sách thu thuỷ lợi phí quy định tại Nghị định này.
Giám sát việc quản lý, vận hành hệ thống các công trình thuỷ lợi.
5. Phê duyệt phương án bảo vệ công trình thủy lợi thuộc phạm vi Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý; quyết định theo thẩm quyền hoặc trình Thủ tướng Chính phủ quyết định biện pháp xử lý trong trường hợp công trình thủy lợi có nguy cơ xảy ra sự cố; chỉ đạo việc điều hoà, phân phối nguồn nước của công trình thủy lợi trong trường hợp xảy ra hạn hán, trong đó ưu tiên nước cho sinh hoạt; tổng hợp kế hoạch phòng, chống úng, hạn trong cả nước;
6. Cấp, thu hồi giấy phép hoặc uỷ quyền cho ủy ban nhân dân cấp tỉnh cấp, thu hồi Giấy phép xả nước thải vào công trình thủy lợi và các hoạt động phải có phép trong phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi;
7. Tổ chức công tác thanh tra chuyên ngành về khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi; giải quyết các tranh chấp, khiếu nại, tố cáo trong lĩnh vực pháp luật về khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi;
8. Tổng hợp và đề xuất trình Chính phủ xử lý các vấn đề trong quan hệ quốc tế về lĩnh vực khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi;
9. Đề xuất, trình Chính phủ về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và hệ thống tổ chức cơ quan quản lý nhà nước về khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi; tổ chức việc nghiên cứu khoa học, áp dụng tiến bộ khoa học công nghệ vào việc khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi; đào tạo cán bộ và tuyên truyền, phổ biến pháp luật về khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi;
10. Thực hiện quyền đại diện chủ sở hữu phần vốn của Nhà nước tại doanh nghiệp nhà nước khai thác công trình thủy lợi thuộc Bộ quản lý theo quy định của pháp luật.