Điều 5. Kiểm tra và xử lý vi phạm:
1. Đối với doanh nghiệp được hoàn thuế trước kiểm tra sau, cơ quan thuế phải có trách nhiệm tổ chức kiểm tra sau hoàn thuế theo quy định của pháp luật quản lý thuế. Căn cứ kết quả kiểm tra nếu phát hiện gian lận, trốn thuế (bao gồm cả việc không thực hiện thanh toán qua ngân hàng và không cung cấp được chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo đúng thời hạn) thì cơ quan thuế thu hồi lại số tiền thuế GTGT đã tạm hoàn vi phạm, đồng thời xử lý vi phạm pháp luật về thuế theo hướng dẫn tại Thông tư số 61/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện xử lý vi phạm pháp luật về thuế.
2. Trường hợp chưa đến thời hạn thanh toán mà hai bên mua bán có thoả thuận điều chỉnh thời hạn thanh toán có liên quan, đồng thời người nộp thuế đã được cơ quan thuế giải quyết tạm hoàn thuế GTGT đầu vào của hàng hoá thực tế xuất khẩu, thì người nộp thuế phải cung cấp ngay văn bản thoả thuận điều chỉnh thời hạn thanh toán có liên quan cho cơ quan thuế trong thời hạn 03 (ba) ngày, kể từ ngày ký, làm căn cứ xác định thời hạn phải xuất trình chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo quy định.
3. Trường hợp đến thời hạn thanh toán theo hợp đồng xuất khẩu, nếu người nộp thuế chưa xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo hợp đồng xuất khẩu thì ngoài việc bị thu hồi số tiền thuế đã tạm hoàn tương ứng, người nộp thuế còn bị xử phạt về hành vi khai sai dẫn tới tăng số tiền thuế được hoàn theo hướng dẫn tại Mục III Phần B Thông tư số 61/2007/TT-BTC nêu trên.
Trường hợp người nộp thuế không được khách hàng phía nước ngoài thanh toán do khách hàng bị phá sản hoặc không có khả năng thanh toán thì bị thu hồi số thuế GTGT đã tạm hoàn tương ứng, nhưng không bị xử phạt vi phạm nếu xuất trình được văn bản của toà án phía nước ngoài xác định khách hàng nước ngoài bị phá sản hoặc văn bản liên quan xác định nguyên nhân phía nước ngoài không có khả năng thanh toán. Thời hạn phải xuất trình văn bản nêu trên chậm nhất không quá 60 (sáu mươi) ngày kể từ ngày đến hạn phải thanh toán theo hợp đồng; quá thời hạn 60 ngày người nộp thuế không xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng hoặc các văn bản nêu trên thì cơ quan thuế thu hồi số tiền đã tạm hoàn thuế GTGT của hàng hoá xuất khẩu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng tương ứng và xử phạt về hành vi khai sai theo hướng dẫn tại Thông tư số 61/2007/TT-BTC nêu trên.
4. Trường hợp hợp đồng xuất khẩu không ghi rõ thời hạn thanh toán thì sau 30 (ba mươi) ngày, kể từ ngày được tạm hoàn 90% số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá thực xuất khẩu trong thời gian chưa được phía nước ngoài thanh toán qua ngân hàng theo hợp đồng xuât khẩu, nếu người nộp thuế chưa xuất trình chứng từ thanh toán qua ngân hàng, cơ quan thuế thực hiện thông báo yêu cầu doanh nghiệp báo cáo giải trình (theo mẫu số 01/KTTT ban hành kèm theo Thông tư số 60/2007/TT-BTC nêu trên); nếu người nộp thuế không có giải trình phù hợp thì cơ quan thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế, làm rõ lý do chậm xuất trình chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Trường hợp xác định doanh nghiệp có sai phạm không đáp ứng điều kiện hoàn thuế đối với hàng hoá xuất khẩu thì thu hồi tiền thuế GTGT đã tạm hoàn và xử phạt vi phạm về thuế theo pháp luật.
5. Trường hợp đến thời hạn phải xuất trình chứng từ thanh toán qua ngân hàng mà người nộp thuế chưa xuất trình được thì cơ quan thuế thực hiện thu hồi số tiền thuế đã hoàn đối với hàng hoá xuất khẩu chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng và xử phạt vi phạm pháp luật về thuế. Nếu sau đó người nộp thuế được phía nước ngoài thanh toán, xuất trình chứng từ thanh toán thì được kê khai khấu trừ, hoàn thuế theo quy định.
6. Trong các trường hợp cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế GTGT trước kiểm tra sau việc xem xét giải quyết hoàn thuế xác định theo hồ sơ. Người nộp thuế phải chịu trách nhiệm về tính trung thực và đúng đắn của hồ sơ. Nếu người nộp thuế lập hồ sơ không đúng dẫn tới cơ quan thuế hoàn thuế sai thì người nộp thuế phải chịu trách nhiệm hoàn trả số tiền được hoàn thuế sai, nếu là hành vi vi phạm nghiêm trọng sẽ bị xử lý theo pháp luật.