Điều 4. Thủ tục và thời gian giải quyết hoàn thuế
1. Cơ quan thuế có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra, xem xét hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế và giải quyết hoàn thuế theo quy định.
Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn thuế trong đó vừa có số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá xuất khẩu chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, vừa có số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá bán trong nước thì cơ quan thuế kiểm tra xác định nếu hàng hoá dịch vụ bán trong nước có thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thuộc trường hợp được hoàn thuế thì xem xét giải quyết theo quy định, riêng đối với hàng hoá xuất khẩu chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thực hiện tách số liệu liên quan đến thuế GTGT đầu vào của hàng hoá xuất khẩu chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng để giải quyết tạm hoàn thuế tương ứng 90% thuế GTGT đầu vào của hàng hoá xuất khẩu. Trường hợp người nộp thuế không kê khai tách tiêng thuế GTGT đầu vào của hàng hoá xuất khẩu thì thuế GTGT đầu vào của hàng hoá xuất khẩu được xác định tương ứng theo tỷ lệ % doanh thu hàng hoá xuất khẩu với tổng doanh thu hàng hoá bán ra trong kỳ kê khai hoàn thuế.
Trường hợp hồ sơ đề nghị tạm hoàn thuế GTGT thuộc đối tượng được tạm hoàn trước kiểm tra sau thì cơ quan thuế kiểm tra tính đầy đủ, đúng thủ tục, hợp pháp của hồ sơ đề nghị hoàn làm căn cứ ra lệnh hoàn trả (theo mẫu số C1-04/NS hoặc mẫu số C1-05/NS ban hành kèm theo Thông tư số 128/2008/TT-BTC ngày 24/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thu và quản lý các khoản thu NSNN qua Kho bạc Nhà nước) cho người nộp thuế; trong lệnh hoàn trả, chỉ tiêu [Lý do hoàn trả] ghi rõ tạm hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá xuất khẩu theo hồ sơ đề nghị của người nộp thuế.
2. Cơ quan thuế thực hiện hoàn tiếp 10% số thuế GTGT chưa được hoàn của hồ sơ hoàn thuế khi người nộp thuế có đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo hướng dẫn tại Khoản 2 Điều 3 Thông tư này.
3. Thời gian giải quyết hoàn thuế:
- Đối với hồ sơ đề nghị tạm hoàn thuế GTGT của hàng hóa xuất khẩu, chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng (90%) đảm bảo tính đầy đủ, đúng thủ tục, hợp pháp thì thời hạn giải quyết tạm hoàn thuế tối đa không quá 07 (bảy) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế.
- Đối với hồ sơ đề nghị hoàn tiếp số thuế GTGT còn lại của hàng hóa xuất khẩu, chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng (10%) thì thời hạn giải quyết hoàn thuế tối đa không quá 04 (bốn) ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế. Trường hợp người nộp thuế do Chi cục Thuế quản lý thì cơ quan thuế hướng dẫn người nộp thuế gửi hồ sơ đề nghị hoàn tiếp 10% về Cục Thuế để giải quyết (không gửi đến Chi cục Thuế). Nếu hồ sơ đầy đủ chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo quy định thì Cục Thuế giải quyết hoàn ngay 10% số thuế còn lại cho người nộp thuế trong thời hạn nêu trên; trường hợp cần thiết phải xác minh chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì Cục Thuế thông báo cho Chi cục Thuế để xác minh.
- Đối với các trường hợp được tạm hoàn thuế khác theo kết quả kiểm tra hồ sơ hoàn thuế:
+ Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau thì thời hạn giải quyết tạm hoàn thuế tối đa không quá 08 (tám) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế.
+ Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau: Trong vòng 05 (năm) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, cơ quan thuế phải thực hiện tổ chức kiểm tra số thuế đề nghị hoàn. Thủ tục và thời gian kiểm tra hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế thực hiện theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản quy định, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế hiện hành. Tổng thời gian kiểm tra, xác minh và ra lệnh hoàn trả đối với từng trường hợp này không quá 30 (ba mươi) ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế.
Trong quá trình kiểm tra hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hoá xuất khẩu chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, nếu cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn thì ra lệnh hoàn trả ngay tương ứng với số thuế đã đủ điều kiện hoàn; đối với số thuế cần kiểm tra xác minh, giải trình, bổ sung hồ sơ thì phải có thông báo gửi người nộp thuế biết.