Điều 3. Thu, nộp, quản lý và sử dụng lệ phí
1. Cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy phép hoạt động khoáng sản, giấy phép thăm dò khoáng sản có trách nhiệm tổ chức thu lệ phí cấp giấy phép hoạt động khoáng sản và thu lệ phí độc quyền thăm dò khoáng sản.
2. Cơ quan thu lệ phí có trách nhiệm thực hiện đăng ký, kê khai, nộp lệ phí vào ngân sách nhà nước theo qui định tại Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002; Thông tư số 45/2006/TT-BTC ngày 25/5/2006 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về phí, lệ phí và Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện một số điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế.
3. Lệ phí cấp giấy phép hoạt động khoáng sản, lệ phí độc quyền thăm dò khoáng sản là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước. Cơ quan thu lệ phí thực hiện nộp toàn bộ số tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước theo Chương, loại, khoản, mục và tiểu mục tương ứng của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành. Trường hợp uỷ quyền thu thì tổ chức được uỷ quyền thu lệ phí được để lại 5% số lệ phí thu được để trang trải chi phí cho việc thu lệ phí và nộp 95% số lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước.