Điều 5. Kê khai thuế
1. Doanh nghiệp, tổ chức thuộc đối tượng được giảm thuế, miễn thuế theo quy định tại Điều 1, Điều 2 Thông tư này thực hiện kê khai số thuế được giảm, miễn theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Doanh nghiệp, tổ chức phải lập Phụ lục Miễn, giảm thuế TNDN (Mẫu số 01/MGT-TNDN ban hành kèm theo Thông tư này) và gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp, trong đó xác định rõ: Trường hợp doanh nghiệp, tổ chức thuộc đối tượng được giảm thuế, miễn thuế thu nhập doanh nghiệp và số thuế thu nhập doanh nghiệp được giảm thuế, miễn thuế. Đồng thời kê khai tổng hợp số thuế được giảm, miễn vào chỉ tiêu mã số [31] trên tờ khai 01A/TNDN hoặc chỉ tiêu mã số [30] trên tờ khai 01B/TNDN, chỉ tiêu mã số [C9] trên tờ khai 03/TNDN (ban hành kèm theo Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 của Bộ Tài chính).
2. Trường hợp doanh nghiệp, tổ chức đã thực hiện việc kê khai theo quy định nhưng chưa kê khai để được giảm thuế, miễn thuế theo quy định tại Điều 1, Điều 2 Thông tư này thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế.
Trường hợp doanh nghiệp, tổ chức có thực hiện kê khai bổ sung quý I/2012, quý II/2012 thì hồ sơ khai bổ sung miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp gồm: Tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính quý I/2012 và quý II/2012 đã bổ sung số thuế được miễn, giảm; Phụ lục Miễn, giảm thuế TNDN quý I/2012 và quý II/2012 tại Khoản 1 nêu trên.
Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
3. Trường hợp doanh nghiệp thuộc diện được giảm thuế theo quy định đã kê khai, nộp số thuế được giảm của quý I, quý II năm 2012 vào ngân sách nhà nước thì được bù trừ số thuế được giảm vào số thuế còn phải nộp quý III, quý IV năm 2012 và số chênh lệch còn phải nộp theo quyết toán thuế năm 2012. Trường hợp chưa bù trừ hết với số phải nộp thêm sau quyết toán thuế năm 2012 thì doanh nghiệp có thể đề nghị bù trừ với số phải nộp của năm tiếp theo hoặc đề nghị hoàn thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.
4. Trường hợp doanh nghiệp, tổ chức thuộc diện được miễn thuế theo quy định đã kê khai, nộp số thuế được miễn của quý I, quý II năm 2012 vào ngân sách nhà nước thì được bù trừ số thuế được miễn vào số thuế còn phải nộp quý III, quý IV năm 2012 và số chênh lệch còn phải nộp theo quyết toán thuế năm 2012 của các hoạt động kinh doanh khác. Trường hợp chưa bù trừ hết với số phải nộp thêm sau quyết toán thuế năm 2012 thì doanh nghiệp, tổ chức có thể đề nghị bù trừ với số phải nộp của năm tiếp theo hoặc đề nghị hoàn thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.
5. Xử lý số thuế thu nhập doanh nghiệp chênh lệch được giảm giữa kê khai quyết toán thuế so với số thuế thu nhập doanh nghiệp kê khai tạm tính quý
a) Trường hợp khi doanh nghiệp tự quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp của năm 2012 có phát sinh số thuế thu nhập doanh nghiệp được giảm thuế cao hơn so với tổng số thuế được giảm đã tạm tính của 4 quý thì doanh nghiệp tiếp tục được giảm thuế đối với số thuế chênh lệch tăng thêm giữa số thuế được giảm theo quyết toán thuế với tổng số thuế đã giảm theo tạm tính của 4 quý năm 2012.
b) Trường hợp khi doanh nghiệp tự quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp của năm 2012 có phát sinh số thuế thu nhập doanh nghiệp được giảm thuế thấp hơn so với tổng số thuế được giảm đã tạm tính của 4 quý thì số thuế được giảm được xác định theo số quyết toán thuế.
6. Trường hợp cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện số thuế thu nhập doanh nghiệp của thời gian được giảm thuế, miễn thuế theo quy định tại Điều 1, Điều 2 Thông tư này mà lớn hơn số thuế đơn vị tự kê khai (kể cả trường hợp doanh nghiệp, tổ chức thuộc đối tượng được giảm thuế, miễn thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Thông tư này đã kê khai nhưng chưa xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp được giảm, miễn) thì doanh nghiệp, tổ chức được giảm thuế, miễn thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp theo quy định tại Thông tư này (kể cả số thuế thu nhập doanh nghiệp phát hiện tăng thêm và số thuế thu nhập doanh nghiệp thuộc đối tượng được giảm thuế, miễn thuế theo quy định tại Thông tư này nhưng chưa xác định số thuế giảm, miễn).
Trường hợp cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện số thuế thu nhập doanh nghiệp giảm thuế, miễn thuế theo quy định tại Điều 1, Điều 2 Thông tư này nhỏ hơn so với đơn vị tự kê khai thì doanh nghiệp, tổ chức chỉ giảm, miễn thuế thu nhập doanh nghiệp theo số thuế thu nhập doanh nghiệp do kiểm tra, thanh tra phát hiện.
Tùy theo mức độ vi phạm của doanh nghiệp, tổ chức, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra áp dụng các mức xử phạt vi phạm pháp luật về thuế theo quy định.