Quỹ thi đua, khen thưởng của Thanh tra Chính phủ và của các đơn vị sự nghiệp thuộc Thanh tra Chính phủ thực hiện theo Thông tư số 71/2011/TT- BTC ngày 24 tháng 5 năm 2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn việc trích lập, quản lý và sử dụng Quỹ thi đua, khen thưởng theo Nghị định số 42/2010/NĐ- CP ngày 15 tháng 4 năm 2010 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thi đua, khen thưởng.
Văn phòng Thanh tra Chính phủ có trách nhiệm quản lý, chi trả các khoản tiền thưởng kèm theo Cờ thi đua của Thanh tra Chính phủ, Băng khen của Tổng Thanh tra Chính phủ theo quyết định của Tổng Thanh tra Chính phủ.
Chương IV — THỦ TỤC, HỒ SƠ, QUY TRÌNH XÉT KHEN THƯỞNG, THẨM QUYỀN QUYẾT ĐỊNH VÀ TRAO TẶNG CỜ THI ĐUA CỦA THANH TRA CHÍNH PHỦ, BẰNG KHEN CỦA TỔNG THANH TRA CHÍNH PHỦ