Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Viện gồm có:
3.1. Lãnh đạo Viện: Có Viện trưởng, các Phó viện trưởng giúp việc Viện trưởng, Phó Viện trưởng do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm có thời hạn, miễn nhiệm.
3.2. Các Phòng nghiệp vụ:
Phòng Khoa học - hợp tác quốc tế,
Phòng Tổ chức - hành chính
Phòng Tài chính - kế toán.
3.3. Các Bộ môn nghiên cứu trực thuộc Viện:
Bộ môn Chọn giống lúa;
Bộ môn Chọn giống cây trồng cạn;
Bộ môn Công nghệ sinh học;
Bộ môn Kỹ thuật canh tác;
Bộ môn Bảo vệ thực vật;
Bộ môn Hệ thống nông nghiệp;
Bộ môn Sinh lý sinh hóa và chất lượng nông sản;
Bộ môn Kỹ thuật hạt giống.
3.4. Các đơn vị trực thuộc Viện được sử dụng con dấu và tài khoản riêng:
Trung tâm Thực nghiệm và chuyển giao công nghệ.
Trung tâm có nhiệm vụ thực hiện công tác khuyến nông, thí nghiệm, thực nghiệm, nhân và sản xuất giống.
Trụ sở của Trung tâm đặt tại Hải Dương (trong trụ sở Viện Cây lương thực và cây thực phẩm).
Trung tâm Nghiên cứu cây đặc sản: Trên cơ sở Trung tâm Giống cây lương thực và cây thực phẩm, trụ sở đặt tại Từ Liêm - Hà Nội (như hiện nay);
Trung tâm Nghiên cứu khoai tây, rau và hoa: Trên cơ sở Trung tâm Nghiên cứu cây thực phẩm, trụ sở đặt tại Đà Lạt - Lâm Đồng (như hiện nay).
Các Phòng có Trưởng phòng, Phó trưởng phòng; Trung tâm có Giám đốc và Phó giám đốc; Bộ môn có Trưởng bộ môn và Phó bộ môn. Bộ môn trực thuộc Viện là tổ chức tương đương với cấp Phòng trực thuộc Viện.
Trưởng, Phó các Phòng và Bộ môn; Giám đốc và Phó giám đốc Trung tâm do Viện trưởng bổ nhiệm có thời hạn, miễn nhiệm theo phân cấp của Bộ.