Điều 13 .- Học viện Quốc phòng được trực tiếp quan hệ với các Bộ, các cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Uỷ ban Nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương để giải quyết những vấn đề liên quan đến Học viện Quốc phòng.
Học viện Quốc phòng chịu sự quản lý trực tiếp của Bộ Quốc phòng và sự quản lý Nhà nước trong phạm vi chức năng của các Bộ và các cơ quan thuộc Chính phủ.