Điều 13. - Đối với các dự án hợp tác và đầu tư, phân cấp quản lý Nhà nước như sau:
1. Đối với các dự án mà việc huy động vốn và hiệu quả hoạt động có ảnh hưởng trực tiếp đến lợi ích của toàn quốc hoặc của nhiều ngành địa phương như các dự án khai thác tài nguyên, xây dựng kết cấu hạ tầng, đổi mới công nghệ trong các ngành mũi nhọn.., Uỷ ban cùng các ngành và địa phương quản lý trực tiếp chủ đầu tư chỉ đạo tất cả các khâu từ hướng dẫn tính toán sơ bộ đến thẩm định dự án trình Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng duyệt và cấp giấy phép đầu tư. Trong trường hợp cần thiết, Uỷ ban kiến nghị Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng thành lập Hội đồng thẩm định dự án cấp Nhà nước.
2. Đối với các dự án khác mà việc huy động vốn và hiệu quả hoạt động không có tác động lớn ra khỏi một ngành hay một địa phương thì phân cấp cho Bộ trưởng quản lý ngành hoặc Chủ tịch Uỷ ban Nhân dân tỉnh, thành phố, đặc khu trực thuộc Trung ương quản lý trực tiếp chủ đầu tư tự tổ chức việc tranh thủ ý kiến các ngành hữu quan để hướng dẫn, thẩm tra dự án tiền khả thi và cho phép Bên Việt Nam đàm phán với Bên nước ngoài. Khi hai bên đã đi đến thoả thuận và ký kết hợp đồng thì phải gửi đến Uỷ ban đơn xin cấp giấy phép đầu tư kèm theo hồ sơ dự án theo quy định tại điều 37 Luật Đầu tư nước ngoài.
3. Nhà nước không phân cấp việc cấp giấy phép đầu tư.
4. Văn phòng Uỷ ban Nhà nước về hợp tác và đầu tư là cơ quan tiếp nhận đơn xin cấp giấy phép đầu tư và hồ sơ liên quan.
5. Đối với các dự án nêu tại mục 1, điều 13 bản Điều lệ này. - Trong thời hạn 5 ngày kể từ khi tiếp nhận hồ sơ dự án, thường trực Uỷ ban có trách nhiệm gửi tài liệu tới các thành viên của Uỷ ban và các cơ quan có liên quan. - Trong thời gian 10 ngày đến 30 ngày (do Chủ nhiệm Uỷ ban quy định, tuỳ thuộc quy mô và mức độ phức tạp của dự án), các thành viên của Uỷ ban và các cơ quan có liên quan thông báo bằng văn bản cho Uỷ ban ý kiến của ngành mình về dự án được hỏi ý kiến và sẽ đưa ra thẩm định tại Uỷ ban. Thường trực Uỷ ban tập hợp ý kiến của các thành viên Uỷ ban và các ngành có liên qua nghiên cứu và lập báo cáo thẩm tra sơ bộ, kiến nghị chủ trương xử lý, trình Uỷ ban thẩm định. Báo cáo thẩm tra sơ bộ phải được gửi tới các thành viên của Uỷ ban chậm nhất 5 ngày trước khi Uỷ ban họp.
6. Đối với các dự án nêu tại mục 2, điều 13 bản Điều lệ này, việc thẩm tra và cấp giấy phép đầu tư phân công cho Chủ nhiệm và các Phó Chủ nhiệm chuyên trách của Uỷ ban quyết định. Kết quả được báo cáo tại phiên họp toàn thể gần nhất của Uỷ ban. Trong trường hợp thấy có vấn đề phức tạp, Chủ nhiệm đưa ra xem xét và quyết định tại phiên họp toàn thể gần nhất của Uỷ ban hoặc xin ý kiến của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng để quyết định.
7. Đối với các dự án đầu tư gián tiếp của nước ngoài hoặc tổ chức quốc tế thông qua việc cho vay vốn hoặc viện trợ, việc xét duyệt dự án, phê duyệt luận chứng kinh tế kỹ thuật, quyết định tổng mức đầu tư và danh mục công trình thì thực hiện theo quy định hiện hành.
8. Các dự án đầu tư do các tổ chức Việt Nam thực hiện ở nước ngoài phải được Uỷ ban đồng ý bằng văn bản trước khi thực hiện.
9. Trong trường hợp xét thấy việc xét duyệt một dự án có nhiều vấn đề phức tạp, thường trực Uỷ ban tổ chức các cuộc họp tư vấn gồm cố vấn và chuyên gia thuộc các ngành hữu quan để cân nhắc thêm trước khi lập báo cáo thẩm tra sơ bộ trình Uỷ ban thẩm định.
10. Căn cứ vào quyết định của Uỷ ban, thường trực Uỷ ban ban hành các văn bản cần thiết, thông báo cho đương sự các quyết định như giấy phép đầu tư, giấy phép kinh doanh, giấy chứng nhận đăng ký.