Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Lãnh đạo Viện:
Lãnh đạo Viện có: Viện trưởng và các Phó Viện trưởng.
a) Viện trưởng do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Viện.
b) Phó Viện trưởng do Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam bổ nhiệm và chịu trách nhiệm trước pháp luật, trước Viện trưởng về lĩnh vực được phân công.
2. Tổ chức tham mưu giúp Viện trưởng:
Có từ 1 đến 3 phòng: Phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế, Phòng Tổ chức hành chính và Phòng Tài chính kế toán. Giao Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam tuỳ điều kiện cụ thể quy định tên gọi, số lượng phòng cho phù hợp.
3. Các tổ chức nghiên cứu:
a) Bộ môn Hoá môi trường;
b) Bộ môn Sinh học môi trường;
c) Bộ môn An toàn và Đa dạng sinh học;
d) Bộ môn Môi trường nông thôn;
đ) Bộ môn Mô hình hoá và Cơ sở dữ liệu về môi trường;
e) Phòng Thí nghiệm trung tâm về môi trường;
4. Các trạm quan trắc và phân tích môi trường nông nghiệp (trên cơ sở các trạm quan trắc và phân tích môi trường đất, hiện có):
a) Trạm Quan trắc và Phân tích môi trường nông nghiệp miền Bắc;
b) Trạm Quan trắc và Phân tích môi trường nông nghiệp miền Nam;
c) Trạm Quan trắc và Phân tích môi trường nông nghiệp Tây Nguyên và miền Trung.
Các phòng có trưởng phòng và phó trưởng phòng; các bộ môn có trưởng bộ môn, phó bộ môn; các trạm có trưởng trạm, phó trưởng trạm.