Điều 2. Nhiệm vụ của Viện
1. Xây dựng chương trình, dự án, kế hoạch nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ thuộc lĩnh vực môi trường nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy lợi, thủy sản và nông thôn phục vụ mục tiêu phát triển bền vững, trình cấp có thẩm quyền và tổ chức thực hiện sau khi được phê duyệt.
2. Thực hiện nghiên cứu khoa học và đề xuất giải pháp khắc phục trong các lĩnh vực sau:
a) Môi trường đất: đất nông, lâm nghiệp, đất nuôi trồng thuỷ sản, đất ngập nước, quan trắc và phân tích môi trường đất;
b) Suy thoái và ô nhiễm môi trường, sa mạc hóa, mặn hoá, phèn hoá;
c) Tác động của sự biến đổi khí hậu đến môi trường nông nghiệp, đa dạng sinh học trong nông nghiệp;
d) Đánh giá tác động môi trường; ảnh hưởng và tác động của sinh vật biến đổi gen, sinh vật lạ;
đ) Ô nhiễm môi trường do tác động của chăn nuôi, trồng trọt, nuôi trồng thủy sản, làng nghề và tác động của sản xuất khác;
e) Độc học môi trường và sinh học môi trường, sản xuất thực phẩm an toàn, rào cản kỹ thuật môi trường về thương mại nông sản thực phẩm;
g) Công nghệ xử lý ô nhiễm và tái sử dụng phụ phẩm và chất thải trong nông nghiệp;
h) Xây dựng cơ sở dữ liệu và mô hình hoá, dự báo môi trường nông nghiệp.
3. Nghiên cứu đề xuất chính sách trong lĩnh vực môi trường nông nghiệp nông thôn.
4. Tư vấn và dịch vụ khoa học công nghệ thuộc lĩnh vực môi trường nông nghiệp, nông thôn.
5. Hợp tác nghiên cứu khoa học, hợp tác Quốc tế; tham gia đào tạo phát triển nguồn nhân lực trong lĩnh vực môi trường nông nghiệp, nông thôn.